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nitro.nory
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7 Messaggi |
 Inserito il - 14 gennaio 2009 : 15:06:16
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Cari amici,
ho fatto un allineamento con bioedit di 21 sequenze (6300bp)di diversi batteri, ho calcolato sempre con bioedit la matrice d'identità e disegnato un albero filogenetico con il programma MEGA.
E' possibile che l'albero filogenetico e la matrice d'identità non corrispondano? Mi spiego meglio, alcuni batteri che nell'albero appaiono filogeneticamente vicini hanno un valore d'identità di sequenza più basso rispetto ad altri batteri che nell'albero sono filogeneticamente più distanti.
Qualcuno può dirmi qualcosa a riguardo? i valori della matrice d'identità devono corrispondere all'albero filogenetico?
Grazie a tutti
Giuseppe 
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 14 gennaio 2009 : 17:27:56
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Citazione:
ho fatto un allineamento con bioedit di 21 sequenze (6300bp)di diversi batteri, ho calcolato sempre con bioedit la matrice d'identità e disegnato un albero filogenetico con il programma MEGA.
Non basta specificare i nomi dei programmi utilizzati per illustrare ad altri il tuo esperimento, devi anche spiegare quali opzioni e quali comandi hai utilizzato.
- L'allineamento, con che programma lo hai fatto? globale o locale? che parametri? che matrici?
- che matrice di identita' hai utilizzato?
- che algoritmo e quali parametri per calcolare l'albero filogenetico?
Inoltre, quello che ti serve e' un controllo, un test case per la tua analisi.
Dovresti allineare i genomi di alcuni batteri dei quali gia' conosci (o puoi intuire ragionevolmente) la filogenia, e confrontarlo con il risultato della tua pipeline. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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Alberi filogenetici e matrice di identita'
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