Delezione nucleotide 100 [era: Help!]

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mikroula
Nuovo Arrivato

11 Messaggi

Inserito il - 17 marzo 2009 : 15:03:36

Premesso che in questo campo ne so poco e niente, su un gene di interesse dovrei vedere la posizione di una mutazione al nucleotide100 che provoca delezione. Quello che vorrei capire �: per vedere sul genoma intero la mutazione dove � localizzata che devo fare??? Nel lavoro che ho letto infatti non mi da la posizione sul genoma... Spero di essere stata chiara perch� io stessa mi sento confusa!

chick80
Moderatore

Citt�: Edinburgh

11491 Messaggi

Inserito il - 17 marzo 2009 : 16:41:45

Esattamente cosa vuoi trovare e perch�?

Puoi trovare la posizione sul genoma di un gene ad esempio usando Entrez Gene. Dopodich� la mutazione sar� 100bp dall'inizio del gene.

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miky76
Utente Junior

126 Messaggi

Inserito il - 17 marzo 2009 : 16:43:21

ciao

mi spieghi meglio

hai un dna genomico... e ora cerchi questa mutazione?
e sai il gene che ti interessa.. giusto?

e se fai una sequenza e leggi se hai la delezione?
naturalmente devi avere una sequenza di riferimento non mutata o sapere dove sta la tua delezione... ma questo lo sai...

spero di esserti stata utile

se no riformula la domanda che vedo se posso aiutarti

mikroula
Nuovo Arrivato

11 Messaggi

Inserito il - 17 marzo 2009 : 16:57:38

Allora mi spiego meglio se ci riesco.... Ho un gene X di cui conosco l'intera sequenza. Dalla letteratura so che al nucleotide100 c'� una delezione e devo trovare questa posizione sull'intero gene. Sono stata pi� chiara??? Non ne sono tanto convinta!

miky76
Utente Junior

126 Messaggi

Inserito il - 17 marzo 2009 : 17:05:28

quindi

devi solo vedere se il tuo dna che hai ha la stessa delezione alla posizione 100

ripeto... fai una sequenza del tuo gene e vedi se alla posizione 100 hai la delezione

quando ottieni la sequenza... la paragoni a quella che conosci con la mutazione e se e' uguale.. hai la stessa mutazione

o se vuoi fare la tecnica dei snp... ma se non sei pratica...
meglio andare sul classico... e ti sequenzi il gene

GFPina
Moderatore

Citt�: Milano

8408 Messaggi

Inserito il - 17 marzo 2009 : 17:30:26

Non so se ho capito bene la domanda comunque se ho capito giusto e tu vuoi solo vedere "visivamente" la posizione 100 del tuo gene X.
Vai su NCBI e cercati la tua sequenza, poi vai a vedere il nucleoride numero 100.
Questo � un esempio prendendo il gene per l'alfa-actina:

parti dall'ATG e conti i nucleotidi fino al numero 100, quello � il tuo nucleotide 100!

Poi non ho capito se la delezione � solo di una base (il nicleotide100) o pi� estesa.

Se devi vedere se il tuo campione ha le delezione segui quello che dice miky76, ma non mi sembrava che il tuo dubbio fosse quello.

Se non � neanche questo, prova a rispiegarlo in altre parole perch� sinceramente non saprei cos'altro pensare.