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mikroula
Nuovo Arrivato
11 Messaggi |
 Inserito il - 17 marzo 2009 : 15:03:36
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Premesso che in questo campo ne so poco e niente, su un gene di interesse dovrei vedere la posizione di una mutazione al nucleotide100 che provoca delezione. Quello che vorrei capire è: per vedere sul genoma intero la mutazione dove è localizzata che devo fare??? Nel lavoro che ho letto infatti non mi da la posizione sul genoma... Spero di essere stata chiara perchè io stessa mi sento confusa!
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
 Inserito il - 17 marzo 2009 : 16:41:45
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Esattamente cosa vuoi trovare e perchè?
Puoi trovare la posizione sul genoma di un gene ad esempio usando Entrez Gene. Dopodichè la mutazione sarà 100bp dall'inizio del gene. |
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miky76
Utente Junior
126 Messaggi |
Inserito il - 17 marzo 2009 : 16:43:21
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ciao
mi spieghi meglio
hai un dna genomico... e ora cerchi questa mutazione?
e sai il gene che ti interessa.. giusto?
e se fai una sequenza e leggi se hai la delezione?
naturalmente devi avere una sequenza di riferimento non mutata o sapere dove sta la tua delezione... ma questo lo sai...
spero di esserti stata utile
se no riformula la domanda che vedo se posso aiutarti
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mikroula
Nuovo Arrivato
11 Messaggi |
Inserito il - 17 marzo 2009 : 16:57:38
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| Allora mi spiego meglio se ci riesco.... Ho un gene X di cui conosco l'intera sequenza. Dalla letteratura so che al nucleotide100 c'è una delezione e devo trovare questa posizione sull'intero gene. Sono stata più chiara??? Non ne sono tanto convinta! |
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miky76
Utente Junior
126 Messaggi |
Inserito il - 17 marzo 2009 : 17:05:28
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quindi
devi solo vedere se il tuo dna che hai ha la stessa delezione alla posizione 100
ripeto... fai una sequenza del tuo gene e vedi se alla posizione 100 hai la delezione
quando ottieni la sequenza... la paragoni a quella che conosci con la mutazione e se e' uguale.. hai la stessa mutazione
o se vuoi fare la tecnica dei snp... ma se non sei pratica...
meglio andare sul classico... e ti sequenzi il gene
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 17 marzo 2009 : 17:30:26
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Non so se ho capito bene la domanda comunque se ho capito giusto e tu vuoi solo vedere "visivamente" la posizione 100 del tuo gene X.
Vai su NCBI e cercati la tua sequenza, poi vai a vedere il nucleoride numero 100.
Questo è un esempio prendendo il gene per l'alfa-actina:
parti dall'ATG e conti i nucleotidi fino al numero 100, quello è il tuo nucleotide 100!
Poi non ho capito se la delezione è solo di una base (il nicleotide100) o più estesa.
Se devi vedere se il tuo campione ha le delezione segui quello che dice miky76, ma non mi sembrava che il tuo dubbio fosse quello.
Se non è neanche questo, prova a rispiegarlo in altre parole perché sinceramente non saprei cos'altro pensare.
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Delezione nucleotide 100 [era: Help!]
