Mi é chiaro che nella fase di coodenaturazione le due catene di DNA da analizzare si aprono cosí come quelle della sonda. In seguito nella fase di ibridazione la catena della sonda si lega (in competizione con la catena target) nella regione complementare di DNA da anlizzare, mentre il resto del DNA si rinatura.
OK ma cosa succede alla mia catena di DNA nella regione dove avró legata (per ibridazione) la catena della sonda?
Come devo spiegarmi l'effetto ..... con la formazione di una tasca che incorpora la catena di DNA della sonda?
Fino a poco tempo fa (quando compravo le sonde giá fatte) non mi facevo mai nemmeno io questo domande ma ora che mi preparo le sonde mi trovo molti piú dubbi, tra cui quello. Inoltre il problema piú grande per me é quello di determinare la concentrazione giusta di sonda da aggiungere al mio campione dato che nella competizione induttiva fra il DNA probe e quello target é si vero che la concentrazione in eccesso di sonda vince ma una concentrazione troppo alta crea l'effetto inverso come dimostra la curva dell'induzione dell'ibridazione.