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Ika
Nuovo Arrivato
Prov.: Isernia
Città: Carovilli
9 Messaggi |
 Inserito il - 25 giugno 2009 : 18:49:41
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Ciao a tutti!
Sto facendo la revisione di un articolo che parla della Real Time sui miRNA...il problema è che io non ho mai lavorato nè con i miRNA nè tantomeno con la Real Time!
In questo articolo hanno utilizzato come unico controllo un RNA nucleolare, RNU49, ma io non ho trovato altri lavori in cui l'hanno utilizzato.
Qualcuno di voi saprebbe dirmi se si utilizza RNU49 come controllo e quali sono normalmente i controlli utilizzati per RealTime sui miRNA!
Un'altra domandina..: non sarebbe meglio utilizzarne più di uno?
Grazie a tutti!!!
Ciao!
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 25 giugno 2009 : 19:11:02
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Citazione:
Messaggio inserito da Ika
Qualcuno di voi saprebbe dirmi se si utilizza RNU49 come controllo
si si può utilizzare come controllo, e direi che non dovrebbe andare male come tipo di controllo.
Citazione:
Messaggio inserito da Ika
hanno utilizzato come unico controllo un RNA nucleolare, RNU49, ma io non ho trovato altri lavori in cui l'hanno utilizzato.
Ce ne sono, eccone ad es. due:
MicroRNAs Differentially Expressed in ACTH-Secreting Pituitary Tumors
Integrated Genomic Profiling of Chronic Lymphocytic Leukemia Identifies Subtypes of Deletion 13q14
Citazione:
Messaggio inserito da Ika
quali sono normalmente i controlli utilizzati per RealTime sui miRNA
Il più utilizzato credo sia U6, viene spesso utilizzato anche 5S (anche se non è tanto piccolo) ma ho visto anche una marea di lavori in cui utilizzano addirittura GAPDH!!! Anche se a mio avviso non è certo il controllo "adeguato".
Citazione:
Messaggio inserito da Ika
Un'altra domandina..: non sarebbe meglio utilizzarne più di uno?
si sarebbe meglio! Come in tutte le real-time, il numero minimo sarebbe 3 housekeeping.... ma lo fanno in pochi!
Quindi in sostanza, puoi farla notare come cosa ma non può essere un fattore limitante all'accettazione del lavoro.
Spero di aver chiarito tutto
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Flashtgm
Nuovo Arrivato
17 Messaggi |
Inserito il - 26 giugno 2009 : 15:39:58
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| Nel nostro laboratorio il GAPDH lo utilizziamo regolarmente come controllo in procedure di silenziamento genico tramite siRNA. E' un gene housekeeping che non dovrebbe risentire di particolari interazioni con altri geni...che ha che non va? |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 26 giugno 2009 : 15:59:59
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Citazione:
Messaggio inserito da Flashtgm
Nel nostro laboratorio il GAPDH lo utilizziamo regolarmente come controllo in procedure di silenziamento genico tramite siRNA. E' un gene housekeeping che non dovrebbe risentire di particolari interazioni con altri geni...che ha che non va?
A parte le considerazioni personali che ho fatto su GAPDH in altre discussioni e il fatto che secondo me (non solo secondo me c'è molta letteratura al riguardo!) bisognerebbe utilizzare 3 housekeeping e per sceglierli bisognerebbe valutare "prima" se siano veramente stabili in tutte le condizioni dell'esperimento.
Comunque qua si stava parlando di miRNA e di HK per miRNA, GAPDH non è un "piccolo" RNA e quindi non è "adeguato" come controllo in studi di miRNA.
Poi nessuno ti vieta di utilizzarlo, visto che comunque è utilizzato da molti e ho visto pubblicazioni anche su giornali con IF elevati. |
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Flashtgm
Nuovo Arrivato
17 Messaggi |
Inserito il - 26 giugno 2009 : 16:09:00
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| A rischio di dire una fesseria, il GAPDH potrebbe essere un buon controllo anche lavorando con miRNA, a patto che le procedure di estrazione riguardino tutto l'RNA cellulare (compreso le piccole molecole single strand ad hairpin come i mIRNA). E' chiaro che se estrai selettivamente solo i miRNA (ad es. con un kit del tipo miRVANA), controllare il GAPDH è una perdita di tempo. |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 26 giugno 2009 : 16:21:19
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Guarda non è che lo dico io, ma quelli che studiano i miRNA (intendo i luminari del campo). E in effetti ha senso utilizzare come controllo qualcosa di "simile", anche come livello di espressione.
Se studi un RNA poco espresso sarebbe più corretto utilizzare anche un HK poco espresso.
Comunque facendo una ricerca in PubMed per Real-Time e housekeeping trovi molti articoli interessanti.
N.B. scusa una piccola precisazione:
Citazione:
(compreso le piccole molecole single strand ad hairpin come i mIRNA)
i miRNA non sono hairpin, sono i precursori pre-miRNA che sono hairpin!
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Flashtgm
Nuovo Arrivato
17 Messaggi |
Inserito il - 26 giugno 2009 : 16:33:04
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Citazione:
Messaggio inserito da GFPina
Guarda non è che lo dico io, ma quelli che studiano i miRNA (intendo i luminari del campo). E in effetti ha senso utilizzare come controllo qualcosa di "simile", anche come livello di espressione.
Se studi un RNA poco espresso sarebbe più corretto utilizzare anche un HK poco espresso.
Comunque facendo una ricerca in PubMed per Real-Time e housekeeping trovi molti articoli interessanti.
N.B. scusa una piccola precisazione:
Citazione:
(compreso le piccole molecole single strand ad hairpin come i mIRNA)
i miRNA non sono hairpin, sono i precursori pre-miRNA che sono hairpin!
Ops, hai ragione  |
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amicia
Nuovo Arrivato
24 Messaggi |
Inserito il - 02 luglio 2009 : 08:24:16
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Ciao a tutti,
forse l'articolo di Joe Vandesomple può aiutare ika. Mi sembra che sia particolarmente centrato sulle domande che poneva:
http://real-time-pcr.blogspot.com/ |
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Ika
Nuovo Arrivato
Prov.: Isernia
Città: Carovilli
9 Messaggi |
Inserito il - 02 luglio 2009 : 13:40:44
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Tante grazie a tutti!
Mi siete stati utilissimi!!! |
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controlli per Real Time
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