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Neuroscience
Utente
659 Messaggi |
 Inserito il - 22 settembre 2009 : 13:43:08
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Avrei bisogno di un'informazione
e' difficile da spiegare tutto l'iter sperimentale che sto facendo, per sommi capi vorrei dimostrare che il taglio di una certa proteina A sulla membrana plasmatica (es un canale) possa determinare una variazione dell'attività della proteina B.
Un approccio che vorrei tentare è quello di generare un cDNA mutagenizzato e codificante per la proteina A in modo tale che sia tagliata poco dopo la sintesi nei punti in cui decido io.
Mi servirebbe sapere se qualcuno conosce delle sequenze amminoacidiche che sono riconosciute e tagliate quando la proteina è praticamente matura (non segnali di localizzazione). La parte proteica che dovrà essere tagliata si troverà nel citosol. Meglio se l'enzima che riconosce e taglia la sequenza è ubuquitario per tutte le cellule, oppure sia commerciale il suo cDNA.
Possibilmente con riferimenti bibliografici
Vi ringrazio
n. 
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Neuroscience
Utente
659 Messaggi |
Inserito il - 26 settembre 2009 : 14:12:09
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forse potrei aver risolto generando 3 geni diversi separati che codificano per i tre frammenti generati dal taglio proteolitico.
Se qualcuno ha altre idee, ben venga
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zerhos
Utente Junior
Prov.: Pisa
Città: Pisa
421 Messaggi |
Inserito il - 26 settembre 2009 : 16:24:58
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magari ti cambia tutto il risultato dell esperimento o nn c entra nulla con quello che vuoi fare te,ma proviamo!ahimè sn ancora un semplice studente e magari nn ho il senso della misura
...:(
nn potresti lavorare sul c-DNA di questa proteina o, se è un complesso,di quella sub unità che dovrebbe essere tagliata,aggiungendo un codone di stop.
dovresti generare una proteina tronca che mima il taglio,magari nella parte tradotta ci aggiungi un segnale di localizzazione per la membrana(se magari quello era presente nella parte tagliata),oppure così facendo ottieni un folding sbagliato?
in secono luogo:la proteina B in funzione di A dipende da un interazione diretta oppure no?cioè per capirci,A deve interagire specificamente cn B per modularne la sua attività,oppure no?
magari sarò banale,ma se le cose stessero così,credo basterebbe un doppio saggio RAS,il primo con la prot intera e il secondo con la prot mutata(che mima il taglio)e vedi se c è risposta in entrambi i sistemi.
sinceramente ho risposto più a me stesso che a te :P
al di là del fatto che per quello che devi fare te,nn c entri nulla,mi piacerebbe sapere,da voi che siete abbastanza navigati nella pratica,se almeno con i ragionamenti ci siamo e quanto di quello detto si può agevolmnte fare nella pratica di laboratorio,se c è qualcosa di sensato ;P. |
"l'unica differenza tra me e un pazzo è che io non sono pazzo!"
Salvador.Dalì
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sequenza AA di taglio
Didattica
