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fpotpot
Utente
Città: middleofnowhere
1056 Messaggi |
 Inserito il - 07 giugno 2006 : 18:06:56
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ciao a tutti!
domanda esistenziale :il folding e' la struttura "ordinata",almeno cosi' l'avevo capita anni fa...e in teoria e' la struttura nativa.
La struttura nativa di una proteina puo' essere unfolded?
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domi84
Moderatore
Città: Glasgow
1724 Messaggi |
Inserito il - 07 giugno 2006 : 18:20:35
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credo proprio di no!
per unfolded si intende la proteina denaturata, cioè quella prot che dopo essere stata trattata con opportuni reagenti o col calore, perde la sua stuttura 3D e non funziona più...ma se una prot ha come stuttura nativa(cioè struttura funzionante)una forma denaturata...allora (oltre ad essere già un controsenso di per se)non serve ad un tubo...
Inoltre per essere unfolder bisogna eliminare tutte le interazioni fra gli aa della proteina...noi lo facciamo aggiungendo SDS...ma la prot come lo potrebbe mai fare????? |
Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
Le foto che ho scattato... |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 07 giugno 2006 : 22:42:37
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Il folding è il processo con cui una proteina, da una forma lineare (o denaturata) si ripiega fino a raggiungere un ripiegamento particolare (fold).
Negli settanta un fisico (sempre loro!) di nome Anfinsen, dimostro' che nella struttura primaria di una proteina (la sua sequenza) vi sono già le informazioni sufficenti e necessarie a produrre il ripiegamento piu' stabile, quello che viene cristallizzato e che in generale corrisponde alla forma funzionale in vivo; forse è a questo che ti riferivi con 'struttura nativa'.
ciao! |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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fpotpot
Utente
Città: middleofnowhere
1056 Messaggi |
Inserito il - 07 giugno 2006 : 23:25:17
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grazie a tutti e due per le risposte,la domanda è un pò confusa ma intendo dire si,il ripiegamento più stabile ok..intendo questo per struttura nativa.In teoria una struttura più disordinata nn è più stabile?e quindi la struttura nativa di una proteina (cioè il ripiegamento in cui ha maggiore funzionalità)può essere una conformazione per così dire disordinata?
cioè se una proteina ha una conformazione tipo alfa elica secondo me (e questo secondo me nn ha nessun valore perchè nn sono nè fisica nè bioinfo nè biochimica..)ha più energia di una struttura disordinata perchè ha più vincoli o no?
e quindi una proteina tende ad avere una conformazione in realtà il più possibile disordinata in modo da essere più stabile e solo in alcuni casi riusciamo per caso a "vedere"delle alfa eliche o beta sheet quando in realtà son solo transizioni ma nn la conformazione più stabile.
sto facendo un brodone di alcuni articoli che ho letto sul folding e sulle proteine intrinsecamente disordinate e questo è il risultato
se avete una buona parola scrivetelagracie! |
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domi84
Moderatore
Città: Glasgow
1724 Messaggi |
Inserito il - 08 giugno 2006 : 00:30:19
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Citazione:
Messaggio inserito da fpotpot
In teoria una struttura più disordinata nn è più stabile? e quindi la struttura nativa di una proteina (cioè il ripiegamento in cui ha maggiore funzionalità)può essere una conformazione per così dire disordinata?
cioè se una proteina ha una conformazione tipo alfa elica secondo me ha più energia di una struttura disordinata perchè ha più vincoli o no?
e quindi una proteina tende ad avere una conformazione in realtà il più possibile disordinata in modo da essere più stabile
No, il tuo ragioramento sarebbe corretto se non fosse che:
gli amminoacidi che formano le prot hanno delle caratteristiche: alcuni ad esempio sono idrofobici, per cui non riescono a stare a contatto con l'acqua. Questo fa in modo che per essere più termostaticamente stabili tendono ad allontanarsi dall'acqua, "nascondendosi" all'interno della proteina, questo però causa un ripiegamento della prot. Altri invece sono idrofilici, cioè devono stare a contatto con l'acqua, questo fa assumere loro una posizione a maggiore stabilità, quindi, quando stanno a contatto con l'acqua, di conseguenza si disporranno il più esterno possibile alla proteina, e così via x gli altri amminoacidi.
Questo fa assumere alla proteina una struttura stabile. Credo sia poco opportuno dire ordinata, perchè ti garantisco che alcune di loro non hanno nulla di ordinato, però hanno una struttura stabile, che è quella a minore energia perchè "accontenta" tutti gli amminoacidi.
Spero di essermi fatto capire.... |
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Dionysos
Moderatore
Città: Heidelberg
1913 Messaggi |
Inserito il - 08 giugno 2006 : 02:10:50
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Quoto in pieno domi84  e aggiungo:
Citazione:
In teoria una struttura più disordinata nn è più stabile?e quindi la struttura nativa di una proteina (cioè il ripiegamento in cui ha maggiore funzionalità)può essere una conformazione per così dire disordinata?
La questione ordinata/disordinata va intesa proprio nel
senso chimico: una struttura è tanto più ordinata quanto
più gli aa sono disposti secondo le loro affinità idrofiliche
e idrofobiche. E fin qui ok. Chiarito questo, bisogna ricordarsi
che tutte le proteine, una volta FUNZIONALI, hanno GIA'
assunto una conformazione ordinata nel senso appena detto:
questa è anzi il presupposto per la sua funzionalità!
Mi spiego:lo stato "unfolded" va pensato come qualcosa di temporaneamente
indotto da condizioni particolari (temperatura, agenti denaturanti come l'SDS)
oppure durante le operazioni di sintesi, all'inizio della "vita" della proteina.
Durante la sua vita biologica, la proteina DEVE assumere e mantenere
uno stato ordinato (convenzionalmente detto "folded" anche se non deve
per forza essere "ripiegato", in senso letterale), deve assumerlo perchè la fisica
lo comanda e deve mantenerlo per quasi tutta la durata della sua vita per motivi
statistici: si tratta infatti dello stato "più probabile"!!!
Di conseguenza è chiaro che lo stato "folded" diverrà, ai nostri occhi,
lo stato funzionale della proteina, quello "vero", proprio perchè la
funzione che è capace di compiere in quello stato è la funzione "vera",
quella che svolgerà più di ogni altra possibile. (uno stato-->un'attività funzionale)
Ecco perchè una proteina unfolded non può mai dirsi funzionale e
- viceversa - una proteina funzionale non può mai essere unfolded.
Spero di aver interpretato correttamente la tua domanda... |
Volere libera : questa é la vera dottrina della volontà e della libertà
(F.W. Nietzsche)
Less Jim Morrison, more Sean Morrison!
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 08 giugno 2006 : 10:14:56
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Belle risposte e molto esaustive...
Ma prima di addentrarsi in discorsi complessi non sarebbe stato piu' semplice appellarsi ai principi della termodinamica nudi e crudi?
C'e' una semplice formuletta del liceo che spiega tutto: dG = dH - TdS
Solo a guardare quella e' sufficiente a capire che il contributo entropico (struttura + o - ordinata) da solo non puo' definire la stabilita' di uno stato di folding.
Citazione:
quello che viene cristallizzato e che in generale corrisponde alla forma funzionale in vivo
vero: da ricordare che la conformazione presente nel cristallo non necessariamente e' quella presente in condizioni fisiologiche, ad es. perche' non c'e' abbastanza acqua a garantire una solvatazione adeguata |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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Dionysos
Moderatore
Città: Heidelberg
1913 Messaggi |
Inserito il - 08 giugno 2006 : 10:37:20
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Citazione:
C'e' una semplice formuletta del liceo che spiega tutto: dG = dH - TdS
Certo!! Potrebbe bastare se si trattasse di impostare
il discorso in termini meramente fisici: il problema
è che (purtroppo!) l' "approccio fisico" alla biochimica
è qualcosa che spesso manca, perchè non viene insegnato!
Troppe formulette vengono imparate a memoria e capite solo in parte 
(ihih, alla fine ne salta sempre fuori
una critica al sistema didattico ! ) |
Volere libera : questa é la vera dottrina della volontà e della libertà
(F.W. Nietzsche)
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fpotpot
Utente
Città: middleofnowhere
1056 Messaggi |
Inserito il - 08 giugno 2006 : 11:11:07
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intanto grazie per le risposte!
il fatto e' che ho letto due o tre articoli su proteine che sono disordinate?(es calmodulina,gli articoli sono in pubmed Dunker k,1998 o Dunker 2001).Qui si dice che praticamente ci sono regioni di proteine che sono osservate come funzionali ma tuttavia disordinate.La incertezza maggiore starebbe nel fatto che nn si capisce se sia una difficolta' tecnica oppure il fatto che in realta' la proteina sia senza una struttura ordinata.Dice che esiste un trinomio:struttura odrinata-molten globule e random coil e che in questo caso nn solo lo stato odrinato ma qualsiasi di questi tre stati siano lo "stato nativo" della proteina.
Ora scusate la pezza chilometrica:lo stato nativo e' quello a minore deltaG no?
lo stato ordinato e' necessariamente quello a minore DeltaG?
gracie!!! |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 08 giugno 2006 : 11:29:18
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Citazione:
Messaggio inserito da fpotpot
Ora scusate la pezza chilometrica:lo stato nativo e' quello a minore deltaG no?
lo stato ordinato e' necessariamente quello a minore DeltaG?
Sarebbe bello, ma la risposta ad entrambe le domande è NI!
Siccome sono una persona prudente e non vorrei riaccendere vecchi flames  ti consiglio di trarre le tue conclusioni da questo link |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 08 giugno 2006 : 14:04:29
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Citazione:
Messaggio inserito da kORdA
C'e' una semplice formuletta del liceo che spiega tutto: dG = dH - TdS
D'oh lo volevo dire io ;).
Da questa formula tu vedi che una proteina tende a ripiegarsi fino a raggiungere lo stato minimo di energia, secondo i principi della termodinamica, e come tutte le altre reazioni chimiche e i fenomeni spontanei in questo universo.
A seconda della temperatura a cui ci si trova puo' essere piu' importante nel definire il ripiegamento piu' stabile il contributo entropico (il grado di disordine), oppure quello entalpico (la forza dei legami che si formano), ma in ogni caso la conformaz che si forma e' determinata da tutti e due.
Teoricamente la forma funzionale di una proteina, in vivo, e' quella a minore energia: altrimenti la cellula dovrebbe attivamente spendere energia per mantenerla in uno stato diverso.
In ogni caso, spesso le proteine possono avere piu' punti di minimi locali (o anche assoluti), e questo vuol dire che sono in grado di assumere (switchando) piu' conformazioni stabili.
Citazione:
Messaggio inserito da Dyonisos
Certo!! Potrebbe bastare se si trattasse di impostare
il discorso in termini meramente fisici: il problema
è che (purtroppo!) l' "approccio fisico" alla biochimica
è qualcosa che spesso manca, perchè non viene insegnato!
Dai non te la prendere: queste cose sono piu' da 'biofisica' che da biochimica, ed in genere vengono spiegate bene nelle specialistiche di bioinformatica o nei C.d.L. in fisica. |
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nico
Nuovo Arrivato
Prov.: Arezzo
Città: arezzo
5 Messaggi |
Inserito il - 08 giugno 2006 : 17:58:12
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sicuramente la forma biologiamente attiva è quella minore energia o per lo meno oscilla tra quella e le altre possibili conformazioni sempre a energia minore.... la srtuttura secondaria della proteina è direttamente correlata alla primaria dato che si deve considerare a sia le caratteristiche fisico chimiche dell aa (idrofilicità ecc...), che l'ingombro sterico della catena laterale, insieme questi fattori fanno si che solo certi angoli di legame tra gli aa siano energeticamente possibili o perlomeno vantaggiosi come mostra il ramachandran plot e che corrispondono a b shift, a eliche ecc....
Si deve cosiderare inoltre che la struttura della proteina è mantenuta spesso nel giusto ripiegamento dai ponti disolfuro o da altri elementi come legami a atomi di Zn, Fe ecc...
Per le proteine da esportazione che quindi transitano nel reticolo endoplasmatico esistono una serie di complessi enzimatici che riassestano eventuali ponti disolfuro non corretti come l'enzima PDI o altri come calnexina e calreticulina (appartengono alle shaperonine) che ciclano la proteiana tra la forma folded e anfolded finchè non assume il giusto folding oppure se non riesce a raggiungerlo fanno si che la proteina sia degradata...
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"A hen is only an egg's way of making another egg." |
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fpotpot
Utente
Città: middleofnowhere
1056 Messaggi |
Inserito il - 08 giugno 2006 : 18:03:16
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le strutture disordinate (ovvero no alfa elica no beta sheet)allora hanno energia alta?
come si spiega in questo caso che alcune hanno funzionalita'da disordinate e nn viene osservata alcuna forma ordinata?
(o scusate se insisto ma mi viene sta'domanda) |
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Dionysos
Moderatore
Città: Heidelberg
1913 Messaggi |
Inserito il - 08 giugno 2006 : 18:32:26
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Ho capito...
Credo che tu ti riferisca ai cosiddetti random coil : il fatto che siano
"disordinati" da un punto di vista, come dire, estetico, NON significa che
lo siano dal punto di vista fisico-chimico!!!
Anche questi tratti rispettano le leggi della fisica, per cui nello stato funzionale
della proteina tenderanno al MASSIMO livello di ordine che potranno permettersi!
Il fatto che non riescano a formare alfa eliche o beta sheet non significa che
non siano energeticamente stabili rispetto allo stato che assumerebbero in
condizioni denaturanti. Ricordati che quando si parla di ordine,
si intende sempre in senso entropico,cioè:
Stato denaturante --> entropia alta --> "disordine"
Stato funzionante --> entropia bassa--> "ordine"
Questo a prescindere dalla formazione di motivi secondari armoniosi o meno. |
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fpotpot
Utente
Città: middleofnowhere
1056 Messaggi |
Inserito il - 08 giugno 2006 : 20:18:36
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aaaah.non sapevo questa equazione..si,mi riferivo proprio al random coil,nn sapevo bassa entropia fosse associata a stato funzionante sempre,detta così mi è più chiara!
grazie a tutti cmque pr la pazienza di mettersi a spiegare e per l'aiuto!!! |
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la struttura nativa puo' essere unfolded?
Didattica
