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Nuovo Arrivato
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 Inserito il - 19 marzo 2010 : 22:04:15
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Ho spulciato i vecchi post senza trovare riparo e ho parlato con x colleghi biotec senza risultati.
Tutto e` nato dalla ricerca di parametri cinetici per due trasportatori di membrana (per quel che conta qui..enzimi): per uno da un articolo si ottengono Km e Vmax, con la Vmax espressa in moli/tempo. Mentre per l'altro si trova una Vmax in moli/tempo per mg di trasportatore.
A parte il fatto che la procedura sperimentale per fare cio` con un trasportatore sembra inquietante a me e` sorto un dubbio atroce teorico: se la Km e` definita come la quantita` di substrato a cui una reazione avanza ad una velocita` che e` la meta` della Vmax...hm...in che modo Km puo` essere indipendente dalla 'quantita`' di enzima? Wikipedia sembra dire che e` riferita ad una mole ma tutto il resto della letteratura sembra definirla come 'assoluta'...eppero` mi inquieta: se la Vmax dipende dalla quantita` di enzima (e via..quanto substrato satura deve dipendere da questo!) non mi spiego come non lo faccia la Km.
Mi sta sfuggendo qualcosa, qualcosa di fondamentale. Dannati 3 anni di informatica, dannati colleghi biotec che non ricordano molto dell'esame di chimica fisica.
Chi e` il primo che mi larta?
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http://www.medito.eu.org/vodka/odierno |
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chim2
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Inserito il - 19 marzo 2010 : 22:18:00
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| ma per assoluta vuoi dire adimensionale oppura cosa? |
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chim2
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chim2
Utente Attivo
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Inserito il - 19 marzo 2010 : 22:35:31
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l' errore orribile che ho fatto rileggendo è che l' approssimazione è d(ES)/dT=0  |
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Vanilla Sky
Utente Junior
204 Messaggi |
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Nuovo Arrivato
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Inserito il - 20 marzo 2010 : 10:51:27
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Si`, grassie. Le equazioni mi convincono, devo avere della ruggine teorica perche` 'a naso' mi suona strano che la Km sia indipendente dalla quantita` di enzima. Ma la matematica e` un buon mezzo per autoconvincersi :)
Grazie a tutti.
ps. se va tutto bene tornero` biotec l'anno prossimo, per ora studio informatica (verso la fine del 3). |
http://www.medito.eu.org/vodka/odierno |
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M111
Utente
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Inserito il - 20 marzo 2010 : 11:18:06
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La matematica sicuramente deve convincerti, il quinto intervento della discussione linkata da Vanilla Sky è ovviamente il migliore da fare :)
di questa cosa ne hai conferma pratica e quindi te ne convinci definitivamente anche semplicemente guardando un plot, magari lo trovi facilmente come schema esplicativo in rete, non so;
Per il solito enzima con lo stesso substrato, per una data [E] ottieni una certa Vmax, per una [E]/2 ottieni una Vmax che è la metà della precedente.
Però dal plot vedi facilmente che la Km rimane la solita in entrambi i casi. |
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data
Nuovo Arrivato
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Inserito il - 20 marzo 2010 : 11:22:37
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Yep, grazie a tutti. Ho messo in pace il mio cuore. Ora devo spiegare ai matematic/informatici sta cosa e capire esattamente fino ad ora nelle loro equazioni differenziali per simulare il tutto che diamine di dati hanno messo (mi riferisco alle Vmax, che han sempre preso come indipendenti dalla quantita` di enzima...ahem).
Eppoi resta che per il mio trasportatore di fiducia manca una Vmax.
(io ooodio la system biology simulazionista) |
http://www.medito.eu.org/vodka/odierno |
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M111
Utente
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Inserito il - 20 marzo 2010 : 11:31:44
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| Ad ogni modo per trovare dati non ti conviene star a spulciare gli articoli, usa i database.. |
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chim2
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Inserito il - 20 marzo 2010 : 11:59:54
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| mmm data ho visto una volta impostarla tutta l' equazione a cinetica integrata e poi risolverla con altri metodi numerici (questo è un approccio più accurato)o integratori...io pure l' ho impostata come differenziale però l' ho visto fare anche senza trascurare alcune variabili |
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M111
Utente
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Inserito il - 20 marzo 2010 : 12:10:46
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...ma, lo scopo di questo studio quale sarebbe?
Non partite da modelli teorici solidi?
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chim2
Utente Attivo
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Inserito il - 20 marzo 2010 : 12:17:25
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| semplice molto spesso non solo si utilizzano equazioni simili,ma anche teorie completamente diverse per confrontare le costanti e verificare quanto una teoria può essere attendibile o meno per un dato sistema..per es il prof ci faceva vedere 3 metodi di calcolo di una costante e se l' ordine di grandezza è simile vuol dire che la costante è attendibile,altrimenti c'è il rischio di sparare numeri...ma in questo caso non è nessun studio è semplicemente un'èquazione differenziali a più costanti che rispetta più realmente la cinetica se lo ritrovo lo posto |
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M111
Utente
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Inserito il - 20 marzo 2010 : 12:19:09
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...da quel che ho letto data però sta partecipendo a un certo progetto, mi riferivo al suo caso.
Però tu se ritrovi posta...almeno mi diverto :) |
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chim2
Utente Attivo
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Inserito il - 20 marzo 2010 : 12:20:33
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| eh..........scusa :) |
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chim2
Utente Attivo
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Inserito il - 20 marzo 2010 : 13:49:00
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| ma nelle equazione di diffusione hanno utilizzato Onsager?data nella simulazione tieni conto anche dell' auto-catalisi oscillante per curiosità |
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M111
Utente
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Inserito il - 20 marzo 2010 : 15:40:03
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| ...non vorrei dire, ma più che una curiosità potrebbe esser una necessità... |
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chim2
Utente Attivo
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Inserito il - 20 marzo 2010 : 16:42:30
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| mica è detto Mich..Menten non ha a che fare con catalisi oscillanti direttamente... |
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M111
Utente
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Inserito il - 20 marzo 2010 : 16:48:07
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Si, hai ragione, però se il modello si volesse riferire anche alle regolazioni ci va a cascare dentro... :)
Probabilmente per mie limitatezze però se capisco il fascino e l'importanza di certi modelli non ne comprendo la complessità od almeno i problemi, fondamentalmente non si tratta di programmare avendo come base anni e anni di ristampe di libri di cinetica enzimatica?
Ripeto è una mia limitatezza, magari nemmeno ho capito il fine ultimo di questo studio..per questo il mio intervento delle 12:10. |
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chim2
Utente Attivo
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Inserito il - 20 marzo 2010 : 16:57:36
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| probabilmente è un' esercitazione di programmazione! ma la simulazione non è detto che sia reale!! le reazione biologiche,ambientale e quelle che avvengono nel cosmo sono catalisi oscillanti...quindi per rendere la simulazione più reale ci sono approcci diversi...Menten è lontano da questo 1)perchè queste reazioni sono lontani dall' equilibrio chimico (esiste tutta una teoria:la termodinamica dei sistemi lontano dall' equilibrio chimico, 2)non tiene conto del fatto che la cinetica ha parametri oscillanti,di fase..concentrazione e tempo |
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M111
Utente
Prov.: Lucca
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Inserito il - 20 marzo 2010 : 17:26:23
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....oddio, non pensavo ci si stesse riferendo ad analisi cinetiche complesse....per questo ho messo il potrebbe...
effettivamente però dovresti aver ragione, visto che si parla di canali mi sa assumano parecchia importanza le relazioni di reciprocità.....
.....vabè, son cose che sto studiando da autodidatta e non voglio dar fastidio col brusio:)
[non vorrei esprimermi male ed esser frainteso, mi permetto però di dire che quando ci sono problemi su Km e Vmax diventa difficile volare fino all'analisi di tipi di stato stazionario e processi oscillanti, e quindi mi continuo a domandare quella solita cosa delle 12:10, se non per mero spirito di curiosità ed apprezzamento verso certi studi :)] |
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data
Nuovo Arrivato
Prov.: Torino
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Inserito il - 22 marzo 2010 : 08:33:52
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Ora non state a mettere il dito nella piaga (scusate ieri ero distratta da simulazioni stocastiche, altra gioia della mia vita)...solidi modelli teorici?
E no...non e` neanche una esercitazione di programmazione, purtroppo.
Cmq tutto parte da qui
http://arxiv.org/pdf/0910.1418
dove come mi farete notare e` tutto fuorche` partire da una solida base teorica. Il fatto e` che mancano talmente tanti dati che secondo me e` proprio un dominio un po' peloso da simulare...cmq io non sono nella posizione di decidere niente e quindi eseguo. La domanda di cui sopra deriva dal fatto che ora oltre ai sistemi di riscrittura usiamo anche equazioni differenziali e loro godono molto quando possono usare le loro equazioncine di MM. Resto la piu` accanita avversaria di approcci di questo genere che secondo me piu` che mere note qualitative non possono tirare fuori se applicati in questo modo. |
http://www.medito.eu.org/vodka/odierno |
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chim2
Utente Attivo
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Inserito il - 22 marzo 2010 : 12:12:18
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| quel tipo di calcolo non lo conosco quindi non saprei dirti...per quanto riguarda la parte fisica statistica,ovviamente oltre a partire da Boltzmnn,studiai la Metropolis Monte Carlo..quella stocastica non so che validità reale possa avere |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 22 marzo 2010 : 15:01:36
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Citazione:
se la Km e` definita come la quantita` di substrato a cui una reazione avanza ad una velocita` che e` la meta` della Vmax...hm...in che modo Km puo` essere indipendente dalla 'quantita`' di enzima?
non capisco questa affermazione... che c'entra la concentrazione del substrato con quella dell'enzima? |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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M111
Utente
Prov.: Lucca
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838 Messaggi |
Inserito il - 22 marzo 2010 : 16:51:49
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mmm...ho dato na letta velocissima e poi lo voglio legger bene, può esser molto interessante.....attenti a non uscire troppo dalla biologia :)
Per il resto, in bocca al lupo! |
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data
Nuovo Arrivato
Prov.: Torino
Città: Torino
89 Messaggi |
Inserito il - 22 marzo 2010 : 17:55:14
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Citazione:
Messaggio inserito da dallolio_gm
Citazione:
se la Km e` definita come la quantita` di substrato a cui una reazione avanza ad una velocita` che e` la meta` della Vmax...hm...in che modo Km puo` essere indipendente dalla 'quantita`' di enzima?
non capisco questa affermazione... che c'entra la concentrazione del substrato con quella dell'enzima?
Ma niente era un mio modo malato per esprimere il fatto che riguardando ste cose dopo anni essendo che la Vmax cambia cambiando la quantita` di enzima la Km...ma mi sono fermamente autoconvinta ormai quindi bene cosi`.
Per il resto uscire dalla biologia? Noi? Manno`...e` che ogni tentativo di aggiungere a quel modellino una gestione esplicita del pH mi e` esploso in mano e ne ho le patelle piene :) |
http://www.medito.eu.org/vodka/odierno |
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Discussione |
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Michealis-Menten e Km (un grande classico)
Didattica
