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Autore

Discussione

mo-lab
Utente Junior

Citt�: utrecht

348 Messaggi

Inserito il - 15 aprile 2010 : 10:52:13

..domanda forse idiota...il mio campione e un m rna di 2kb..quando lo corro su gel pero e alto circa 1kb...rispetto al ladder che pero e dna genomico...questo puo fare la differenza?

superilala
Nuovo Arrivato

Citt�: Rotterdam

30 Messaggi

Inserito il - 15 aprile 2010 : 12:08:03

...mmmm...che io sappia l'RNA corre diversamente perch� � un singolo filamento..puo' darsi che formi strutture secondarie che ne alterano la corsa...dovresti provare a correrlo in condizioni denaturanti.

GFPina
Moderatore

Citt�: Milano

8408 Messaggi

Inserito il - 15 aprile 2010 : 12:33:43

Ma come sarebbe che utilizzi un ladder di DNA per una elettroforesi di RNA? E' sbagliato! Il DNA � a doppio filamento e l'RNA a singolo, � ovvio che migrino in maniera diversa.
Moooooooolto approssimativamente hai una cosa corretta, nel senso che il tuo campione � 2000nt e tu osservi una migrazione a 1000bp (nota che ho usato apposta nt e bp, che non sono la stessa cosa!!!), che potrebbe avere un senso considerato che 1000bp (coppie di basi) sono in totale 2000 basi. Ma non si possono usare questi conti mooooooolto approssimativi che lasciano il tempo che trovano!
1� l'RNA comunque non migra come il DNA
2� come diceva superilala l'RNA pu� formare strutture secondarie e queste alterano la migrazione elettroforetica, dovresti utilizzare condizioni denaturanti (e possibilmente un ladder a RNA)

mo-lab
Utente Junior

Citt�: utrecht

348 Messaggi

Inserito il - 15 aprile 2010 : 23:43:49

lho denaturato l rna per 10min a 60 gradi

GFPina
Moderatore

Citt�: Milano

8408 Messaggi

Inserito il - 16 aprile 2010 : 10:52:09

No io dicevo (e anche superilala) che devi "correrlo" in condizioni denaturanti! Devi fare un gel "denaturante" e comunque rimane il fatto che uno standard a DNA non � adeguato.