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Chimerablu
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 Inserito il - 21 giugno 2010 : 12:35:58
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Salve a tutti, avrei bisogno di un aiuto riguardo allo svolgimento di alcuni quesiti di genetica...
un individuo triplo eterozigote QqPeRr porta i geni in cis. Sapendo che il gene P è nella posizione centrale e che la distanza tra P e Q è di 15um e quella tra P e R è di 5, determina quali gameti e con quale frequenza sono attesi; l'interferenza in questa regione è pari a 0.3.
Svolgimento:
10um 5um
-Q--------P----R--
-q--------p----r--
regione I
frequenza di ricombinazione regione QP = 15%
distanza di mappa/100 = 0.15
regione II
frequenza di ricombinazione regione PR = 5%
distanza di mappa/100 =0.05
doppi ricombinanti attesi = (Dist. di mappa regione I/100)x (dist. di mappa regione II/100)
ed ora?...
non so più come proseguire potreste aiutarmi?
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Parauallr
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Città: Nocera Inf. (SA) - Roma
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Inserito il - 21 giugno 2010 : 13:02:42
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Per prima cosa calcoli tutte le frequenze dei possibili gameti, cioè i non ricombinanti e i singoli ricombinanti per ciascuna regione. In tutto saranno 8 (2 non ricombinanti, 4 ricombinanti, 2 singoli ricombinanti).
Ora calcoli i doppi ricombinanti osservati tramite l'interferenza, che saranno 0,7*attesi. Ora calcola la differenza tra gli attesi e gli osservati. Questo numero va sottratto ai non ricombinanti e sommato ai singoli ricombinanti.
Spero di esser stato chiaro |
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Chimerablu
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Inserito il - 21 giugno 2010 : 13:25:59
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Grazie mille ora provo a risolvere l'esercizio poi magari riposto la conclusione così mi sai dire se è giusta? Grazie mille!! |
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Chimerablu
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17 Messaggi |
Inserito il - 21 giugno 2010 : 15:56:54
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posso avere 3 casi di ricombinazione:
a) i gameti parentali QPR qpr
b) i gameti ricombinanti della 1° ricombinazione Qpr qPR
c) i gameti ricombinanti della 2° ricombinazione QPr qpR
Dalle unità di mappa ricavo la frequenza di ricombinazione:
- QP --> 15 um = 15% 15/100 = 0.15
- PR --> 5 um = 5% 5/100 = 0.005
Doppi ricombinanti
0.15 x 0.05 = 0.0075 = 0.75%
doppi ricombinanti
QpR --> 0.37%
qPr --> 0.37%
ricombinanti della 1° ricombinazione
15%- 0.75% = 14.25
7.12% Qpr
7.12% qPR
ricombinanti della 2° ricombinazione
5% - 0.75% = 4.25
2.12% QPr
2.12% qpR
i parentali
totale - doppi ricombinanti - ricombinanti 1° - ricombinanti 2° = parentali %
100% - 0.75% - 14.52 - 4.25 = 80.75%
40.38% QPR
40.38% qPR
Come calcolo i doppi ricombinanti osservati tramite l'interferenza?
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Parauallr
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Città: Nocera Inf. (SA) - Roma
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Inserito il - 21 giugno 2010 : 16:25:57
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Ok, ripeto. Ora prendi i doppi ricombinanti attesi (0,75), li moltiplichi per 0,7, cioè il coefficiente di coincidenza (coeff dicoincidenza= 1 - interferenza). Questi (0,525) saranno quelli osservati.
Ora, quale sarà la differenza tra i due? 0,225. Questo valore va sommato ai singoli ricombinanti e sottratto ai parentali. Così otterrai le stesse distanze di mappa, con l'interferenza desiderata.
Spero sia più chiaro |
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Chimerablu
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Inserito il - 21 giugno 2010 : 16:32:58
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| Grazie mille ora ci sono!! |
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Chimerablu
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Inserito il - 21 giugno 2010 : 17:02:00
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mmm credo che possa insultarmi :)
Ma ho qualche perplessità ancora.. dunque
doppi ricombinanti osservati --> coefficiente di coicindenza = 1 - interferenza
--> coefficiente di coincidenza = 1 - 0.3
--> coefficiente di coincidenza = 0,7
doppi ricombinanti x 0.7 = 0.75 x 0.7
= 0.525 sono i doppi ricombinanti osservati
e fin qui ok!!!
doppi ricombinanti attesi = 0.75
doppi ricombinanti osservati = 0.525
attesi - osservati = 0.225
Perché ora devo sommare ai 0.255 i singoli ricombinanti e sottrarre 0.225 ai parentali?
Le mie distanze di mappa non le ho già? e l'interferenza non ce l'ho già 0.3 ???
0.15 + 0.225 = 0.375
40.38 - 0.225 = 40.15
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Parauallr
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Città: Nocera Inf. (SA) - Roma
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Inserito il - 21 giugno 2010 : 17:40:39
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Ok, no ti preoccupare  Forse effettivamente non sono stato abbastanza chiaro su questo punto.
Quando hai calcolato le tue frequenze, (80.75% 14.25% 4.25% 0.75%), ottieni i risultati che avresti con interferenza 0. Ora, se a causa dell'interferenza i doppi ricombinanti si abbassano da 0.75% a 0.525%, è evidente che anche le altre percentuali debbano subire delle variazioni. Questo perchè, se lasciamo i risultati così, non raggiungiamo il 100%, e comunque avrai in una eventuale controprova (cioè se vai a calcolare all'inverso le distanze di mappa a partire dalle frequenze), delle distanze di mappa che non coincidono più a quelle di partenza.
Le modifiche che devi apportare sono quelle che ti ho detto. Aggiungi 0.225 ai singoli ricombinanti e lo sottrai ai parentali.
Più in generale, quando a causa dell'interferenza hai delle differenze tra doppi ricombinanti attesi e osservati, questo valore va sottratto ai parentali e sommato ai singoli ricombinanti.
Ora, l'unico modo per accertartene è provare: una volta fatto, ricalcola le frequenze di ricombinazione e vedrai che rimangono 5cM e 15 cM  |
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Chimerablu
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Inserito il - 21 giugno 2010 : 18:08:05
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ok se ho capito bene devo fare:
80.75 - 0,225 = 80.975 parentali
14.25 + 0.225 = 14.475 ricombinanti 1° regione
4.25 + 0.225 = 4.475 ricombinanti 2° regione
0.525 doppi ricombinanti
-------------------------------------------------
100.45
ovvio si dovrà arrotondare un po' ma ci siamo :)
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Parauallr
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Città: Nocera Inf. (SA) - Roma
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Inserito il - 21 giugno 2010 : 18:46:20
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No non bisogna arrotondare nulla.
Semplicemente 80.75 - 0,225 = 80.975 non è esatto :) Rifai bene il calcolo e vedi che ti trovi al 100% 
Inoltre, con i nuovi dati, ricalcola le distanze di mappa e controlla che siano rimaste 5 e 15cM |
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Chimerablu
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17 Messaggi |
Inserito il - 22 giugno 2010 : 10:58:10
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ehmm e come faccio??
non so come proseguire però ho ipotizzato si possa procedere in questo modo
calcolo la distanza di mappa:
singoli ricombinanti 1° regione + doppi ricombinanti / 100 (progenie totale - non ce l'ho considero "100" visto che ho le percentuali?) =
14.475 + 0.525 / 100 = 0.15 =
0,15 x 100 = 15 um
singoli ricombinanti 2° regione + doppi ricombinanti / 100 = 0.05
0.5 x 100 = 5um
e così mi ritrovo le stesse distanze di mappe!!
-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.
Purtroppo la spiegazione a questi esercizi è stata molto veloce e quindi non sono riuscita a comprenderli bene :) Inoltre il mio esercitatore li ha svolti in un'altra maniera a me incomprensibile, per questo ho cercato su forum ed internet. Solo che tutti gli esercizi trovati hanno un numero della progenie totale mentre qui io non ce l'ho.
lo stesso esercizio che grazie al tuo aiuto abbiamo svolto è stato svolto in modo diverso e cioè:
ricombinanti QP = 0.15 (15/100)
ricombinanti PR = 0.05 (5/100)
doppi ricombinanti 0.15 x 0.05 x 0.7 = 0.00525
ricombinanti regione QP = 0.015 - 0.00525 = 0.14475
ricombinanti 0.05 - 0.00525 = 0.04475
Parentali = 1 - ( 0.00525 + 1.1475 + 0.04475 )
Puoi spiegarmi perché loro fanno in codesta maniera?
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Parauallr
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Città: Nocera Inf. (SA) - Roma
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Inserito il - 22 giugno 2010 : 11:26:26
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Ok, stiamo calmi. Allora, una volta giunti ai risultati seguenti:
80.75 - 0,225 = 80.525 parentali
14.25 + 0.225 = 14.475 ricombinanti 1° regione
4.25 + 0.225 = 4.475 ricombinanti 2° regione
0.525 doppi ricombinanti
(in totale 100)
l'esercizio è concluso. Ora, ti ho semplicemente proposto, dati alla mano, di fare una prova del 9 e vedere se effettivamente, con questi risultati, ti ritrovi le distanze di mappa richieste.
Cioè, effettua un normale esercizio di incrocio a 3 punti con i seguenti dati
QPR 80.525/2
qpr 80.525/2
Qpr 14.475/2
qPR 14.475/2 ecc......
Questo solo per farti osservare come alla fine dell'esercizio tutto torni. Ma se non ti va di farlo e ti fidi che questo sia il risultato, nessuno ti obbliga
Per quanto riguarda la seconda questione, il procedimento da te descritto è forse più adatto e veloce con il tuo metodo di svolgimento. In effetti un esercizio del genere io lo avrei svolto in maniera diversa.
Praticamente, tramite questo procedimento da te descritto, ottieni innanzitutto i doppi ricombinanti osservati (0,00525, o 0,525%), e li sottrai alle distanze di mappa (0,05 e 0,015 , o 5% e 15%) per ottenere i singoli ricombinanti. Da qui ottieni i parentali che sono la percentuale rimanente. Come puoi osservare i risultati sono identici. |
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Chimerablu
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Inserito il - 22 giugno 2010 : 11:58:53
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| GRazie mille sei stato molto paziente e soprattutto molto gentile!!! E' bello che questo forum abbia persone pazienti e gentili come te lo rende davvero utile :) Grzie ancora e scusa il gratta capo :) |
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