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c
Nuovo Arrivato



19 Messaggi
Inserito il - 12 agosto 2010 : 12:07:51  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di c Invia a c un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
salve a tutti,
avrei bisogno di aiuto per sapere se una popolazione con le seguenti frequenze alleliche è o meno in equilibrio di Hardy-Weinberg:
C282Y    154
H63D    1360
S65C      53
E168Q      2
P160delC   1
M172K      1
V59M       1
WT      8247
TOTAL   9819


GRAZIE!

GFPina
Moderatore

GFPina

Città: Milano


8408 Messaggi
Inserito il - 16 agosto 2010 : 15:33:21  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Non bastano le frequenze alleliche per sapere se una popolazione è in equilibrio, dovresti vedere le frequenze genotipiche!
In ogni caso visto che ci sono ben 8 alleli il calcolo è abbastanza complicato!
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c
Nuovo Arrivato



19 Messaggi
Inserito il - 17 agosto 2010 : 08:36:43  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di c Invia a c un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Grazie! Ma esistono dei software che permettono di verificare l'equilibrio con così tanti alleli?
In alternativa potrei trascurare i soggetti che presentano alleli minoritari (che sono solo 11 su 4897) e la faccenda si ridurrebbe a una popolazione con 3 alleli e le frequanze genotipiche:
C282Y/C282Y 1
H63D/H63D 90
H63D/C282Y 22
H63D/WT 1150
C282Y/wt 130
S65C/WT 48
wt/wt 3444
total 4886

e le frequenze alleliche:
C282Y 154
H63D 1352
S65C 48
WT 8216

in questo caso che dovrei fare?
grazie!
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GFPina
Moderatore

GFPina

Città: Milano


8408 Messaggi
Inserito il - 17 agosto 2010 : 23:21:33  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Dovrebbero esistere dei software per calcolarlo, ma purtroppo non te ne so indicare.
In ogni caso l'equilibrio di H-W:
- nel caso di 2 alleli è espresso dal quadrato del binomio: (p + q)² = p² + q² + 2pq = 1
- nel caso di 3 alleli dal quadrato del trinomio: (p + q + r)² = p² + q² + r² + 2pq + 2pr + 2qr = 1
ecc...

in ogni caso dalle frequenze alleliche ti calcoli le frequenze genotipiche "teoriche", che sono quelle che avrebbe la popolazione in equilibrio, cioè: (ti faccio il caso di 2 alleli per semplicità)
tu hai le frequenze alleliche che sono p e q
ti calcoli le frequenze genotipiche: p², q² e 2pq
poi fai un Chi quadrato con le frequenze genotipiche "attese" (quelle che hai calcolato) e quelle "osservate" (quelle che hai tu) e vedi che probabilità ha la tua popolazione di essere in equilibrio.

Il procedimento è sempre questo ma man mano che aumentano gli alleli i calcoli diventano più complicati.
Poi in realtà ci sarebbe anche da valutare se il test del Chi quadrato sia adeguato... ma qui ci sono persone più ferrate in statistica rispetto a me!


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Manolis
Nuovo Arrivato



16 Messaggi
Inserito il - 22 agosto 2010 : 20:20:04  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Manolis Invia a Manolis un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
prova a vedere questo sito/calcolatore per più di due alleli...

http://www.husdyr.kvl.dk/htm/kc/popgen/genetik/applets/kitest.htm

ciaoM
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c
Nuovo Arrivato



19 Messaggi
Inserito il - 23 agosto 2010 : 11:08:25  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di c Invia a c un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
grazie mille per l'aiuto!
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