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markino3
Nuovo Arrivato
26 Messaggi |
 Inserito il - 11 novembre 2010 : 22:00:51
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Ragazzi ho bisogno solo di un parere. Ho trovato un protocollo di estrazione del DNA dai lattobacilli che prevede la sospensione di una colonia batterica in un brodo di coltura, la centrifuga a 5000 rpm per 10 minuti, il lavaggio con TAE 1X, centrifuga a 13000 rpm e 10 minuti a 99°C. Tale protocollo non prevede l'utilizzo di RNAsi che eliminino l'RNA, o solventi quali l'etanolo per la precipitazione. Io alla fine ottnego 1 ml di soluzione contenente membrane rotte, proteine, DNA, RNA, etc..se carico su gel o utilizzo per una PCR non prelevo anche tutto lo sporco di fondo?
Voi cosa ne pensate?
Grazie
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mak_steon
Utente Junior
138 Messaggi |
Inserito il - 12 novembre 2010 : 09:13:54
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Sicuramente hai anche lo sporco, però non è detto che non ti amplifichi.
Certo che se vuoi DNA "puro" devo fare anche altri passaggi.
Se ti interessa solo ai fini dell'amplificazione (tipo per il 16S o per una specie specifica) può andare bene, io a volte per fare veloce metto la colonia direttamente nei tubini di reazione, ma ho visto che dipende molto dalla specie, dal fatto che la colonia sia giovane o vecchia, e dalla quantità (ce ne deve andare pochissima altrimenti ti porti dietro troppi inibenti), e quindi non sempre viene.
Ciao ciao |
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markino3
Nuovo Arrivato
26 Messaggi |
Inserito il - 12 novembre 2010 : 13:20:03
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| Grazie mille! Guarda il DNA mi serve solo per l'identificazione di specie tramite PCR, il protocollo l'ho preso dalle norme dell'Istituto Superiore di Sanità ma mi sembrava un'operazione molto sporca, avevo paura che nel gel di controllo dell'estrazione avrei visto più sporco di fondo che DNA realmente estratto. Grazie ancora!:-) |
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