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ninnyx
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 Inserito il - 25 novembre 2010 : 11:01:04
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Ciao a tutti e complimenti per il sito.
Sto preparando l'esame di biologia molecolare e sono un po confuso per quanto riguarda la rimozione degli inneschi di rna.
Quello che ho capito e' che nei procarioti gli inneschi sono rimossi dalla dna polimerasi I.
Negli eucarioti invece ho dei dubbi perche' il libro di genetica dice una cosa diversa da quello di biologia molecolare.
Infatti nel primo caso parla di una proteina detta RPA (replicant protein A) che si lega alla dna polimerasi quando quest'ultima incontra l'estremita' 5'-P-P-P del primer. La RPA poi sposta il primer insieme ad un corto frammento di dna ed entrambi vengono rimossi da una endonucleasi.
Nel secondo caso si dice che gli inneschi vengono rimossi da una RNasi H. A quale dei due devo fare riferimento?
Scusate per la prolissita' e vi ringrazio in anticipo pr il vostro aiuto.
Ciao,
Nino
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"Liberta' e' un altro modo per dire che non hai niente da perdere" |
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gilthanas
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100 Messaggi |
Inserito il - 27 novembre 2010 : 00:19:26
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Allora diciamo che la prima definizione è la migliore ma non si può dire che la seconda sia proprio sbagliatissima (forse un pò troppo lacunosa)...
Nel senso che RPA è una proteina eterotrimerica che durante la DNA replication, agisce a livello della forca replicativa, stabilizzando il DNA a singolo filamento nascente (ssDNA) e facilitandone quindi la sua sintesi da parte di una delle DNA polimerasi replicative. In condizioni di danno al DNA partecipa attivamente anche a processi di riparazione. RPA è una proteina che lega il ssDNA (e non la polimerasi) una volta che la polimerasi ha esteso un frammento di Okazaki e ha raggiunto la forca di replicazione successiva dove trova il primer a RNA del frammento successivo. A questo punto i primer vengono rimossi da una endonucleasi (si crede sia FEN1), comunque enzimi che hanno una attività di RNasi H, che è una endonucleasi che taglia l'RNA una volta che ci sono dei duplex RNA/DNA come anche per esempio nel processo di retro-trascrizione.
Spero sia chiaro.... |
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ninnyx
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5 Messaggi |
Inserito il - 29 novembre 2010 : 09:26:33
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Grazie mille Gilthanas!
Quindi se non ho capito male le due descrizioni vanne integrate l'una con l'altra, esatto?
Nel senso che la RPA lega il ssDNA quando la DNApolimerasi raggiunge il primer del frammento successivo;
a questo punto entra in gioco una endonucleasi RNasi H, la quale riconosce duplex ibridi Dna/Rna, che rimuove il primer.
Scusa se ne approfitto ancora, ma ti vorrei chiedere se oltre a stabilizzare il ssDna, la RPA svoge qualche altra
funzione nel processo di replicazione?
Anche le proteine SSB stabilizzano il SSDna al livello della forca di replicazione pero' sono una cosa diversa
rispetto alla RPA, esatto?
Grazie ancora.
Ciao
Nino |
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gilthanas
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100 Messaggi |
Inserito il - 01 dicembre 2010 : 23:13:27
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Figurati Nino!!
Allora, no non sono una cosa diversa...in realtà RPA non è altro che un complesso eterotrimerico di single-stranded DNA-binding protein (SSB) che ritroviamo in tutte le cellule eucariote. Semplicemente.
Le proteine SSB sono state identificate a partite dai virus fino agli umani. Ma mentre la maggior parte delle SSBs virali o dei fagi funzionano come monomeri, quelli eucariotiche tendono a formare un eterotrimero denominato RPA, ma la più stidiata SSB è quella del batterio E.coli che è invece tetramerica.
RPA gioca anche ruoli essenziali in numerosi aspetti del metabolismo degli acidi nucleic, tra cui il più importante e conosciuto è senza dubbio la replicazione del DNA, ma partecipa anche al meccanismo di riparazionbe nucleotide excision repair (NER) e la recombinazione homologa.
Tutto qui... |
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ninnyx
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Città: messina
5 Messaggi |
Inserito il - 02 dicembre 2010 : 11:39:23
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Ciao Gilthanas,
adesso e' tutto molto piu' chiaro.
Ti ringrazio per la dritta!
Alla prossima.
Ciao,
Nino
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Rimozione dei primer
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