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fpotpot
Utente
Città: middleofnowhere
1056 Messaggi |
 Inserito il - 06 ottobre 2006 : 12:45:20
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Ciao a tutti!
devo ordinare tre peptidi sintetici di 6-8 aa,il problema e' che c'e' una Q (Gln) terminale in quasi tutti e i tizio della ditta che li fa mi ha detto che e' molto instabile e si puo' trasformare in piroglutamato.Le alternative che ho sono:
-tenermele come piroglutamato;
-"cappare"con un aa extra,quindi magari quello della sequenza proteica;
-acetilare
-aggiungere un aa.
Cosa consigliate?e ne caso volessi aggiungere una aa potrei aggiungere una alanina?che proprieta' ha questo aa?o e' meglio tenere un aa della sequenza proteica?
grazie mille!!
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
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fpotpot
Utente
Città: middleofnowhere
1056 Messaggi |
Inserito il - 06 ottobre 2006 : 15:42:45
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| e' vero..,devo solo usarli come antimicrobico..tanto so gia' che nn funziona-in un test tipo disc diffusion o killing assay versus batteri. |
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fraulan
Nuovo Arrivato
Prov.: Ferrara
Città: Ferrara
25 Messaggi |
Inserito il - 06 ottobre 2006 : 18:08:50
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Scusa, ma se lo devi testare sapendo gia` che non funziona, poco importa se lo tieni come piroglutamato!
Comunque, se invece ti dovesse servire di farlo funzionare, potresti provare a sostituirlo con diverse cose:
1)Asparagina (N): catena laterale uguale a quella della Q solo con un C in meno;
2)Acido Glutammico (E): identico alla Q solo che invece di avere un'ammide ha un acido carbossilico in catena laterale.
Queste due sono le sostituzioni piu` ovvie. In alternativa potresti anche provare Leucina (L), Lisina (K), Acido Aspartico (D) o Arginina (R), tutti con modificazioni piu` o meno sostanziali della catena laterale. Dimenticavo: gli aa naturali sono tutti (+) ma puoi introdurre variazioni anche usando quelli (-).
Scusa per la prolissita`, ma hai sfondato una porta aperta: faccio sintesi peptidica!
In bocca al lupo e fammi sapere com'e` andata!
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Saluti dalla Ohio State University!! |
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fpotpot
Utente
Città: middleofnowhere
1056 Messaggi |
Inserito il - 09 ottobre 2006 : 10:47:22
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| iiih!grazie mille!!!! |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 09 ottobre 2006 : 11:22:38
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Concordo con fraulan
Io scarterei l'alanina: sostituiresti un residuo polare con un idrofobico, quindi cambieresti parecchio le proprieta' chimiche del peptide. Se questo però non rappresentasse un problema al posto dell'Ala userei una Leu o una Ile, che presentano ingombri sterici piu' simile |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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fpotpot
Utente
Città: middleofnowhere
1056 Messaggi |
Inserito il - 09 ottobre 2006 : 18:15:04
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uh...ok!grazie!!!  |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 09 ottobre 2006 : 18:55:37
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oooooops, ho letto troppo di fretta il tuo post, scusa: tu vuoi aggiungere un amminoacido, non sostituire la gln terminale .
beh, a questo punto aggiungici una glicina: almeno in questo caso non sbagli, la catena laterale è costituita dal solo atomo di idrogeno. E' notoriamente un aa destrutturante, proprio perchè non è in grado di contrarre interazioni rilevanti, ma se parli di piccoli peptidi non credo abbia questo effetto (anzi, sarebbe la scelta più innocua) |
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fpotpot
Utente
Città: middleofnowhere
1056 Messaggi |
Inserito il - 09 ottobre 2006 : 18:57:13
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avevo pensato anche io alla glicina,dato che ingombra poco!!
grazie mille!! |
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elena0308
Utente Junior
Prov.: Pistoia
Città: pescia
207 Messaggi |
Inserito il - 02 dicembre 2006 : 18:51:10
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| scusate ma sostituirlo con un altro mi sembra assai rischioso dato che sono le catene laterali quasi sempre coinvolte nell'azione peptidica.. acetilarlo è una tecnica che usavo spesso io, comunque dipende un pò da quanto si sa sul meccanismo antimicrobico (ossia quali sono i punti chiave dell'azione, se è inutile.. sostituisci a volontà) |
Rock hard ride free all your life |
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Discussione |
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quale aa sostitutire in peptidi sintetici?
Didattica
