Premetto che ero indecisa se mettere questo topic in biologia molecolare o qui.. spero di non aver sbagliato visto che la materia di studio nel mio caso è ingegneria genetica :)
Studiando gli adattatori di conversione dalle diapositive del professore (che ha detto non serviva comprare un libro ma bastava studiare da lì, io idiota che lo ha ascoltato per risparmiare 90 euro -.-) mi sono venuti alcuni dubbi osservando questa figura:
E'spiegato che gli adattatori sono sequenze di oligo sintetiche che hanno lunghezze diverse (quelli di conversione hanno un dominio a doppia elica e due a singola, e quelli normali hanno un solo dominio a singola elica). Essendo sintetici non possiedono l'estremità 5' con il fosfato. Per utilizzare l'adattatore viene fosforilato in 5' uno dei due oligo (nel caso dell'immagine quello di destra che poi appare "sotto" come seconda elica), e ciò evita che l'adattatore si richiuda con se stesso. Fin qui ok, presumo di aver capito e che sia giusto. Il mio problema sorge nell'unione con DNA estraneo e vettore: se il mio adattatore ha solo un 5'p e l'altro è un 5'OH come si fa a legare al resto del DNA? Dovrebbe esserci un legame tra P e OH e non tra OH e OH.
Cosa mi sono persa? dove ho sbagliato?
Riporto le parole scritte sulla slide che contiene l'immagine che ho messo:
Citazione:1.Si fosforila solo uno dei due oligo (EcoRI), per impedire la reazione di autopolimerizzazione. 2.Si associano i due oligo a lunghezza diversa. 3.Si mescolano il DNA bersaglio con estremità EcoRI, il vettore con estremità BamHIe gli adattatori in un’unica reazione di ligazione. Un sottoprodotto della ligazionesono dimeri di adattatori legati tra loro attraverso le estremità EcoRI. Tuttavia queste molecole non rappresentano un serio problema perché non sono in grado di legare il vettore con l’inserto.
ps: A breve sarò senza internet e fino all'esame non potrò più controllare le risposte.. Vi chiedo di rispondere prima possibile.. Grazie :)
Beh sì è come hai detto tu! Questo è un clonaggio, il tuo vettore con l'inserto alla fine conterrà un nick, appunto perché c'è l'OH al posto del P, ma poi una volta messo nelle cellule il sistema di riparazione chiuderà il nick.