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g.emanuela
Nuovo Arrivato
Prov.: L'Aquila
Città: L'Aquila
9 Messaggi |
 Inserito il - 04 novembre 2006 : 22:08:48
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Non sò proprio da dove partire, pur avendo studiato la teoria non riesco ad applicarla.
L'esercizio è così:
Dedurre la struttura primaria di un oligopeptide dai seguenti dati sperimentali:
a) Composizione amminoacidica: 2Ala,Arg,2Lys,Met,Phe,2Ser
b) Il trattamento con CNBr produce frammenti con composizione:
peptide1: Ala,Arg,2Lys,Met,Phe,Ser
peptide2: Ala,Ser
c) Il trattamento con termolisina produce 2frammenti con composizione:
peptide1: Ala,Arg,Ser
peptide2: Ala,2Lys,Met,Phe,Ser
d) Il trattamento con tripsina produce 4frammenti con composizione:
peptide1: Ala,Arg
peptide2: Lys,Phe,Ser
peptide3: Ala,Met,Ser
1amminoacido: Lys
e) Il trattamento con carbossipeptidasiA: Ala
Aiutatemi per favore
Grazie
Emanuela
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
 Inserito il - 05 novembre 2006 : 03:27:20
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La cosa è simile a fare una mappa di restrizione.
Il CNBr taglia le proteine sul C-term residui di metionina, e visto che ne hai una sola ti vengono 2 frammenti.
Il frammento che ottieni senza metionina sarà quindi il C-term.
Quindi il tuo peptide finirà in Met-Ala-Ser-COOH oppure Met-Ser-Ala-COOH
(piccola nota... quando tagli con CNBr in realtà non ti rimane la metionina perchè vien trasformata in serina omolattone, ma ad ogni modo il ragionamento è lo stesso).
Ok, la termolisina taglia preferenzialmente prima di residui di Leu o Phe (es. A-B-Phe-C-D -> A-B + Phe-C-D). Siccome hai solo una Phe avrai solo 2 frammenti.
Quindi continuando con il nostro mapping sappiamo che l'N-term sarà composto da Ala, Arg e Ser (in qualche ordine), poi ci sarà la Phe, poi le due Lys e poi il C-term che abbiamo visto sopra.
Quindi:
NH2-X-X-X-Phe-Lys-Lys-Met-X-X-COOH
La tripsina taglia al C-term di Lys e Arg, a meno che siano seguite da Pro, che tu non hai qui, quindi non c'è da preoccuparsi!
Quindi, tagliando dopo le 2 Lys ottieni una Lys libera (la seconda) e un residuo con Met, Ala e Ser (il C-term). Inoltre sai che ottieni un frammento con Lys Phe e Ser, che ti fa capire che l'amminoacido 3 è per forza di cose una Ser e che quello prima è stato tagliato dalla tripsina e quindi è una Arg. Per esclusione il primo aa è l'Ala.
NH2-Ala-Arg-Ser-Phe-Lys-Lys-Met-X-X-COOH
L'ultimo punto ti dice che la carbossipeptidasi, che taglia il C-term, ti da un Ala, quindi l'ultimo aa è Ala e quello prima è per esclusione la Ser (vedi primo punto).
Quindi il tuo peptide sarà
NH2-Ala-Arg-Ser-Phe-Lys-Lys-Met-Ser-Ala-COOH |
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moonycinzia
Utente Junior
234 Messaggi |
Inserito il - 05 novembre 2006 : 10:07:40
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| ci ho messo un po' ma alla fine ho seguito il tuo ragionamento,carini questi esercizi...ti aiutano a ripassare i siti di taglio( a dire il vero io ricordavo solo la tripsina...!) |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 07 novembre 2006 : 21:26:09
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| Proprio bello come esercizio! |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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drumswizard
Nuovo Arrivato
Prov.: teramo
Città: teramo
4 Messaggi |
Inserito il - 30 marzo 2009 : 18:45:52
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salve a tutti scusatemi ma nn riesco a trovare nessun testo dove sia riportato precisamente i siti di taglio degli enzimi proteolitici o per lo meno nn rieesco io a capirli benissimo....adesso scrivo qui tutto quello che ho compreso e se ci fosse una pia anima che mi avalla il tutto sarei molto molto contento...... 
allora:
tripsina arg , lys
chimotripsina phe,trp,tyr,leu
elastasi ala,gly,ser val
termolisina ile met phe trp tyr val
pepsina leu phe trp tyr
poi posso trattare anche con bromuro di cianogeno che taglia in corrispondenza del met.
giusto??
grazie in anticipo!!! |
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drumswizard
Nuovo Arrivato
Prov.: teramo
Città: teramo
4 Messaggi |
Inserito il - 02 aprile 2009 : 17:23:41
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ma proprio nessuno sa aiutarmi??? |
Non c'è nulla di più pratico di una buona teoria!!! |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
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drumswizard
Nuovo Arrivato
Prov.: teramo
Città: teramo
4 Messaggi |
 Inserito il - 08 aprile 2009 : 12:26:33
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yes google is my friend....ma l'inglese mica tanto!!so I can read your link e vedo cosa ci posso ricavare......grazie comunque  |
Non c'è nulla di più pratico di una buona teoria!!! |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 08 aprile 2009 : 14:17:09
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| Beh, i nomi degli aminoacidi son sempre quelli! E poi è un buon esercizio per l'inglese che è assolutamente indispensabile conoscere, e aggiungerei conoscere bene, per lavorare nel campo della biologia (e affini). |
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drumswizard
Nuovo Arrivato
Prov.: teramo
Città: teramo
4 Messaggi |
Inserito il - 12 aprile 2009 : 19:38:54
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sicuramente...infatti era una specie di battuta!!!mi sto dando da fare!!!sisi |
Non c'è nulla di più pratico di una buona teoria!!! |
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boysarco
Nuovo Arrivato
2 Messaggi |
Inserito il - 19 novembre 2010 : 11:24:51
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Citazione:
Messaggio inserito da chick80
La cosa è simile a fare una mappa di restrizione.
Il CNBr taglia le proteine sul C-term residui di metionina, e visto che ne hai una sola ti vengono 2 frammenti.
Il frammento che ottieni senza metionina sarà quindi il C-term.
Quindi il tuo peptide finirà in Met-Ala-Ser-COOH oppure Met-Ser-Ala-COOH
(piccola nota... quando tagli con CNBr in realtà non ti rimane la metionina perchè vien trasformata in serina omolattone, ma ad ogni modo il ragionamento è lo stesso).
Ok, la termolisina taglia preferenzialmente prima di residui di Leu o Phe (es. A-B-Phe-C-D -> A-B + Phe-C-D). Siccome hai solo una Phe avrai solo 2 frammenti.
Quindi continuando con il nostro mapping sappiamo che l'N-term sarà composto da Ala, Arg e Ser (in qualche ordine), poi ci sarà la Phe, poi le due Lys e poi il C-term che abbiamo visto sopra.
Quindi:
NH2-X-X-X-Phe-Lys-Lys-Met-X-X-COOH
La tripsina taglia al C-term di Lys e Arg, a meno che siano seguite da Pro, che tu non hai qui, quindi non c'è da preoccuparsi!
Quindi, tagliando dopo le 2 Lys ottieni una Lys libera (la seconda) e un residuo con Met, Ala e Ser (il C-term). Inoltre sai che ottieni un frammento con Lys Phe e Ser, che ti fa capire che l'amminoacido 3 è per forza di cose una Ser e che quello prima è stato tagliato dalla tripsina e quindi è una Arg. Per esclusione il primo aa è l'Ala.
NH2-Ala-Arg-Ser-Phe-Lys-Lys-Met-X-X-COOH
L'ultimo punto ti dice che la carbossipeptidasi, che taglia il C-term, ti da un Ala, quindi l'ultimo aa è Ala e quello prima è per esclusione la Ser (vedi primo punto).
Quindi il tuo peptide sarà
NH2-Ala-Arg-Ser-Phe-Lys-Lys-Met-Ser-Ala-COOH
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boysarco
Nuovo Arrivato
2 Messaggi |
Inserito il - 19 novembre 2010 : 11:26:42
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Citazione:
Messaggio inserito da chick80
La cosa è simile a fare una mappa di restrizione.
Il CNBr taglia le proteine sul C-term residui di metionina, e visto che ne hai una sola ti vengono 2 frammenti.
Il frammento che ottieni senza metionina sarà quindi il C-term.
Quindi il tuo peptide finirà in Met-Ala-Ser-COOH oppure Met-Ser-Ala-COOH
(piccola nota... quando tagli con CNBr in realtà non ti rimane la metionina perchè vien trasformata in serina omolattone, ma ad ogni modo il ragionamento è lo stesso).
Ok, la termolisina taglia preferenzialmente prima di residui di Leu o Phe (es. A-B-Phe-C-D -> A-B + Phe-C-D). Siccome hai solo una Phe avrai solo 2 frammenti.
Quindi continuando con il nostro mapping sappiamo che l'N-term sarà composto da Ala, Arg e Ser (in qualche ordine), poi ci sarà la Phe, poi le due Lys e poi il C-term che abbiamo visto sopra.
Quindi:
NH2-X-X-X-Phe-Lys-Lys-Met-X-X-COOH
La tripsina taglia al C-term di Lys e Arg, a meno che siano seguite da Pro, che tu non hai qui, quindi non c'è da preoccuparsi!
Quindi, tagliando dopo le 2 Lys ottieni una Lys libera (la seconda) e un residuo con Met, Ala e Ser (il C-term). Inoltre sai che ottieni un frammento con Lys Phe e Ser, che ti fa capire che l'amminoacido 3 è per forza di cose una Ser e che quello prima è stato tagliato dalla tripsina e quindi è una Arg. Per esclusione il primo aa è l'Ala.
NH2-Ala-Arg-Ser-Phe-Lys-Lys-Met-X-X-COOH
L'ultimo punto ti dice che la carbossipeptidasi, che taglia il C-term, ti da un Ala, quindi l'ultimo aa è Ala e quello prima è per esclusione la Ser (vedi primo punto).
Quindi il tuo peptide sarà
NH2-Ala-Arg-Ser-Phe-Lys-Lys-Met-Ser-Ala-COOH
ma la carbossipeptidasi se taglia il c-terminale...l'ala n dovrebbe essere la prima da sinisra?!?!? come fai a dire che gli ultimi 2 aa sono ser-ala?? |
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nashita
Utente
Prov.: Puglia
1085 Messaggi |
Inserito il - 25 novembre 2010 : 16:51:00
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| non ho letto l'intera discussione ma l'estremità C terminale è quella dx |
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