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scholar
Nuovo Arrivato



6 Messaggi
Inserito il - 08 novembre 2011 : 12:06:00  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di scholar Invia a scholar un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
salve a tutti!
qualcuno può spiegarmi perchè un DNA batterico (sia Gram+ che Gram-) estratto con fenolo-cloroformio risulta amplificabile (sequenza universale 16S) se sottoposto subito a PCR, mentre dopo uno stoccaggio degli estratti a -20 °C per 3 mesi alcuni estratti si amplificano e altri no?
grazie mille!

roberta.s
Utente Junior

yeast

Città: Parigi


564 Messaggi
Inserito il - 08 novembre 2011 : 13:58:47  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di roberta.s Invia a roberta.s un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Non ho capito: estrai il DNA, lo congeli a -20°C e dopo 3 mesi la PCR non funziona?
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scholar
Nuovo Arrivato



6 Messaggi
Inserito il - 08 novembre 2011 : 14:03:04  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di scholar Invia a scholar un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
non proprio così...
la pcr fatta SUBITO funziona, mentra sull'estratto conservato per tre mesi a -20 °C non funziona
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roberta.s
Utente Junior

yeast

Città: Parigi


564 Messaggi
Inserito il - 08 novembre 2011 : 14:28:37  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di roberta.s Invia a roberta.s un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
hai provato a controllare la qualità del DNA prima di fare la PCR? Mi sembra pero' strano...il DNA a -20°C dovrebbe conservarsi bene, anche se non ho esperienza con DNA batterico.
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scholar
Nuovo Arrivato



6 Messaggi
Inserito il - 08 novembre 2011 : 14:31:47  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di scholar Invia a scholar un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
sto facendo una valutazione dell'efficacia di vari kit commerciali confrontati con metodo fenolo:cloroformio.
le purezze sono tutto ok, tant'è che la PCR fatta subito viene.
probabilmente succede qualcosa durante lo stoccaggio, ma non riesco a capire cosa.
forse qualche residuo dell'estrazione che è a livelli sub-inibitori ma poi, durante lo stoccaggio, rovina il DNA?
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Limpet
Nuovo Arrivato

Prov.: Roma
Città: Roma


83 Messaggi
Inserito il - 09 novembre 2011 : 16:13:06  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Limpet Invia a Limpet un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Scusami, ma in che buffer conservi il campione?
inoltre, l'hai quantizzato su gel per vedere che è successo?
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