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sofialav
Nuovo Arrivato
13 Messaggi |
 Inserito il - 19 novembre 2011 : 15:02:05
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Salve a tutti!
Avrei un problema: ho effettuato una reazione di sequenziamento attraverso un elettroferogramma dove ad ogni picco corrisponde una base azotata e così ho la sequenza completa.Devo soltanto confrontare la sequenza di DNA ottenuta nell'elettroferogramma con delle altre standard che posseggono la mutazione e vedere quale di queste mutazioni è presente nel mio sequenziamento.
Dove è presente la lettere N vi è una sovrapposizione dei picchi e quindi una mutazione.
Vi ringrazio anticipatamemte!
AGCCAGTGCC AGAAGAGCCA AGGACAGGTA CGGCTGTCATC ACTTAGACCTCACCCTGT
GAGCCACACC CTAGGGTTGG CCAATCTACT CCCAGGAGCAG GAGGGCAGGAGCCAGGG
TGGGCATAAA AGTCAGGGCA GAGCCATCTA TTGCTT ACAT TTGCTTCTGA CACAACTGTG
TTCACTAGCA ACCTCAAACA GACACC ATG GTGCACCTGAC TCCTGAGGAG AAGTCTGCCG
TTACTGCCCT GTGGGGCAAG GTGAACGTGG ATGAAGTTGG TGGTGAGGCC CTGGGCAG GT
TGG T ATCAAG GTTACAAGAC AGGTTTAAGG AGACCAATAG AAACTGGGCA TGTGGAGACA
GAGAAGACTC TTGGGTTTCT GATAGGCACT GACTCTCTCT GCCTATTGGT CTATTTTCC
ACCCTTAG GC TGCTGGTGGT CTACCCTTGG ACCCAGAGGT TCTTTGAGTC CTTTGGGGAT
CTGTCCACTC CTGATGCTGT TATGGGCAAC CCTAAGGTGA AGGCTCATGG CAAGAAAGT
G #61664; A mutazione B+IVSI-1
T#61664; C mutazione B+ IVSI-6
G#61664; A mutazione B+IVSI-110
C#61664;T mutazione B°39
Allegato:  Sofia L Sequenz 11-11-11.ppt
3004,14 KB
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0barra1
Utente Senior
Città: Paris, VIIème arrondissement
3847 Messaggi |
 Inserito il - 19 novembre 2011 : 15:06:39
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| Perdona la domanda sciocca, ma non ho capito cosa vorresti che ti aiutassi a fare. L'allineamento? |
So, forget Jesus. The stars died so that you could be here today.
A Universe From Nothing, Lawrence Krauss
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sofialav
Nuovo Arrivato
13 Messaggi |
Inserito il - 19 novembre 2011 : 15:21:33
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| Scusami forse mi sono spiegata male; vorrei sapere che mutazione contiene il mio elttroferogramma perchè non riesco a capire come dovrei trovarla. Una delle sequenze che ho scritto qui sopra dovrebbe corrispondere a quella del mio elettroferogramma contenente la mutazione, ma sinceramente non riesco a trovarla! |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 19 novembre 2011 : 16:58:57
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Direi che la reazione di sequenziamento non è venuta molto bene, gli elettroferogrammi sono abbastanza brutti e in alcuni punti diventa difficile o impossibile stabilire la sequenza. Dove hai le N non è perchè c'è una mutazione ma perché l'elettroferogramma è molto brutto e c'è una sovrapposizione di picchi che non permette di leggere correttamente la sequenza.
Comunque sia non è chiaro quello che hai bisogno, potresti spiegarti meglio.
Cosa sono le sequenze che hai messo? Devi confrontare cosa con cosa?
Tu scritto una sequenza e hai allegato gli elettroferogrammi di altre due (credo, in realtà non sono al computer e non le visualizzo molto bene), quale di queste è la tua? |
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sofialav
Nuovo Arrivato
13 Messaggi |
Inserito il - 19 novembre 2011 : 17:04:54
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| Abbiamo fatto l'elettroferogramma con presente all'interno una mutazione(genotipizzazione di topi transgenici)per questo dove c'è scritto N l'apparecchio non ha letto bene e si sono sovrapposte le curve, proprio per la mutazione. I grafici sono due perchè uno si riferisce ad un topo omozigote, l'altro ad un eterozigote. Io dovrei soltanto confrontare la sequenza dell'elettroferogramma con le sequenze postate sopra e vedere che tipo di mutazione contiene. Non è una cosa molto difficile ma sinceramente non riesco a trovarla! |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 19 novembre 2011 : 23:45:08
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Vedendo quello elettroferogrammi ti assicuro che sono abbastanza brutti e le N che vedi non sono certo dovute alla mutazione ma al fatto che la sequenza e brutta in qui punti e il sequenziatore non distingue i picchi che non sono netti. Se hai una mutazione puntiforme in eterozigosi vedrai due picchi sovrapposti nello stesso punto (non spostati uno rispetto all'altro) e il resto della sequenza normale. Mentre nell'omozigote ovviamente non vedi niente perché la mutazione è in omozigosi e quindi il picco sarà unico ( anche se diverso da quello non mutato).
Quindi se uno dei due elettroferogrammi è dell'omozigote non dovresti avere nessuna N.
Comunque confrontare le sequenze a mano non è molto comodo, dovresti utilizzare un programma per fare degli allineamenti e allineare la sequenza del'elettroferogramma con quella di riferimento per vedere dove è la mutazione.
Se hai bisogno di un aiuto dovresti allegare oltre all'immagine (che serve per vedere la bontà del sequenziamento) dovresti allegare le sequenze dell'elletroferogramma in formato testo o il file del sequenziatore (ab1). |
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elettroferogramma
Didattica
