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gio87
Utente Junior



126 Messaggi

Inserito il - 27 marzo 2012 : 17:21:35  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di gio87 Invia a gio87 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Devo fare l'analisi con jaspar di un gene...ho la sequenza nucleotidica del mio gene trovata con FASTA. Ora come faccio a trovare la sequenza nucleotidica del promotore?

roberta.s
Utente Junior

yeast

Cittā: Parigi


564 Messaggi

Inserito il - 27 marzo 2012 : 17:37:59  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di roberta.s Invia a roberta.s un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Se non č disponibile un database dei promotori per l'organismo d'interesse, puoi cercare di torvare le caratteristiche di un promotore (TATA box, siti di legame per TFs, ecc) 1-2 kb a monte del gene in esame.
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gio87
Utente Junior



126 Messaggi

Inserito il - 27 marzo 2012 : 18:00:36  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di gio87 Invia a gio87 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Quali database di promotori esistono per Arabidopsis?

Citazione:
Messaggio inserito da roberta.s

Se non č disponibile un database dei promotori per l'organismo d'interesse, puoi cercare di torvare le caratteristiche di un promotore (TATA box, siti di legame per TFs, ecc) 1-2 kb a monte del gene in esame.

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0barra1
Utente Senior

Monkey's facepalm

Cittā: Paris, VIIčme arrondissement


3847 Messaggi

Inserito il - 27 marzo 2012 : 18:04:06  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di 0barra1 Invia a 0barra1 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Sforzandomi di googlare "database promoter arabidopsis",
primo risultato:

http://arabidopsis.med.ohio-state.edu/

Anche questa pagina sembra interessante

http://www.arabidopsis.org/portals/genAnnotation/genome_annotation_tools/cis_element.jsp

So, forget Jesus. The stars died so that you could be here today.
A Universe From Nothing, Lawrence Krauss

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roberta.s
Utente Junior

yeast

Cittā: Parigi


564 Messaggi

Inserito il - 27 marzo 2012 : 18:04:58  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di roberta.s Invia a roberta.s un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
guarda, non lavoro con arabidopsis, ma cercando su google ho trovato
http://www.arabidopsis.org/portals/genAnnotation/genome_annotation_tools/cis_element.jsp
sono sicura che se ti impegni un po' troverai cose interessanti!
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roberta.s
Utente Junior

yeast

Cittā: Parigi


564 Messaggi

Inserito il - 27 marzo 2012 : 18:06:16  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di roberta.s Invia a roberta.s un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ah, 0barra, non avevo letto la tua risposta!

ok, in definitiva il caro Google ti aiuterā :)
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