Quanto è utile/interessante questa discussione:
| Autore |
Discussione |
|
|
Valentina B.
Nuovo Arrivato
15 Messaggi |
 Inserito il - 28 maggio 2012 : 15:41:47
|
ciao, in laboratorio di biologia molecolare abbiamo fatto alcuni esercizi, so fare l'esercizio come richiesto, però ho un po' di dubbi sulla teoria:
in un esercizio viene dato un frammento a singolo filamento in cui si chiede di trovare l'ORF, quindi la t melting.
il mio dubbio è: il primer è un filmaneto di RNA, giusto? quindi il primer che si userà avrà basi con uracile e non timina.
se avessi questa sequenza:
CGTAGCAGTCATGAATCGAGCTTAAGCATTAAATCGCTA
il primo primer sarebbe CGTAGCAGTC, mentre il secondo sarebbe UAGCGAUUUAAUGC,cioè la complementare letta 5'->3', ma usando le basi U o T? be, ho scritto tutta questa roba per chiedere semplicemente questo. in classe il prof ha usato T, per questo ho il dubbio atroce.
GRAZIE
|
|
|
|
|
GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 28 maggio 2012 : 18:41:09
|
Scusa ma non ho capito assolutamente cosa devi fare.
Tu dici:
Citazione:
in un esercizio viene dato un frammento a singolo filamento in cui si chiede di trovare l'ORF, quindi la t melting.
poi segni i primers, che almeno da quello scritto sopra non sono stati chiesti.
Quindi cosa chiedeva esattamente l'esercizio?
Per quanto riguarda i primers quelli che vengono utilizzati per la replicazione del DNA in vivo e vengono sintetizzati dalla Primasi sono per la maggior parte primers a RNA (in realtà alcuni organismi hanno primers a DNA) mentre i primers che vengono utilizzati per l'amplificazione in vitro (PCR) sono in genere primers a DNA (quindi con la T e non la U) |
 |
|
|
preposizione
Nuovo Arrivato
12 Messaggi |
Inserito il - 31 maggio 2012 : 16:23:10
|
se devi fare PCR i primer sono a dna.
comunque io per valutare la T di melting uso OLIGO7 fantastico programma.
onestamente non ricordo come si calcola.....
per quanto riguarda l'orf io ricordo vagamente che è più facile (se non sai se sia pro o eucariotico) ricavarlo dall'mRNA.
vedi gli mRNA per ogni ORF e valuti poi quale è il più probabile.
noto però solo ora che tu hai una ATG codone di inizio eucariotico e anche un TAA, codone di stop: ecco la tua ORF allora.
per quanto riguarda invece i primer, entrambe devono essere complementari, poichè devono appaiarsi con il tuo singolo filamento; se metti come primer ad esempio quello che tu hai designato per primo CGTAGCAGTC non si appaierà mai su un filamento arrecante la sequenza identica CGTAGCAGTC. quindi in tal caso il primer sarà : GCATCGTCAG. ora trova il secondo!
comunque se parla di T di melting credo si riferisca a primer a dna per PCR........
spero di esserti stata utile.
ciao |
|
|
|
GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 31 maggio 2012 : 18:49:11
|
Citazione:
Messaggio inserito da preposizione
per quanto riguarda invece i primer, entrambe devono essere complementari, poichè devono appaiarsi con il tuo singolo filamento; se metti come primer ad esempio quello che tu hai designato per primo CGTAGCAGTC non si appaierà mai su un filamento arrecante la sequenza identica CGTAGCAGTC. quindi in tal caso il primer sarà : GCATCGTCAG. ora trova il secondo!
preposizione guarda che i primer che a segnato Valentina B. (a parte le U al posto delle T) sono corretti!
Il primer forward è "uguale" non complementare alla sequenza senso perché si deve appaiare al filamento antisenso, se disegni due primers che si appaiano allo stesso filamento la PCR non funziona!
Ma ci sono tantissime discussioni sul forum che spiegano come disegnare i primers quindi vi rimando a quelle. |
|
|
| |
Discussione |
|
|
|
Quanto è utile/interessante questa discussione:
| MolecularLab.it |
© 2003-18 MolecularLab.it |
|
|
|
primer, rna o dna?
Didattica
