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prossima biologa
Utente Attivo
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 Inserito il - 15 luglio 2012 : 19:48:36
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http://hpsacco.altervista.org/genetica3.pdf
in questo link c'è praticamente la spiegazione data dal mio professore, riguardo l'uso di STRs per lo studio di malattie genetiche.
solo che io per quanto mi sforzi non riesco a trovare il modo per dirlo a parole più semplici(in pratica devo spiegare l'uso di STR mediante PCR per allacciarmi poi al concetto di squilibrio da linkage)
non capisco cosa si è fatto:
faccio PCR usando come primer il gene malattia?
quindi devo gia sapere ipoteticamente dove si trova?
o altrimenti cosa devo fare? perchè non riesco a interpretare il disegnino.....
aiutooooo!!!
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 16 luglio 2012 : 00:43:05
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Ma dai esistono appunti di quelle lezioni? 
Va beh comunque vediamo cosa non ti è chiaro.
Tu non sai esattamente quale sia il gene che causa la malattia (altrimenti lo andresti a vedere direttamente), ma sai che ad esso è associato (cioè si trova vicino) un polimorfismo STR e "sfrutti" questo per andare a vedere la trasmissione del carattere.
Nel disegnino (che al momento non ho modo di inserire), vedi che i primers non sono situati sul "gene malattia" ma sono esterni al polimorfismo, che conosci.
Tu amplifichi quella regione, fai migrare sul gel e riconosci i due alleli (attenzione: gli alleli del polimorfismo, non del gene malattia) in base alla loro lunghezza.
Ora poniamo che l'individuo malato in questione (diciamo che sia una malattia autosomica dominante) sia eterozigote per il polimorfismo e quindi abbia gli alleli 7 e 4. Tu sai che ha il gene che causa la malattia M ma non sai se è associato a 4 o a 7.
Ora questo individuo si sposa con una donna sana e trasmette la malattia al figlio, analizzi il polimorfismo nel figlio e vedi ad es. che è 4-5 quindi ha preso dal genitore l'allele 4 a cui è associato l'allele M del gene malattia. Lo puoi dire perché sai che il figlio ha 4 e ha anche M, quindi deduci che M sia associato a 4. (5 ovviamente l'ha preso dalla madre sana).
Nel padre in realtà non puoi essere certa che l'allele M fosse associato a 4 perché potrebbe anche essere avvenuta ricombinazione.
Beh spero che a questo punto ti sia un po' più chiaro come funziona, per ors mi fermo qui, poi se hai altri dubbi andiamo avanti.  |
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prossima biologa
Utente Attivo
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Inserito il - 16 luglio 2012 : 11:22:22
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quindi io amplifico i microsatelliti usando primers per il polimorfismo in esame, e essendo la malattia associata a esso avrò amplificato anche il gene malattia.
poi a seconda dei casi posso capire la malattia a quale allele è associato, ma questo posso capirlo solo per effetto di incrocio e capire a quale allele è associato.
quindi solo attraverso lo studio dell'albero genealogico.
giusto?
è possibile anche in questo caso effettuare un calcolo del LOD SCORE?
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prossima biologa
Utente Attivo
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Inserito il - 16 luglio 2012 : 11:24:21
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Citazione:
Messaggio inserito da prossima biologa
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è possibile anche in questo caso effettuare un calcolo del LOD SCORE?
si.... che sciocca, è anche scritto.....
ok meglio così, significa che forse qualcosa mi è rimasta.....
sto nel pallone totale....
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 16 luglio 2012 : 18:00:16
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Citazione:
Messaggio inserito da prossima biologa
quindi io amplifico i microsatelliti usando primers per il polimorfismo in esame, e essendo la malattia associata a esso avrò amplificato anche il gene malattia.
No il gene non lo amplifichi, guarda bene come sono posizionati i primers.
Per altri dubbi, scusa ma oggi sono presissima, se hai bisogno di altri chiarimenti e una spiegazione del LOD score ripasso domani.
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prossima biologa
Utente Attivo
1437 Messaggi |
Inserito il - 16 luglio 2012 : 20:41:16
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giusto, i primers non mi faranno amplificare il gene malattia....
quindi tornando a capo: io amplifico i microsatelliti, e posso trovare un soggetto omozigote o eterozigote.
so che la malattia è associata al mirosatellite, per poter studiare a quale allele è associato devo capire a quale allele è associato il gene mutato che darà Malattia
quindi faccio PCR e poi da elettroforesi potrò capire se il soggetto è omozigote o eterozigote.
una volta visto che è eterozigote posso capire a quale è associato andando a studiare l'albero genealogico, capendo come si fa nel finger printing, quale allele hanno ereditato i figli da quale genitore, e se con esso si è ereditato anche il gene mutato.....
giusto?
poi però va considerato che anche se la frequenza di ricombinazione tra locus associati è bassa, è comunque presente, e quindi non si parla di un valore certo ma di dati statistici.
però non capisco a questo punto una cosa.....
quando si parla di squilibrio da linkage, prende in considerazione non più le due forme alleliche del polimorfismo. prende in considerazione 2 alleli di due loci diversi. giusto?
come se il gene malattia è associato a un polimorfismo e non è associato all'altro( nell'esempio C è associato a B3 ma non ad A3, ma per ricombinazione può capitare che viene ereditato con A3)giusto?
quindi trovo uno squilibrio nel linkage? significaa questo?
grazie comunque per tutto.... sempre disponibile anche quando super presa da mille impegni!!
ti ho dedicato l'ultimo esame della triennale.... ti dedicherò anche questo della magistrale!!! eheheh |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 18 luglio 2012 : 00:18:34
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Finalmente ce l'ho fatta a scrivere la risposta, in raltà l'ho scritta "a rate" ora ho finito è la posto!
Allora innanzitutto visto che tutto è partito da quel link, ti metto il link alle slide originali: Alberi
almeno ci riferiamo a quelle.
Per quanto riguarda l'analisi dei microsatelliti:
tu sai che il gene che causa la malattia è associato ad un certo polimorfismo e quindi non potendo vedere direttamente il gene vai a vedere il polimorfismo.
Prendi un individuo malato e vai ad amplificare la regione che contiene il polimorfismo, fai migrare su gel e vedi che alleli del polimorfismo ha. Verosimilmente sarà eterozigote per il polimorfismo, questo perché essendo una zona polimorfica (ci sono vari alleli) è facile che un individuo abbia due alleli diversi. Non puoi però dire niente a questo su quale sia l'associazione polimorfismo-gene malattia. Per poterlo dire devi analizzare l'albero genealogico.
(vai alla slide 25)
L'individuo malato ha come alleli del polimorfismo 1/2, ma tu non sai l'allele che causa malattia (che io chiamerò M, mentre chiamo m quello sano) a quale dei due è associato, puoi fare due ipotesi:
1) 1---M 2---m
2) 2---M 1---m
per sapere quale delle due è la più plausibile devi analizzare gli altri individui dell'albero.
Nella slide 26 è spiegato tutto, secondo me in modo molto chiaro, ma se hai altri dubbi chiedi pure.
Se vuoi approfondire il calcolo del LOD SCORE lo trovi alla lezione seguente, il link è questo: Lodscore
Per quanto riguarda il linkage disequilibrium (o squilibrio da linkage) il discorso è un po' diverso.
Metti da parte per ora il discorso precedente e il gene malattia.
Nell'esempio (slide 27) ti dice che hai 3 loci sullo stesso cromosoma, A B e C di cui A e B sono dei loci polimorfici e C è un gene. Hai diversi soggetti che presentano diversi alleli per i loci A e B mentre il gene C è uguale per tutti. Ad un certi punto il gene C per qualche motivo muta e questo avverrà in un soggetto ad es. (come detto nell'esempio)
"La mutazione compare per la prima volta in un soggetto A3,B3/A4,B4 sul cromosoma che porta gli alleli A3 e B3"
non c'è un motivo specifico per cui avvenga in quel individuo, succede.
Dato che il gene C si trova vicino al locus B avverranno pochi c.o. tra B e C che quindi verranno trasmessi assieme, al contrario A è più distante, quindi sarà maggiore la probabilità che avvengano c.o. e quindi gli alleli potranno dissociarsi.
Quindi il cromosoma con C mutato (che indico con C*, nelle slide è la C scritta in rosso) è questo: A3-----B3---C*
le generazioni che deriveranno da questo individuo tenderanno ad ereditare l'aplotipo B3---C* perché come dicevo prima tra B e C la frequenza di ricombinazione è bassa, ma non necessariamente erediteranno anche A3 associato ad essi perché A è più distante e la frequenza di ricombinazione è maggiore.
Ora c'è un altro passaggio logico da fare: poniamo che per qualche ragione la mutazione del gene C sua vantaggiosa (ad es. conferisce qualche forma di resistenza), gli individui che avranno C* saranno favoriti rispetto a quelli che non ce l'hanno e quindi la frequenza di C* aumenterà nella popolazione. Però abbiamo detto che C* è associato a B3 quindi anche B3 aumenterà, non perché di per sé sia favorito rispetto agli altri alleli di B, ma solo perché è vicino a C*. Quindi in sostanza tu vedrai un aumento dell'aplotipo B3---C*.
Il linkage disequilibrum è l'associazione non casuale tra gli alleli di due o più loci, alcuni alleli di questi loci si trovano associati più frequentemente di quanto non ci si aspetterebbe in base alla loro relativa frequenza.
Ora per tornare al discorso iniziale (sperando che ti sia chiaro cos'è il linkage disequilibrium) il linkage disequilibrium può essere utilizzato per individuare regioni cromosomiche in cui sia presente il gene che causa la malattia e per poterne studiare la trasmissione. A questo punto ti puoi riallacciare al discorso precedente considerando C come il gene malattia e il locus B come il polimorfismo STR che vai ad analizzare.
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prossima biologa
Utente Attivo
1437 Messaggi |
Inserito il - 18 luglio 2012 : 12:38:00
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semplicemente TI ADORO!!!
a volte le cose non sono molto difficili ma se non te le spiegano ti fanno mezzo disegnino striminzito ecc.... e non ti suggeriscono un libro quindi ti lanci a capofitto su internet cercando di tutto, perchè certo non posso procurarmi 80 libri di genetica sperando che ci sia quello che mi serve!!!!
spiegato così ha molto senso, credo di aver capito quasi tutto.... ora me lo studio meglio e spero di non tornare a disturbare su questo( tanto ci sarà dell'altro)
grazie e ciao! |
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prossima biologa
Utente Attivo
1437 Messaggi |
Inserito il - 18 luglio 2012 : 14:40:35
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Citazione:
Messaggio inserito da GFPina
Per quanto riguarda il linkage disequilibrium (o squilibrio da linkage)
Nell'esempio (slide 27) ti dice che hai 3 loci sullo stesso cromosoma, A B e C di cui A e B sono dei loci polimorfici e C è un gene. Hai diversi soggetti che presentano diversi alleli per i loci A e B mentre il gene C è uguale per tutti. Ad un certi punto il gene C per qualche motivo muta e questo avverrà in un soggetto ad es. (come detto nell'esempio)
"La mutazione compare per la prima volta in un soggetto A3,B3/A4,B4 sul cromosoma che porta gli alleli A3 e B3"
Dato che il gene C si trova vicino al locus B avverranno pochi c.o. tra B e C che quindi verranno trasmessi assieme, al contrario A è più distante, quindi sarà maggiore la probabilità che avvengano c.o. e quindi gli alleli potranno dissociarsi.
Quindi il cromosoma con C mutato (che indico con C*, nelle slide è la C scritta in rosso) è questo: A3-----B3---C*
le generazioni che deriveranno da questo individuo tenderanno ad ereditare l'aplotipo B3---C* perché come dicevo prima tra B e C la frequenza di ricombinazione è bassa, ma non necessariamente erediteranno anche A3 associato ad essi perché A è più distante e la frequenza di ricombinazione è maggiore.
su tutto ciò mi trovo ovviamente perchè è semplicemente il concetto di geni associati. qui ho un locus polimorfico e un gene, ma il discorso è lo stesso... ok! ma allora non capisco una cosa, scusa:
Citazione:
Ora c'è un altro passaggio logico da fare: poniamo che per qualche ragione la mutazione del gene C sia vantaggiosa (ad es. conferisce qualche forma di resistenza), gli individui che avranno C* saranno favoriti rispetto a quelli che non ce l'hanno e quindi la frequenza di C* aumenterà nella popolazione.
ok ci sono,
Citazione:
Però abbiamo detto che C* è associato a B3 quindi anche B3 aumenterà, non perché di per sé sia favorito rispetto agli altri alleli di B, ma solo perché è vicino a C*. Quindi in sostanza tu vedrai un aumento dell'aplotipo B3---C*.
questo vale per lo stesso discorso di prima di geni associati, più frequentemente insieme....
Citazione:
Il linkage disequilibrum è l'associazione non casuale tra gli alleli di due o più loci, alcuni alleli di questi loci si trovano associati più frequentemente di quanto non ci si aspetterebbe in base alla loro relativa frequenza.
perchè? non abbiamo detto che mi aspetto che sia più frequente? perchè ora dico: più di quanto ci si aspetta? me lo aspetto che sia più frequente, capirei il senso della definizione se mi dici: io mi aspetto per associazione di alleli di questi loci che sia più frequente B3---C* e invece trovo più frequente A---C*
cosa mi perdo?
Citazione:
Ora per tornare al discorso iniziale (sperando che ti sia chiaro cos'è il linkage disequilibrium) il linkage disequilibrium può essere utilizzato per individuare regioni cromosomiche in cui sia presente il gene che causa la malattia e per poterne studiare la trasmissione.
non capisco perchè...
Citazione:
A questo punto ti puoi riallacciare al discorso precedente considerando C come il gene malattia e il locus B come il polimorfismo STR che vai ad analizzare.
vabbè tranne il fatto che non capisco il punto precedente, questo punto mi è chiaro.... è una logica conseguenza e una logica sostituzione!!! grazie di tutto!
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prossima biologa
Utente Attivo
1437 Messaggi |
Inserito il - 18 luglio 2012 : 15:13:01
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forse ho capito....
c'entra la frequenza di ricombinazione?
cioè sono più di quanti me ne aspetto perchè se me ne aspetto il 60% magari trovo il 75% essendo questi favoriti rispetto agli altri???
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 18 luglio 2012 : 23:17:11
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Citazione:
Messaggio inserito da prossima biologa
Citazione:
Il linkage disequilibrum è l'associazione non casuale tra gli alleli di due o più loci, alcuni alleli di questi loci si trovano associati più frequentemente di quanto non ci si aspetterebbe in base alla loro relativa frequenza.
perchè? non abbiamo detto che mi aspetto che sia più frequente? perchè ora dico: più di quanto ci si aspetta? me lo aspetto che sia più frequente, capirei il senso della definizione se mi dici: io mi aspetto per associazione di alleli di questi loci che sia più frequente B3---C* e invece trovo più frequente A---C*
cosa mi perdo?
Quella che ti ho scirto è la definizione di linkage disequilibrium.
A parte il fatto che non capisco questa tua affermazione:
Citazione:
capirei il senso della definizione se mi dici: io mi aspetto per associazione di alleli di questi loci che sia più frequente B3---C* e invece trovo più frequente A---C*
A e B sono due loci diversi, non alleli dello stesso locus, non ha senso confrontarli!
Ma tornando alla definizione, come dicevo:
Citazione:
Il linkage disequilibrum è l'associazione non casuale tra gli alleli di due o più loci, alcuni alleli di questi loci si trovano associati più frequentemente di quanto non ci si aspetterebbe in base alla loro relativa frequenza.
Significa questo, se tu hai due loci ad es. A e B ognuno con due alleli 1 e 2 saranno possibili 4 aplotipi: A1B1, A1B2, A2B1 e A2B2
la frequenza di ciascuno di questi ti aspetti che sia data dalle singole frequenze degli alleli, quindi:
p(A1B1) = p(A1) x p(B1)
(ti puoi anche disegnare una quadrato di Punnet se ti risulta più chiaro)
Se l'assoczione degli alleli fosse casuale allora questo sarebbe rispettato, ma se l'associazione non è casuale e c'è linkage disequilibrium allora: p(A1B1) / p(A1) x p(B1) (con " /" intendo diverso, non saprei come scriverlo nel forum)
Chiaro ora?
Citazione:
Messaggio inserito da prossima biologa Citazione:
Ora per tornare al discorso iniziale (sperando che ti sia chiaro cos'è il linkage disequilibrium) il linkage disequilibrium può essere utilizzato per individuare regioni cromosomiche in cui sia presente il gene che causa la malattia e per poterne studiare la trasmissione.
non capisco perchè...
Perchè il fatto di avere un polimorfismo associato al gene malattia, che è in linkage disequilibrium con questo ti permette di studiare la trasmissione del gene malattia andando a vedere il polimorfismo associato.
Tornano all'esempio precedente, se C* è associato a B3 "seguendo" la trasmissione di B3 segui la trasmissione di C*. |
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