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17 Messaggi

Inserito il - 25 ottobre 2012 : 13:16:17  Mostra Profilo Invia a n/a un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao a tutti, sono nuovo e sperando di scrivere nella sezione giusta vorrei chiedervi un grosso favore. Ho iniziato a svolgere gli esercizi sulla Mappatura dei geni negli eucarioti, alcuni di essi sono senza risoluzione perciò mi chiedevo se potevate confermare i miei presunti risultati. Allora:

1)Un incrocio AA BB per aa bb da una F1 con fenotipo AB; i seguenti numeri sono stati ottenuti nella F2:
AB 110;Ab 16;aB 19;ab 15. Totale 160
I geni a e b sono concatenati o indipendenti?Quali numeri sarebbero attesi alla F2 nel secondo caso?

- Io: i geni sono concatenati dato che se fossero indipendenti il rapporto fenotipico sarebbe stato 1:1:1:1 e cioè ipoteticamente 40 individui circa per ciascun gene AB-Ab-aB-ab.

2) Una pianta di granoturco tripla eterozigote viene reincrociata con l'omozigote recessivo. I fenotipi delle progenie sono:
+ + + = 455
a b c = 470
+ b c =  35
a + + =  33
+ + c =  37
a b + =  35
+ b + = 460
a + c = 475

Indicate l'ordine dei geni e la distanza di Mappa.

Risp: Io ho fatto così:
- L'incrocio sarebbe +a +b +c x aa bb cc
- Osservando i dati posso dire che siamo nel caso dei due geno associati e uno indipendente (giusto?).
- Confronto i parentali vs ricombinanti

  + + + 455 --   + b c 35
  a b c 470 --   a + + 33
  + b + 460 --   + + c 37 
  a + c 475 --   a b + 35


Direi che il gene associato è AC e B indipendente. Calcolo la distanza di mappa facendo la somma dei ricombinanti diviso il totale degli individui(35+33+37+35/2000= 0,07-> 7cM). Tutto questo mi porterebbe a dire che la mappa sarebbe A-C-B di cui ac=7cM cb=93.
Sbagliato in pieno vero?.

3)I seguenti dati derivano dal lavoro di Bridges e Morgan sulla ricombinazione tra geni black,curved, porpora, speck e vestigial sul cromosoma 2. Sulla base di questi dati, mappate il cromosoma per questi 5 geni più accuratamente possibile.Ricordate che la determinazione per le distanze brevi è più accurata rispetto a quella per le distanze lunghe.

  Genotipo        --    Progenie tot.     --    N°ricombinanti
black curved      -      62679            -       14237
black porpora     -      48931            -        3026
black speck       -        685            -         326 
black vestigial   -      20153            -        3578
curved porpora    -      51136            -       10205
curved speck      -      10042            -        3037
curved vestigial  -       1720            -         141
porpora speck     -      11985            -        5474
porpora vestigial -      13601            -        1609
speck vestigial           2054                      738


In questo caso sono bloccato perchè non riesco a capire come iniziare, l'unica cosa che mi viene da dire è che posso calcolare la frequenza di ognuno, sapendo così la distanza di mappa di ciascun carattere ma non sono sicuro che neanche questa possa servire. Magari se mi indicate un esercizio simile dove posso far riferimento perchè non ho trovato niente (meglio sarebbe se me lo risolvete, ma non voglio abusare della vostra gentilezza ).

Spero che mi aiuterete, vi ringrazio comunque per la disponibilità e chiedo scusa per eventuale strafalcioni :D

JGuardaGliUfo
Utente

Mafalda

Città: Roma


641 Messaggi

Inserito il - 26 ottobre 2012 : 19:41:35  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di JGuardaGliUfo Invia a JGuardaGliUfo un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao e benvenuto! Ho dato un'occhiata al primo e al secondo, non al terzo, mi dispiace, ma non ho avuto molto tempo ed è un pochino più lungo.

Citazione:
1)Un incrocio AA BB per aa bb da una F1 con fenotipo AB; i seguenti numeri sono stati ottenuti nella F2:
AB 110;Ab 16;aB 19;ab 15. Totale 160
I geni a e b sono concatenati o indipendenti?Quali numeri sarebbero attesi alla F2 nel secondo caso?

- Io: i geni sono concatenati dato che se fossero indipendenti il rapporto fenotipico sarebbe stato 1:1:1:1 e cioè ipoteticamente 40 individui circa per ciascun gene AB-Ab-aB-ab.



Sono d'accordo.

Citazione:
Una pianta di granoturco tripla eterozigote viene reincrociata con l'omozigote recessivo. I fenotipi delle progenie sono:
+ + + = 455
a b c = 470
+ b c = 35
a + + = 33
+ + c = 37
a b + = 35
+ b + = 460
a + c = 475
Indicate l'ordine dei geni e la distanza di Mappa.

Risp: Io ho fatto così:
- L'incrocio sarebbe +a +b +c x aa bb cc
- Osservando i dati posso dire che siamo nel caso dei due geno associati e uno indipendente (giusto?).
- Confronto i parentali vs ricombinanti
+ + + 455 -- + b c 35
a b c 470 -- a + + 33
+ b + 460 -- + + c 37
a + c 475 -- a b + 35

Direi che il gene associato è AC e B indipendente. Calcolo la distanza di mappa facendo la somma dei ricombinanti diviso il totale degli individui(35+33+37+35/2000= 0,07-> 7cM). Tutto questo mi porterebbe a dire che la mappa sarebbe A-C-B di cui ac=7cM cb=93.
Sbagliato in pieno vero?.



I geni associati sono a e c mentre b è indipendente, va bene. La distanza di mappa tra a e b la calcoli considerando solo i ricombinanti tra a e b. Se consideri come associati a e c, confronti i geni a due a due e se ottieni delle frequenze con un rapporto 1:1 i geni sono indipendenti, se noti delle differenze sostanziali tra le classi sono associati. Quindi:

a+ c+
455+460= 915

ac
470+475= 945

a+c
35+37= 72

ac+
35+33= 68

Dunque sono associati e le classi che ricombinano sono quelle con frequenza di 72 e 68. Quindi, 72+68/ 2000 (totale individui)= 0,007 e cioè 7 cM. Il risultato è lo stesso ma è diverso il modo in cui ci arrivi.

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E. A. Poe
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jerne
Nuovo Arrivato



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Inserito il - 26 ottobre 2012 : 20:04:41  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di jerne Invia a jerne un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Scritto da MolecularLab Mobile

Non sono d'accordo sul primo problema: essendo una F2, cioè un incrocio tra due eterozigoti della F1, (non un test-cross) ci aspettiamo una progenie in rapporto 9:3:3:1. Sono di corsa e controllerò gli altri più tardi.
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JGuardaGliUfo
Utente

Mafalda

Città: Roma


641 Messaggi

Inserito il - 26 ottobre 2012 : 20:17:13  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di JGuardaGliUfo Invia a JGuardaGliUfo un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Scritto da MolecularLab Mobile

You're right jerne! Scusate ho avuto un abbaglio :(

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E. A. Poe
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Inserito il - 27 ottobre 2012 : 19:09:42  Mostra Profilo Invia a n/a un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao! Ci tengo inanzitutto a ringraziarvi per aver speso minuti preziosi del vostro tempo nell'aiutarmi a risolvere questi esercizi. Essendo in tanti come me che chiedono il vostro aiuto sono sicuro che voi amministratori del sito vi fate un mazzo tanto per cercare di accontentarci tutti, perciò mi sento molto fortunato nell'aver avuto indicazioni su come svolgere questi problemi. Grazie davvero :)... e grazie anche a coloro che studenti come me, aiutano i loro colleghi :D

Allora:
1) In effetti essendo un incrocio diibrido ci si aspetta un rapporto 9:3:3:1 in f2 come dite, ho detto uno sfondone allucinante.

2)Vediamo se ho capito: Per provare l'associazione tra geni, ipotizzi che "a-c" siano accociati. Hai fatto tutti i calcoli tra loro, parentali (a+c+/ac) e ricombinanti (a+c e ac+). L'ipotesi è diventata certezza vedendo i risultati. Quei ricombinanti (72 e 68) ottenuti li dividi per il numero totale e ottieni la distanza di mappa di 7 Cm. Questa distanza è A-C quindi? Se si quindi il resto (C-B) è 93 cM? (come ho detto precedemente anche se con passaggi di calcolo diversi). Grazie per la pazienza :)

Per il terzo esercizio non ti preoccupare, io ti ringrazio già per avermi aiutato
con i primi 2! Domani ci riprovo casomai ridomando :D

Sempre se posso chidere, a tal proposito di questa tipologia di esercizio, c'è una cosa che non ho ben capito e che magari mi puoi aiutare a comprendere:
ti faccio questo esempio:
Devi calcolare la distanza di mappa e hai 3 caratteri:
black=b / hooked=hk / dumpy=dp

I dati delle progenie sono:

+  +  +  = 169
b  +  +  =  19
b  hk +  = 301
+  dp hk =  21
hk +  +  =   8
hk dp b  = 172
b  dp +  =   6
dp +  +  = 305


Grazie ai vari esercizi in questo sito ho imparato a calcolare l'ordine dei geni (in questo caso è b). Quello che non ho capito è come si calcola la distanza tra dp-b e b-hk, cioè più specificatamente, perchè per b-hk prendo 12+19 e b-dp 169+172?? da dove si capisce che quel ricombinante è per uno o per l'altro tipo?

Invece in un altro esercizio dove i ricombinanti singoli I sono p+ j r =52 e p j+ r+ =46 e ricombinanti singoli II sono p+ j+ r =22 e p j r+ =22 , se voglio calcolare la distanza tra pj e jr lo capisco, perchè vedo che nei primi 2(p+ j r e p j+r+), p e j fanno crossing over e quindi sono loro che prendo per calcolare pj. Stesso ragionamento per jr. Detto ciò... sbaglio a ragionare così o sono cieco??
Grazie per l'aiuto e per la pazienza
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JGuardaGliUfo
Utente

Mafalda

Città: Roma


641 Messaggi

Inserito il - 27 ottobre 2012 : 21:53:05  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di JGuardaGliUfo Invia a JGuardaGliUfo un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
2)Vediamo se ho capito: Per provare l'associazione tra geni, ipotizzi che "a-c" siano accociati. Hai fatto tutti i calcoli tra loro, parentali (a+c+/ac) e ricombinanti (a+c e ac+). L'ipotesi è diventata certezza vedendo i risultati. Quei ricombinanti (72 e 68) ottenuti li dividi per il numero totale e ottieni la distanza di mappa di 7 Cm. Questa distanza è A-C quindi? Se si quindi il resto (C-B) è 93 cM? (come ho detto precedemente anche se con passaggi di calcolo diversi).


Esatto, quello è stato il mio procedimento! Tuttavia, non azzerderi a calcolare la distanza tra b-c: come sai, due geni assortiscono indipendentemente sia se sono su cromosomi diversi sia se sono sullo stesso cromosoma ma a distanza maggiore di 50 cM. Ragion per cui, una volta calcolata l'associazione di a e c, sapere quanto dista dagli altri due non penso sia rilevante ai fini dell'esercizio.

Citazione:
Sempre se posso chidere, a tal proposito di questa tipologia di esercizio, c'è una cosa che non ho ben capito e che magari mi puoi aiutare a comprendere:
ti faccio questo esempio:
Devi calcolare la distanza di mappa e hai 3 caratteri:
black=b / hooked=hk / dumpy=dp

I dati delle progenie sono:
+ + + =169
b + + = 19
b hk + = 301
+ dp hk = 21
hk + + = 8
hk dp b = 172
b dp + = 6
dp + + = 305

Grazie ai vari esercizi in questo sito ho imparato a calcolare l'ordine dei geni (in questo caso è b). Quello che non ho capito è come si calcola la distanza tra dp-b e b-hk, cioè più specificatamente, perchè per b-hk prendo 12+19 e b-dp 169+172?? da dove si capisce che quel ricombinante è per uno o per l'altro tipo?


L'ordine dei geni è giusto! Di norma lo determini confrontando parentali e doppi ricombinanti che sono:

hk b dp+ P
hk+ b+ dp P


hk b+ dp+ DR
hk+ b dp DR


Se vuoi calcolarti la distanza hk-b basta che individui, partendo dai parentali, i ricombinanti in quella regione:

hk b dp+
X
hk+ b+ dp


In questo modo ottieni:

hk+ b dp+ 19
hk b+ dp 21


Quindi, sommando 19+21+6+8 e dividendo per il totale ottieni la distanza. A questo punto è facile capire quali sono i ricombinanti in "seconda" regione e calcolare la distanza b-dp.

Citazione:
Invece in un altro esercizio dove i ricombinanti singoli I sono p+ j r =52 e p j+ r+ =46 e ricombinanti singoli II sono p+ j+ r =22 e p j r+ =22 , se voglio calcolare la distanza tra pj e jr lo capisco, perchè vedo che nei primi 2(p+ j r e p j+r+), p e j fanno crossing over e quindi sono loro che prendo per calcolare pj. Stesso ragionamento per jr. Detto ciò... sbaglio a ragionare così o sono cieco??




Sono un po' stanca e non ho capito benissimo quello che hai scritto.. ma penso ti riferissi a quello che ho spiegato sopra. Nel caso non fosse chiaro richiedi pure!

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E. A. Poe
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GFPina
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GFPina

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Inserito il - 28 ottobre 2012 : 02:12:54  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ho sistemato un po' la formattazione del testo.
Per il primo esercizio ti hanno già risposto.
Per il secondo va bene calcolrare la distanza tra i due geni associati (A e C) sia come hai fatto tu che come ha fatto JGuardaGliUfo, la differenza è che J. ti ha mostrato come si vede quali sono associati e quali indipendenti. (ma con un occhio un po' allenato si vede anche senza fare i conti)
Come ti ha detto J. però non puoi dire niente sulla distanza del gene indipendente rispetto agli altri due!
Un gene indipendente è localizzato su un altro cromosoma (e in questo caso non avrebbe senso neanche parlare di distanza perchè è prorpio "fisicamente" da un'altra parte) oppure è sullo stesso cromosoma ma ad una distanza superiore a 50cM, che e il "massimo" osservabile attraverso la ricombinazione. Nel caso fosse sullo stesso cromosoma l'unico modo che avresti per calcolare la distanza dagli altri due geni sarebbe quello di trovare degli altri geni che stanno in mezzo e calcolarti tramite la frequenza di ricombinanzione tutte le distanze "intermedie" e quindi poter calcolare infine la distanza tra A-C e B.
Per farti un esempio pratico: tu sai che A e C distano 7cM e sai che B è sullo stesso cromosoma ma più lontano, trovi un altro gene D che si trova tra C e B e calcoli le distanze tra C-D e tra D-B e ottieni ad es. C-D = 30cM e D-B = 40cM, quindi puoi costruirti la mappa che sarà:
A  7cM   C   30cM     D     40cM         B
-------------------------------------------

le altre distanze non fai altro che calcolarle come somme.
A-D = 30 + 7 = 37 cM
A-B = 30 + 7 + 40 = 77 cM
C-B = 30 + 40 = 70 cM

Perchè tutto questo discorso?
A parte il fatto di spiegarti come funziona, ti ho anche dato l'indicazione su come risolvere il terzo esercizio!
Come dicevi tu:
Citazione:
In questo caso sono bloccato perchè non riesco a capire come iniziare, l'unica cosa che mi viene da dire è che posso calcolare la frequenza di ognuno, sapendo così la distanza di mappa di ciascun carattere ma non sono sicuro che neanche questa possa servire

Sì giusto, dalle frequenze ti calcoli le singole distanze!
Poi non fai altro che disegnare una bella mappa come ho fatto io sopra cercando di far combiaciare tutti i dati.
Ovviamente l'esempio che ho fatto io riposta numeri "esatti", nell'esercizio sono stime e non sono numeri così precisi, ma come ti suggerisce il testo:
Citazione:
Ricordate che la determinazione per le distanze brevi è più accurata rispetto a quella per le distanze lunghe

Le distanze brevi sono più precise! Quindi basati maggiormente su quelle.

Infine per l'ultimo esercizio che hai messo, anche io come J. non capisco bene quale sia il tuo dubbio! Perchè in un caso riesci a capire quali sono i singoli ricombinanti e nell'altro no? Sono praticamente identici. L'unica differenza che vedo è che nel primo esempio i geni non sono scritti in ordine mentre nel secondo sì, magari è quello che ti confonde, ma è presto risolvibile, una volta identificato l'ordine dei geni basta che ti riscrivi tutte le classi con quell'ordine!
Ad es. nel tuo caso l'ordine dei geni è: hk b dp
scrivi tutte le classi in modo che rispettino questo ordine, quindi ad es.
b  +  +  =  19
b  hk +  = 301
diventano:
+  b  +  =  19
hk b  +  = 301

ecc.
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Inserito il - 28 ottobre 2012 : 20:01:07  Mostra Profilo Invia a n/a un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da GFPina

Infine per l'ultimo esercizio che hai messo, anche io come J. non capisco bene quale sia il tuo dubbio! Perchè in un caso riesci a capire quali sono i singoli ricombinanti e nell'altro no? Sono praticamente identici. L'unica differenza che vedo è che nel primo esempio i geni non sono scritti in ordine mentre nel secondo sì, magari è quello che ti confonde, ma è presto risolvibile, una volta identificato l'ordine dei geni basta che ti riscrivi tutte le classi con quell'ordine!
Ad es. nel tuo caso l'ordine dei geni è: hk b dp
scrivi tutte le classi in modo che rispettino questo ordine, quindi ad es.
b  +  +  =  19
b  hk +  = 301
diventano:
+  b  +  =  19
hk b  +  = 301

ecc.



Scusatemi se non non mi sono spiegato bene

Il mio dubbio è: perchè per la distanza "b-hk" prendo hk+ b dp+ e hk b+ dp (12+19) e per "b-dp" prendo + + + ,hk dp b (169+172) ?? Cioè (ed è quello che non ho specificato inizialmente), perchè per "b-hk" non prendo + + + ,hk dp b e per "b-dp" hk+ b dp+ e hk b+ dp??? Ci deve essere qualcosa che mi sfugge perchè la scelta dell'una o dell'altra coppia per una determinata distanza deve essere influenzata da qualcosa... e io non ho capito qual'è in questo.

Ma in un altra tipologia di esercizio, tipo:
sapendo:
Parentali
+++ =179 / prj =173
Doppi ricombinanti:
+ + j =4 /pr+ =2

e i 4 fenotipi ricombinati rimanenti:
+ r j = 46
p + + = 52
+r+ = 22
p+j = 22

per calcolare la distanza di mappa faccio:
1) Calcolo l'ordine dei geni
Confronto P e DR e il gene centrale è J

2)Per la distanza di mappa tra pj e jr qui riesco a capire perchè per pj prendo + r j e p + +.
Perchè, secondo il mio ragionamento:
Li metto in ordine:
+ j r 46
p + + 52

vedo che nel primo c'è "+ j" mentre nel secondo c'è "p +" quindi loro hanno fatto crossing over e da loro capisco che con quei due fenotipi calcolo la distanza tra P-J. Infatti:
Nei rimanenti:
+ j + 22
p + r 22

vedo che j e r fanno crossing over e quindi capisco che se voglio la distanza tra j r guardo loro.

Spero di essermi spiegato...

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JGuardaGliUfo
Utente

Mafalda

Città: Roma


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Inserito il - 28 ottobre 2012 : 20:34:36  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di JGuardaGliUfo Invia a JGuardaGliUfo un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Il mio dubbio è: perchè per la distanza "b-hk" prendo hk+ b dp+ e hk b+ dp (12+19) e per "b-dp" prendo + + + ,hk dp b (169+172) ?? Cioè (ed è quello che non ho specificato inizialmente), perchè per "b-hk" non prendo + + + ,hk dp b e per "b-dp" hk+ b dp+ e hk b+ dp???


Penso di aver capito il tuo dubbio. Penso ! Il fatto è che per determinare le distanze tra i geni li devi prima ordinare! Non a caso la prima cosa che si fa in questi esercizietti è proprio l'individuazione del gene centrale. Scrivere a b c o a c b non è la stessa cosa. In a b c il gene centrale è b, in a c b il gene centrale è c. Quindi, quando devi determinare una distanza devi considerare la triade ordinata altrimenti non potresti determinare in modo esatto dove e tra quali loci avviene crossing over. Per questo prendi hk+ b dp+ e non b hk+ dp+: nel primo caso sono ordinati, nel secondo no. O meglio, nel primo caso sono ordinati rispetto a b, gene centrale.

Non so se è chiaro. Speriamo!

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E. A. Poe
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Inserito il - 29 ottobre 2012 : 19:36:30  Mostra Profilo Invia a n/a un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da JGuardaGliUfo

Citazione:
Il mio dubbio è: perchè per la distanza "b-hk" prendo hk+ b dp+ e hk b+ dp (12+19) e per "b-dp" prendo + + + ,hk dp b (169+172) ?? Cioè (ed è quello che non ho specificato inizialmente), perchè per "b-hk" non prendo + + + ,hk dp b e per "b-dp" hk+ b dp+ e hk b+ dp???


Penso di aver capito il tuo dubbio. Penso ! Il fatto è che per determinare le distanze tra i geni li devi prima ordinare! Non a caso la prima cosa che si fa in questi esercizietti è proprio l'individuazione del gene centrale. Scrivere a b c o a c b non è la stessa cosa. In a b c il gene centrale è b, in a c b il gene centrale è c. Quindi, quando devi determinare una distanza devi considerare la triade ordinata altrimenti non potresti determinare in modo esatto dove e tra quali loci avviene crossing over. Per questo prendi hk+ b dp+ e non b hk+ dp+: nel primo caso sono ordinati, nel secondo no. O meglio, nel primo caso sono ordinati rispetto a b, gene centrale.

Non so se è chiaro. Speriamo!



No, non è quello il mio dubbio purtroppo. Se l'esercizio richiedesse solo di ordinare i geni prenderei 30 e lode sicuro

Faccio un riassunto delle puntate precedenti così provo ad arrivare al centro del mio problema :D

I dati erano:
+ + + = 169
b + + = 19
b hk + = 301
+ dp hk = 21
hk + + = 8
hk dp b = 172
b dp + = 6
dp + + = 305


1)Abbiamo individuato i parentali e i doppi ricombinati. Grazie al loro confronto individuo il gene centrale.
Parentali
dp + +
b hk +
Doppi Ricombinanti
hk + +
b dp +

2)Gene centrale individuato: è B
3)Arriviamo al momento top ; con i 4 ricombinanti rimanenti troveremo le distanze tra dp-b e b-hk.
I 4 RICOMBINANTI SONO:
+ + + = 169
hk dp b = 172
b + + = 19
+ dp hk = 21

...che messi in ordine sono:
+ + + = 169
hk b dp = 172

+ b + = 19
dp b hk = 21

Siamo arrivati al momento chiave dei miei dubbi:(uno dei tanti ahah)
Quale coppia di geni uso per determinare dp-b? Perchè uso quella coppia e non l'altra?
Io arrivato qui ho l'unica certezza che una coppia di ricombinanti è quella con progenie 19 e 21 e l'altra 169 e 172. Ma non capisco quale meccanismo mi porta a scegliere l'una o l'altra per determinare b-dp e b-hk.
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JGuardaGliUfo
Utente

Mafalda

Città: Roma


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Inserito il - 29 ottobre 2012 : 20:03:46  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di JGuardaGliUfo Invia a JGuardaGliUfo un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Quale coppia di geni uso per determinare dp-b? Perchè uso quella coppia e non l'altra?
Io arrivato qui ho l'unica certezza che una coppia di ricombinanti è quella con progenie 19 e 21 e l'altra 169 e 172. Ma non capisco quale meccanismo mi porta a scegliere l'una o l'altra per determinare b-dp e b-hk.



Che vuol dire che usi una coppia di geni e non un'altra? Sia io che GFPina ti abbiamo già risposto a questa domanda. Per calcolare la distanza tra due geni devi andare a guardare qual è la probabilità che essi ricombinino. La probabilità che due geni ricombinino è funzione della distanza di mappa. A questo ci siamo, no? Tu hai ordinato i geni e hai stabilito che b è quello centrale. Ai lati di b hai hk e dp. Per calcolarti la distanza tra hk e b devi andare a guardare quali sono i cromosomi in cui i loci hk e b ricombinano e usi la frequenza di queste classi per calcolarti la distanza di mappa. Se l'ordine dei geni è hk b dp, i parentali sono hk b dp+ e hk+ b+ dp, i ricombinanti tra hk e b sono (ti ridisegno il crossing over):

hk b dp+ 
X
hk+ b+ dp


hk+ b dp+

hk b+ dp


Gli individui hk b+ dp sono 21, quelli hk+ b dp+ sono 19: scegli questa coppia di geni per calcolarti la distanza tra hk-b perchè qui si ha ricombinazione tra i loci. La distanza di mappa, negli incroci a 3, la calcoli in funzione dell'ordine dei geni. Non è una cosa così scontata. Scusami se ancora non centro il punto.. ma faccio fatica a capire qual è il tuo dubbio.

I could not love except where Death
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Were stalking between her and me.

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Gli individui hk b+ dp sono 21, quelli hk+ b dp+ sono 19: scegli questa coppia di geni per calcolarti la distanza tra hk-b perchè qui si ha ricombinazione tra i loci. La distanza di mappa, negli incroci a 3, la calcoli in funzione dell'ordine dei geni. Non è una cosa così scontata. Scusami se ancora non centro il punto.. ma faccio fatica a capire qual è il tuo dubbio.



Forse ho capito, magari facendo altri esercizi quando mi si presenta chiedo se continuo a sbagliare! :)

Ho provato a fare il terzo esercizio:

3)I seguenti dati derivano dal lavoro di Bridges e Morgan sulla ricombinazione tra geni black,curved, porpora, speck e vestigial sul cromosoma 2. Sulla base di questi dati, mappate il cromosoma per questi 5 geni più accuratamente possibile.Ricordate che la determinazione per le distanze brevi è più accurata rispetto a quella per le distanze lunghe.

  Genotipo        --    Progenie tot.     --    N°ricombinanti
black curved      -      62679            -       14237
black porpora     -      48931            -        3026
black speck       -        685            -         326 
black vestigial   -      20153            -        3578
curved porpora    -      51136            -       10205
curved speck      -      10042            -        3037
curved vestigial  -       1720            -         141
porpora speck     -      11985            -        5474
porpora vestigial -      13601            -        1609
speck vestigial           2054                      738


Io ho fatto così:
Ho fatto le somma di tutti i dati "progenie totali" e mi viene 222986. Ho preso un fenotipo per volta (black curved, black porpora ecc) e sempre uno ad uno ho fatto: ricombinanti/ n°tot (222986). Da li, ho fatto la mappa e l'ordine è :

Porpora     Black    Speck   vestigiali  curved
|--------|--------|---------|-----------|--------|


Non sono molto sicuro de risultato, ma almeno è così che si imposta l'esercizio? Grazie ancora
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Io ho fatto così:
Ho fatto le somma di tutti i dati "progenie totali" e mi viene 222986. Ho preso un fenotipo per volta (black curved, black porpora ecc) e sempre uno ad uno ho fatto: ricombinanti/ n°tot (222986).
...


Ma no, perché hai sommato tutta la progenie?
Hai già i ricombinanti e il totale della progenie per ogni incrocio e da lì di calcoli tutte le frequenze di ricombinazione e le distanze, se metti tutto insieme fai un calderone che non ha senso!
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Messaggio inserito da dangerdani89

Io ho fatto così:
Ho fatto le somma di tutti i dati "progenie totali" e mi viene 222986. Ho preso un fenotipo per volta (black curved, black porpora ecc) e sempre uno ad uno ho fatto: ricombinanti/ n°tot (222986).
...


Ma no, perché hai sommato tutta la progenie?
Hai già i ricombinanti e il totale della progenie per ogni incrocio e da lì di calcoli tutte le frequenze di ricombinazione e le distanze, se metti tutto insieme fai un calderone che non ha senso!



Ho toppato proprio...
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Quale coppia di geni uso per determinare dp-b? Perchè uso quella coppia e non l'altra?
Io arrivato qui ho l'unica certezza che una coppia di ricombinanti è quella con progenie 19 e 21 e l'altra 169 e 172. Ma non capisco quale meccanismo mi porta a scegliere l'una o l'altra per determinare b-dp e b-hk.



Che vuol dire che usi una coppia di geni e non un'altra? Sia io che GFPina ti abbiamo già risposto a questa domanda. Per calcolare la distanza tra due geni devi andare a guardare qual è la probabilità che essi ricombinino. La probabilità che due geni ricombinino è funzione della distanza di mappa. A questo ci siamo, no? Tu hai ordinato i geni e hai stabilito che b è quello centrale. Ai lati di b hai hk e dp. Per calcolarti la distanza tra hk e b devi andare a guardare quali sono i cromosomi in cui i loci hk e b ricombinano e usi la frequenza di queste classi per calcolarti la distanza di mappa. Se l'ordine dei geni è hk b dp, i parentali sono hk b dp+ e hk+ b+ dp, i ricombinanti tra hk e b sono (ti ridisegno il crossing over):

hk b dp+ 
X
hk+ b+ dp


hk+ b dp+

hk b+ dp


Gli individui hk b+ dp sono 21, quelli hk+ b dp+ sono 19: scegli questa coppia di geni per calcolarti la distanza tra hk-b perchè qui si ha ricombinazione tra i loci. La distanza di mappa, negli incroci a 3, la calcoli in funzione dell'ordine dei geni. Non è una cosa così scontata. Scusami se ancora non centro il punto.. ma faccio fatica a capire qual è il tuo dubbio.



Vediamo se ho veramente capito questa volta:
(scusami se continuo a chiedere il tuo aiuto e quello di GF Pina, ma ormai è diventata una guerra tra me e la genetica, voglio vincerla e quindi capirla :D)

Nel mais tre coppie alleliche +c, +sh, +wh sono localizzate sullo stesso cromosoma. Dall'incrocio tra triplo eterozigote e triplo recessivo è stata osservata la seguente progenie:

c + sh = 113
+ + + = 4
c wx + = 2708
c + + = 626
c wx sh = 2
+ wx + = 116
+ + sh = 2538
+ wh sh = 601
Indicare l'ordine dei geni e le distanza di mappe:

io faccio così:
1) Osservo i più numerosi e li classifico come parentali, mentre i meno numerosi i doppi ricombinanti. I rimanenti saranno ricombinanti.
2)Parentali:
c wx +
+ + sh
Doppi Ricombinanti:
+ + +
c wx sh
3) Confronto i Parentali e doppi ricombinanti e trovo il gene centrale: cioè è SH
4)Quindi scrivo i parentali in ordine:

wx + c
+ sh +


5)Confronto parentali con i 4 ricombinanti rimanenti per tracciare la distanza di mappa:
5.1.
Ordino i ricombinanti rimanenti:
+ sh c = 113
wx + + = 116
+ + c = 626
wx sh + = 601

6)Dal confronto tra parentali e i 4 ricombinanti, mi viene che per la distanza tra wx-sh (regione I) prendo i ricombinanti 113+116. Mentre per sh-c(regione II) prendo 626+601.

Quindi : wx-sh = 113+116+4+2/6708= 0,035 ->3,5 cM
sh-c = 626+601+4+2/6708= 0,183 ->18,3 cM

Sbagliato ancora?
Grazie





-
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Inserito il - 02 novembre 2012 : 20:53:17  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di JGuardaGliUfo Invia a JGuardaGliUfo un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Non ho fatto i calcoli ma il ragionamento mi sembra giusto!

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Inserito il - 03 novembre 2012 : 00:38:20  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Noooo hai sbagliato ancora! Hai invertito le classi dei singoli ricombinanti.
Però facciamo una cosa, anziché provare ancora noi a spiegarti come capire quali sono i singoli ricombinanti, prova a spiegarci tu che ragionamento fai, almeno cerchiamo di capire dove sbagli.
Una volta individuato il gene centrale e riordinati o geni, come fai a "decidere" quali sono i ricombinanti in prima regione e quali quelli in seconda?
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Inserito il - 03 novembre 2012 : 01:16:28  Mostra Profilo Invia a n/a un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
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Messaggio inserito da GFPina

Noooo hai sbagliato ancora! Hai invertito le classi dei singoli ricombinanti.
Però facciamo una cosa, anziché provare ancora noi a spiegarti come capire quali sono i singoli ricombinanti, prova a spiegarci tu che ragionamento fai, almeno cerchiamo di capire dove sbagli.
Una volta individuato il gene centrale e riordinati o geni, come fai a "decidere" quali sono i ricombinanti in prima regione e quali quelli in seconda?




me lo sentivo, l'unica cosa che ancora mi manca di capire in questo esercizio è proprio capire quale è l'ordine dei geni in I e II regione... che patimento....

Dunque, per decidere quali sono in prima e seconda regione prendo i 4 ricombinanti singoli, li metto in ordine secondo il gene centrale e li confronto con i parentali.

In questo caso vedendo i parentali essere:

wx + c
+ sh +

per prima cosa guardo se nei ricombinanti c'è wx o c che fanno crossing over(spero di dire giusto) cioè:

se nei parentali è(come in questo caso):
wx
+
...se tra i ricombinanti c'è una coppia che fa:
+
wx

dico subito che per wx e il gene centrale (sh in questo caso)prendo quel tipo di ricombinante.
Se,come in questo esercizio non c'è una cosa del genere, ordinando i geni come ho fatto ho visto che (sottolineato in grassetto):

+ sh c = 113
wx + + = 116
+ + c = 626
wx sh + = 601

vedendo questo scambio ho dedotto che fosse l'indizio che mi porta a scegliere wx sh per il primo e sh c per il secondo...
questo è il mio (sbagliato ) ragionamento...
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JGuardaGliUfo
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Mafalda

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Inserito il - 05 novembre 2012 : 23:53:33  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di JGuardaGliUfo Invia a JGuardaGliUfo un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Sto perdendo colpi

Comunque, non so perchè ma non riesco a seguirti!

Citazione:
In questo caso vedendo i parentali essere:

wx + c
+ sh +



Parti dai parentali, va benissimo. Una volta che hai stabilito che l'ordine dei geni è wc sh c, restando fermo sui parentali, prova tutti i possibili crossing over.

Per essere "chiari": I regione sarebbe wx e II regione c, mentre sh sta al centro. Quindi quando si parla di regione I o regione II intendi quei loci specifici. Vuoi sapere quali sono i ricombinanti in regione I, quindi quando wx e wx+ ricombinano.

wx sh+ c 1 parentale
wx+ sh c+ 2 parentale

Crossing over:

wx sh+ c
X
wx+ sh c+

Ottieni:

wx+ sh+ c --> 626

wx sh c+ --> 601


Vuoi conoscere i ricombinanti in II regione, quindi tra c e c+: fai la stessa cosa. Disegni i parentali e il crossing over.

wx sh+ c
       X
wx+ sh c+


Ottieni:

wx sh+ c+--> 116

wx+ sh c--> 113


Cosa non è chiaro?

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Inserito il - 06 novembre 2012 : 07:00:28  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di JGuardaGliUfo Invia a JGuardaGliUfo un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
La "X" del crossing over in II regione va messa tra c+ e c e non tra wx e wx+, scusami, ho commesso un errore di battitura.

(EDIT: messaggio precedente sistemato!)

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E. A. Poe
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Inserito il - 06 novembre 2012 : 20:07:39  Mostra Profilo Invia a n/a un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
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Sto perdendo colpi

Comunque, non so perchè ma non riesco a seguirti!

Citazione:
In questo caso vedendo i parentali essere:

wx + c
+ sh +



Parti dai parentali, va benissimo. Una volta che hai stabilito che l'ordine dei geni è wc sh c, restando fermo sui parentali, prova tutti i possibili crossing over.

Per essere "chiari": I regione sarebbe wx e II regione c, mentre sh sta al centro. Quindi quando si parla di regione I o regione II intendi quei loci specifici. Vuoi sapere quali sono i ricombinanti in regione I, quindi quando wx e wx+ ricombinano.

wx sh+ c 1 parentale
wx+ sh c+ 2 parentale

Crossing over:

wx sh+ c
X
wx+ sh c+

Ottieni:

wx+ sh+ c --> 626

wx sh c+ --> 601


Vuoi conoscere i ricombinanti in II regione, quindi tra c e c+: fai la stessa cosa. Disegni i parentali e il crossing over.

wx sh+ c
       X
wx+ sh c+


Ottieni:

wx sh+ c+--> 116

wx+ sh c--> 113


Cosa non è chiaro?



Tutto chiaro grazie, ho finalmente capito. Ho provato diverse mappe e sono tornate tutte perciò dovrei esserci :D Grazie JGuardaGliUfo e grazie anche a te GF Pina). Siete straordinarie.
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