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laboratorista
Nuovo Arrivato
27 Messaggi |
 Inserito il - 17 gennaio 2013 : 11:31:33
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Salve ragazzi ho aperto questa discussione perchè proprio non riesco a capire come si possano costruire primers per effettuare una PCR Chimerica utilizzabile nella diagnosi di malattie da espansioni di triplette come ad esempio nell'Huntington.Io so che ci deve essere un primer FORWARD unico e un primer REVERSE chimerico che contiene al 5' una sequenza scelta in modo tale che non sia molto rappresentata nel genoma umano per cui non ibridizzi con molta efficienza, e poi deve avere al 3' 4 triplette ripetute che in questo caso sono complementari alle sequenze GAG(triplette della patologia).
Ragazzi potete aiutarmi facendomi uno schema che sia molto esplicativo, magari per amplificare la tripletta 5'GAG 3'.Un grazie anticipato a tutti.
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zerhos
Utente Junior
Prov.: Pisa
Città: Pisa
421 Messaggi |
Inserito il - 17 gennaio 2013 : 22:08:12
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Come puoi osservare dall'immagine, posizionare un primer esattamente sopra le ripetizioni creerebbe tanti frammenti di lunghezza differente (figura B), nell'immagine sopra entrambi i primers sono disegnati in sequenze esterne, sequenze che sono uniche e non ripetute (figura A).
Nel tuo caso invece avresti un primer esterno, quindi posizionato come nell'immagine e uno invece che cade a cavallo dell'inizio delle ripetizioni. La sua 3'utr deve cadere dentro le ripetizioni, mentre la sua 5' deve cadere all'esterno sulla sequenza più prossima non ripetuta. Questo eviterà di nuovo lo spiacevole inconveniente di amplificare tanti frammenti di lunghezza differente. |
"l'unica differenza tra me e un pazzo è che io non sono pazzo!"
Salvador.Dalì
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laboratorista
Nuovo Arrivato
27 Messaggi |
Inserito il - 17 gennaio 2013 : 22:50:42
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Ciao zerhos ti ringrazio per aver risposto alla mia domanda,la tua spiegazione è stata chiarissima e mirata a risolvere proprio il dubbio che avevo,ancora grazie,ciaoooo Citazione:
Messaggio inserito da zerhos
Come puoi osservare dall'immagine, posizionare un primer esattamente sopra le ripetizioni creerebbe tanti frammenti di lunghezza differente (figura B), nell'immagine sopra entrambi i primers sono disegnati in sequenze esterne, sequenze che sono uniche e non ripetute (figura A).
Nel tuo caso invece avresti un primer esterno, quindi posizionato come nell'immagine e uno invece che cade a cavallo dell'inizio delle ripetizioni. La sua 3'utr deve cadere dentro le ripetizioni, mentre la sua 5' deve cadere all'esterno sulla sequenza più prossima non ripetuta. Questo eviterà di nuovo lo spiacevole inconveniente di amplificare tanti frammenti di lunghezza differente.
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