si utilizza un primer marcato al 5' che sia complementare ad una regione nota vicina all'estremità 5' dell'mRNA da mappare. Si aggiunge la trascrittasi inversa che allungherà il nostro primer utilizzando come stampo l'mRNA; ovviamente l'allungamento procederà dal punto in cui il primer è legato fino all'estremità 5' dell'mRNA (e ciò ci consente appunto di marcare esattamente l'estremità 5')