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Discussione |
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Bimbagioia
Nuovo Arrivato
Città: Torino
70 Messaggi |
 Inserito il - 28 marzo 2013 : 10:16:17
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Buongiorno a tutti,
avrei una domanda: quando parliamo in biologia molecolare, facendo riferimento credo a sequenziamento, di "reads" / "mappare le reads", a cosa ci si riferisce? cosa intendiamo?
Grazie mille, spero qualcuno mi sappia chiarificare il concetto, in quanto il mio esame di biologia avanzata è imminente...
Grazie!!!!!
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Geeko
Utente
Città: Milano
1043 Messaggi |
Inserito il - 28 marzo 2013 : 11:57:50
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| Le "reads" sono semplicemente le singole letture di sequenza che ottieni dal sequenziamento. A seconda del metodo usato la lunghezza della singola read e il numero di volte che viene letta può variare. Per farti un esempio nel sequenziamento Illumina una read corrisponde alla sequenza che ottieni da un singolo spot della flow cell che corrisponde ad un singolo cluster di oligonucleotidi amplificati. |
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Bimbagioia
Nuovo Arrivato
Città: Torino
70 Messaggi |
Inserito il - 28 marzo 2013 : 12:10:22
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ok,grazie mille!
Posso chiederti una cosa, visto che hai menzionato Illumina...
Illumina e Helicos usano i terminatori reversibili per il sequenziamento..come funziona questo metodo? grazie in anticipo!! |
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Geeko
Utente
Città: Milano
1043 Messaggi |
Inserito il - 28 marzo 2013 : 12:20:20
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Davvero non ti è stato spiegato il metodo dei terminatori reversibili quando ti hanno menzionato queste tecnologie? 
Hai presente il metodo di Sanger? La differenza principale è che non utilizzi dei di-deossi NTPs ma 4 nucleotidi modificati che portano un fluoroforo distinto che impedisce l'aggiunta di nuovi nucleotidi alla catena fino alla sua rimozione enzimatica.
Dopo l'incorporazione del giusto nucleotide quindi hai tutto il tempo di rilevarne la fluorescenza e determinare l'identità della base in questione. Nel ciclo di lavaggio il fluoroforo viene rimosso enzimaticamente e la procedura si ripete. |
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Bimbagioia
Nuovo Arrivato
Città: Torino
70 Messaggi |
Inserito il - 28 marzo 2013 : 12:45:11
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no,non mi è stato spiegato...
ti ringrazio, è molto piu chiaro!
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zerhos
Utente Junior
Prov.: Pisa
Città: Pisa
421 Messaggi |
Inserito il - 06 aprile 2013 : 22:00:26
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Riprendo questa discussione per fare una domanda inerente:
Quando invece si fa il mapping delle reads, questo è orientato? Per capirci, quando io vedo la sequenza gonimica con tutte le reads mappate, posso anche capire se queste sono in direzione 5'-3' o dell'altro verso? spero di essermi spiegato :) |
"l'unica differenza tra me e un pazzo è che io non sono pazzo!"
Salvador.Dalì
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