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BioLog88
Nuovo Arrivato
34 Messaggi |
 Inserito il - 18 aprile 2013 : 18:02:01
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Ciao a tutti,
sono iscritta da poco al sito, sto frequentando il primo anno della laurea specialistica in biologia molecolare e avrei un paio di dubbi, spero qualcuno riesci ad aiutarmi 
1. cosa si intende con "contig"?
2. cosa sono gli "splice junctions"?
3. "annotated transcript", sono i trascritti conosciuti?
grazie in anticipo
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zerhos
Utente Junior
Prov.: Pisa
Città: Pisa
421 Messaggi |
Inserito il - 27 aprile 2013 : 20:46:57
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Il contig è un lungo frammento di un genoma, ottenuto per overlapping di sequenze più piccole. Mi spiego meglio, stiamo parlando di sequenziamento di un genoma, lo scopo finale quindi è quello di ottenere l'intera sequenza di tale genoma. In sintesi quello che fai è frammentare questo genoma in tanti piccoli frammenti, sequenziarli e poi cercare di riassemblarli. Quando crei i frammenti (tante molecole di DNA assieme non da una sola!)questi sono estremamente eterogenei, questo significa che ogni regione del DNA è presente i più frammenti.
Come vedi dalla figura, quello è un frammento di genoma, e sotto ci sono tanti piccoli frammenti di cui conosci più o meno la sequenza, conoscendo la sequenza quindi sei in grado di orientarli e assemblarli nel giusto verso. Ottieni così un contig, a loro volta i contig andranno assemblati per formare gli scaffold e da questi ricostruire interi cromosomi.
Trascritti annotati, sono quei trascritti per cui sperimentalmente è stato provato che codifichino per una data proteina. Su base bioinformatica te puoi individuare un trascritto, mapparlo sul genoma (in sostanza sapere dove sta, come è orientato e chi gli sta intorno), prevedere quale proteina codifica. Tuttavia perchè questo possa essere definito "annotato", è necessario che qualcuno si prenda la briga di condurre un'indagine sperimentale in cui ne testi la reale esistenza e poi anche l'attività biologica.
le giunzioni di splicing non sono altro che i punti dove avviene lo splicing, queste si trovano a cavallo tra esoni e introni.
http://it.wikipedia.org/wiki/Splicing
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"l'unica differenza tra me e un pazzo è che io non sono pazzo!"
Salvador.Dalì
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Contig and Splice Junctions
Didattica
