Buonasera a tutti :) Vorrei porre un quesito e spero possiate darmi delle delucidazioni Ho delle perplessità sulla fase abortiva della trascrizione e non sono riuscita a trovare nulla nemmeno in rete, se non l'affermazione che, appunto, esiste questa fase in cui la RNA polimerasi sintetizza brevi trascritti di lunghezza inferiore a 10 basi prima di poter passare alla fase di allungamento. Un testo (un pò datato) che ho consultato afferma anche che l'inizio abortivo sia probabilmente dovuto ad una regione del fattore sigma che funge da imitatore molecolare dell'RNA che si trova nel mezzo del del canale di uscita: affinchè la polimerasi possa sintetizzare un trascritto più lungo di 10 basi è necessario che questa regione sia rimossa e per ottenere ciò sono rischiesti alcuni tentativi. Purtroppo non sono riuscita a trovare altro e non sono soddisfatta.
Da quanto leggo sul libro, non si sa perchè l'oloenzima produca dei trascritti abortivi. Un modello che però spiega questo meccanismo è definito Scrunching. Praticamente il fattore sigma 70 è costituito da vari domini, due dei quali si ritrovano in posizione opposta al sito d'ingresso del Dna. Sembra che fino a quando la polimerasi non è riuscita a tirare dentro se circa una decina di basi, non riesca ad espellere questa porzione del dominio sigma e quindi a lasciare il promotore ed avviare la trascrizione. Quindi deve attraversare una fase in cui incorpora pochi frammenti e poi ritorna sul sito d'inizio.
E' un po' complicato, sto trascrivendo quello che dice il libro di Biol Molecolare del Gene.