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Jayjay
Nuovo Arrivato

9 Messaggi

Inserito il - 19 luglio 2014 : 10:12:15

Ciao, avrei bisogno di un aiuto con l'esercizio che ci sar� nell'esame di luned�.
In pratica ci sar� una proteina a cui dovr� attaccare un fluoroforo e un radionuclide.

L'esempio che ho sulle dispense recita: "Data la seguente proteina scegliere una possibile marcatura sia mediante un radionuclide sia attraverso un fluoroforo che emetta a 590nm.

Per l'esercizio potr� tenere le dispense e infatti dalle dispense vedo che l'unico fluoroforo, tra quelli segnati,che emette a 590nm � la Rodamina. E sulle dispense ci sono tutti gli esempi dei gruppi ai quali la Rodamina (e le sue forme) pu� unirsi (ad es. derivati della Rodamina reattivi con amino gruppi, o con gruppi aldeidici e chetonici o gruppi sulfidrilici o mercapto).

Questa sarebbe la proteina dell'esempio. Non capisco cosa sono quegli a=5, b=1, c=1 e le parentesi quadre nella proteina a cui a, b e c appartengono. Dove lo dovrei aggiungere il fluoroforo? Io avevo pensato all'estrema destra perch� finisce con un NH2 e quindi ci sta con la Rodamina che attacca i gruppi ammino...oppure avevo pensato dovr� aggiungerlo ad uno dei gruppi delle parentesi quadre? Per� non vedo nessun gruppo a cui attaccarla li dentro

Help?

Edit: Le parentesi quadrate dovrebbero servire per il radionuclide. Resta il fatto che non so cosa siano a, b , c e i numeri

chick80
Moderatore

Citt�: Edinburgh

11491 Messaggi

Inserito il - 19 luglio 2014 : 11:17:04

I numeri indicano semplicemente il numero di ripetizioni di ciascun gruppo.

Ti cito qualche altro fluoroforo comunemente usato che emette attorno a 590 (ma non necessariamente buoni da usare con un filtro di emissione stretto attorno a 590!):

TRITC -> ex 550 em 570
cy3 -> ex 550 em 570
Alexa 594 -> ex 591 em 616
Texas Red -> ex 596 em 620

Per dove coniugare il fluoroforo: non ho mai coniugato una proteina e non conosco bene la chimica di questi fluorofori...

Tuttavia credo questa pagina possa essere interessante:
http://www.lifetechnologies.com/uk/en/home/references/molecular-probes-the-handbook/fluorophores-and-their-amine-reactive-derivatives/introduction-to-amine-modification.html

Inoltre faccio presente un'altra cosa: se il tuo fluoroforo lega solo i gruppi NH2, puoi derivatizzare la tua proteina in modo che abbia dei gruppi NH2 dove ti interessa mettere il fluoroforo, non sei legato per forza ai gruppi della proteina nativa.

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