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AccettoreQ
Nuovo Arrivato
Prov.: Reggio nell'Emilia
Città: Reggio Emilia
57 Messaggi |
 Inserito il - 30 luglio 2014 : 12:34:37
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Salve a tutti,
premetto che sono nuovo di questo forum, se ho sbagliato sezione spostate pure 
In laboratorio sono arrivati campioni di noce con una questa sintomatologia:
La sintomatologia è ascrivibile a uno specifico batterio,
Xanthomonas campestris pv. Juglandis.
Dopo aver consultato alcune informazioni su di esso (in fitopatologia si possono facilmente fare errori grandi  ) abbiamo deciso di effettuare un isolamento in vitro su un terreno generico per i batteri, l'SNA. Poi abbiamo prelevato le colonie (stando attenti a non prelevare altri batteri che stavano inquinando la piastra) e abbiamo effettuato trasferimenti su due terreni specifici per Xanthomonas: YPGA e YDC. I risultati sono stati i seguenti, le colonie sono cresciute in purezza e senza inquinamenti:
Si consultano nuovamente informazioni sulle colonie che dovrebbero crescere e si vede che le caratteristiche combaciano a quelle dello Xanthomonas.
Per avere però la certezza dell'eziologia, abbiamo deciso di effettuare una PCR e successivamente il sequenziamento.
Per la PCR abbiamo usato due coppie di primer: PDPH e PAPH. Il risultato della PCR è il seguente (guardate solo quelli nel riquadro rosso, le parti al di fuori sono altri campioni):
Come risultato si vede che i PDPH sono riusciti ben positivi, il PAPH invece ha dato positività leggera solo in due campioni.
Quindi si decide di mandare a sequenziare due campioni di PAPH e tutti e sei i PDPH. Dopo aver effettuato il ciclo ExoProStar si madnadno i campioni alla piattaforma di sequenziamento.
Le sequenze sono uscite lunghe e complete, tuttavia, andando poi sul sito NCBI Blast, con amara sorpresa e molta delusione  il risultato è negativo, infatti risultano batteri Pnatoea e Erwinia herbicola, cioè totalmente diversi da quello che stavamo cercando.
Abbiamo controllato ulteriormente ma quei batteri su noce non danno alcuna sintomatologia... Cosa può non essere andato per il verso giusto?
Sono di 4^ superiore quindi scusatemi se non ho usato un gergo molto "tecnico" e se ho commesso qualche errore o se servono altre informazioni ditemi pure :)
Spero di non avervi annoiato (scusatemi se sono stato un po' lungo), in attesa del vostro aiuto
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"Non esiste un gene per il destino"
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mollichina di pane
Utente Junior
121 Messaggi |
Inserito il - 26 agosto 2014 : 12:06:18
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Ciao! Stavo pensando che forse questi batteri che avete trovato potrebbero appartenere alla normale microflora che si rinviene su questi frutti. Mi chiedo e ti chiedo: come avete fatto il prelievo per l'isolamento?
Può darsi abbiate coltivato il batterio sbagliato e lasciato da parte quello incriminato. |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
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AccettoreQ
Nuovo Arrivato
Prov.: Reggio nell'Emilia
Città: Reggio Emilia
57 Messaggi |
Inserito il - 27 agosto 2014 : 11:02:01
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Citazione:
Messaggio inserito da mollichina di pane
Ciao! Stavo pensando che forse questi batteri che avete trovato potrebbero appartenere alla normale microflora che si rinviene su questi frutti. Mi chiedo e ti chiedo: come avete fatto il prelievo per l'isolamento?
Può darsi abbiate coltivato il batterio sbagliato e lasciato da parte quello incriminato.
Anche noi ci siamo chiesti se abbiamo erroneamente coltivato il batterio sbagliato, ma i successivi isolamenti in YPGA e YDC erano atti a far crescere soltanto lo Xanthomonas.
Il prelievo per l'isolamento è stato effettuato in una zona tra il sano e il malato, poi è stato eseguito un lavaggio con ipoclorito di sodio e successivamente uno con acqua per rimuovere la normale microflora. |
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AccettoreQ
Nuovo Arrivato
Prov.: Reggio nell'Emilia
Città: Reggio Emilia
57 Messaggi |
Inserito il - 27 agosto 2014 : 19:45:31
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Citazione:
Messaggio inserito da chick80
Premessa: so poco o nulla di biologia delle piante
Da una veloce ricerca però sembra che entrambi quei batteri siano comunemente presenti sulla superficie di molte piante.
Inoltre Pantoea agglomerans può causare apical browning nelle noci
http://apsjournals.apsnet.org/doi/abs/10.1094/PDIS-01-11-0060
e mi sembra che il fenotipo non sia molto diverso
(dalle immagini supplementari del report)
Quello che hai scritto è molto interessante.
Nel messaggio iniziale non lo ho scritto, ma il campione analizzato proviene da una zona in cui sono presenti poche piante di noce, non di interesse agricolo ma solo paesaggistico, inoltre la sintomatologia non è mai stata osservata in laboratorio, questo è il primo campione.
Ora (è passato del tempo da quando ho scritto il messaggio iniziale) anche chi ha continuato a lavorare sul problema (io ero in tirocinio) è incline a pensare che sia appunto un particolare ceppo di un batterio saprofita l'agente di danno. Questo risultato tenderebbe ad escludere Xanthomonas, un patogeno ben più pericoloso, tuttavia si stanno raccogliendo informazioni per vedere se su YPGA e YDC Pantoea agglomerans può crescere. |
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PCR: Problema identificazione batterio
Didattica
