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Sun89
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62 Messaggi |
 Inserito il - 20 aprile 2015 : 16:24:46
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Ciao a tutti,
Ho provato a rispondere alle seguenti domande, ma ho dei dubbi riguardo la loro esattezza... Potreste spiegarmi come si fanno i seguenti esercizi?
1) A quanto corrisponde il PM di una molecola di DNA lineare che in forma B ha la lunghezza di 16,4 micrometri? (coppia di basi 660 PM). Qual è la lunghezza dello stesso tratto di DNA se è presente in forma nucleosomica come fibra da 10 nm? Qual è il numero approssimativo di nucleosomi che vi aspettate siano presenti?
2) A quanto corrisponde il PM di DNA lineare che in forma B ha una lunghezza pari a 20 micrometri?
3) Un gene è costituito da un segmento di DNA il cui peso molecolare è pari a 10^6. Quanto è lungo tale segmento di DNA? Quanti giri d' elica contiene se è presente in forma B e quanti in forma A?
4) Supponete che un giro d'elica di una molecola circolare di DNA in forma B avente L=100 e W=4 venga convertito in un giro d'elica di tipo Z. Come variano i valori di L,T e W in seguito a questa transizione?
5) Quali sono i valori di L,T e W di una molecola circolare rilassata di DNA lunga 20.000 bp? Come variano i suddetti valori nel caso di una molecola equivalente contenente 10 superavvolgimenti negativi? Qual è la densità di superelica di quest'ultima molecola?
6) Scrivete una sequenza palindromica di 12 bp contenente uno spaziatore centrale di 2 bp. Posizionate l'asse della palindrome e spiegate l'operazione di simmetria che può essere compiuta attorno a tale asse. Quale struttura alternativa può assumere una molecola di DNA contenente la suddetta frequenza?
7) A quanto corrisponde in termini di amminoacidi una molecola di DNA di peso molecolare 1000000 e costituita dal 10% di sequenze regolative?
8) La solubilità massima del deossiribosio e delle basi in due solventi A e B sono : deossiribosio Solvente A : deossiribosio 4,3 M e basi 0.02 M
Solvente B: deossiribosio 0,5 M e basi 0,22 M
In quale dei solventi è più alta la Tm e perché ?
9) Un DNA superavvolto presenta L=23, T=25, W=-2. Quante bp contiene? Quali sono i valori di L,T e W dopo l'azione della girasi in presenza di ATP per un ciclo catalitico? Come variano S e la mobilità elettroforetica dopo il trattamento?
10) Quanto vale il rapporto tra forma libera e legata al DNA del repressore con costante di dissociazione di 10^-5 M posto in presenza di una soluzione di DNA a concentrazione 10^-4 M.
11) Prevedete l'effetto sulla trascrizione in vitro dell' operatore triptofano di un RNA complementare al segmento 1 dell' mRNA trpL ma solo parzialmente complementare al segmento 3?
12) Assumendo che il peso molecolare medio di un gene sia pari a 1000000, quanti geni sono presenti in un batterio? E in un gamete umano?
13) Partendo da un genoma aploide di 10^7 bp:
-10bp (50 % del genoma)
-500bp (45% del genoma)
-5000bp (5% del genoma)
Quale presenta la massima complessità cinetica? E quale la massima complessità chimica? Qual è la frequenza di ripetizione?
13) Perché un DNA sintetico contenente 3 guanine in un filamento e 3 citosine nell'altro filamento ha una stabilità termica assai inferiore a quella di un identico DNA contenente 1000 basi per filamento? Perché la struttura a doppia elica di ambedue questi DNA risulta assai meno stabile in acqua distillata rispetto ad una soluzione salina?
14) Un genoma diploide contiene 10^8 bp. Qual è il contenuto di DNA?
15) A pK=2,4 si ha la ionizzazione dell'N7 della guanina, mentre a pk=9,4 si ha la ionizzazione dell'N. Come cambia rispetto alla forma neutra la guanina a pH=7, pH=1 e pH=10?
16) Un genoma ha PM 10^6. Dire il numero di giri di un duplex in forma B e in forma A.
17) Il genoma di un virus sconosciuto ha una proporzione in basi A/. T/. C/. G/. (T diverso da A, G diverso da C). Dire di che tipo di genoma si tratta e un'eventuale strategia replicativa.
18)Qual è la massa molecolare e la lunghezza di una sezione di DNA B che codifica per una proteina di 40 Kda?
19) Il DNA di SV40 è una molecola circolare di 5243bp; in assenza di informazione sulla sequenza prevedete il numero di frammenti attesi da digestione con enzimi di restrizione che riconoscono sequenze di 4 e 6 coppie di basi.
20) Quali saranno i valori di L,T, W di una molecola di DNA superavvolto negativamente con L=23, T=25 e W=-2, dopo che è stata sottoposta ad un ciclo catalitico da parte di topoisomerasi I? E nel caso della girasi ?
21) L’ analisi chimica di un campione di DNA ,ottenuto da un batterio indica il 18 % delle basi, è costituito da A. Qual è la frazione di C?
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 20 aprile 2015 : 19:24:31
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Se hai già provato a rispondere metti anche le tue risposte e dicci quali sono i dubbi!
P.S. Sono un po' tante domande, hai dubbi su tutto?
Non so se qualcuno ha abbastanza voglia e tempo per guardarle tutte! |
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Esercizi riguardo la struttura del DNA
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