Ciao a tutti, in questi giorni sto estraendo RNA da frutta, precisamente da nocciola, che però si trova ancora ad uno stadio molto iniziale di maturazione (a circa un mese e mezzo dalla raccolta). I miei risultati sono pessimi, la qualità dell'estratto è veramente ridicola (per chi si intende di bioanalyzer ho dei RIN di 2.3-2.4) e questo nonostante io lavori con un kit testato e pluricertificato, in un ambiente strapulito e che i campioni siano stati raccolti ed immediatamente posti a -80°C. Aggiungo anche che ho già lavorato sulla stessa matrice con risultati decisamente migliori. Il mio dubbio è questo, non è che per caso l'RNA della frutta quando è molto acerba è già di suo molto frammentato e che le subunità 28 e 18S non siano ancora riconoscibili? Ad esempio perchè l'attività cellulare è ancora molto latente e di conseguenza la trascrizione ancora inefficiente? Vi sembra possibile? Grazie!
Premesso che è da poco che ho iniziato a lavorare con l'RNA quindi ne capisco veramente poco....io ho avuto problemi di estrazione quando la temperatura ambiente del mio laboratorio è diventata "tropicale" (problema riscontrato anche dai ragazzi del laboratorio vicino al mio)...può essere successo anche a te?
no, quello non credo visto che abbiamo il condizionatore, anche se in effetti gli esperimenti vengono meglio in inverno clima o non clima. In effetti però questo tipo di estrazione lo faccio sempre in questa stagione perchè è quando mi arrivano i campioni