stavo riflettendo sul fatto che spesso gli pseudogeni non processati vengano catalogati insieme a retroposoni, come le lines e le sines. Gli pseudigeni non processati non derivano da un evento di trasposizione, ma ad esempio da scambio ineguale tra cromatidi fratelli o crossing over sfalsato, che creano copie di esoni sul genoma e molto spesso non sono espressi a causa della mancanza del promotore. Solo gli pseudogeni processati derivano da un eventro di retroposizione. Hanno solo il nome "pseudogeni" in comune ma sono due cose completamente diverse.
Beh, direi di no..semplicemente hanno due origini diverse ma entrambi i tipi formano i membri non attivi della famiglia. Gli pseudogeni processati sono degli mRNA maturati che diventano substrato per una retrotrasposizione. Sono fondamentalmente dei cDNA reinseriti nel genoma che perdono la loro funzionalità accumulando mutazioni, come quelli formati per crossing over diseguale o duplicazione! Se i cDNA capitassero sotto un promotore potrebbero essere espressi tanto quanto un gene normale. Ma comunque rappresentano una nuova copia che può accumulare cambiamenti. Direi che il concetto è lo stesso.
Capito, grazie... comunque il vero elemento che si auto-retrotraspone sono le LINE, poi le SINE e gli pseudogeni usano sempre il macchinario di L1 ad esempio per retrotrasporre.
altra cosa che non mi è chiara: le LINEs sono trascritte da POLII mentre le SINE da POLIII o entrambe da POL III?