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michaela
Nuovo Arrivato
Prov.: Terni
Città: terni
4 Messaggi |
 Inserito il - 04 febbraio 2008 : 20:16:49
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ciao a tutti devo preparare un esame di genetica ma sinceramente non ci capisco tanto di alcune cose..
C'è qualcuno che mi sa spiegare come si fa a vedere tramite il test del chi-quadro se 2 geni sono concatenati o indipendenti?
Da un reincrocio tra AaBb x abab?
F1 -ABab
-Abab
-AbAB
-abab
Ottengo un rapporto 1:1:1:1,giusto?
Se si i geni AB e ab sono concatenati o indipendenti?
Scusate ma nn ci capisco tanto
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 04 febbraio 2008 : 22:13:30
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Allora, la cosa funziona in questo modo:
Il doppio negativo aabb ti darà solo gameti ab, non importa che A e B siano concatenati o meno.
Se A e B sono indipendenti AaBb ti darà con uguale probabilità gameti AB, Ab, aB ed ab (25% di probabilità ciascuno) e quindi otterrai la F1 come hai scritto tu.
Se invece i geni sono concatenati questo rapporto sarà differente (a seconda della distanza fra i geni).
Il test del chi quadro ti dice se la distribuzione osservata è diversa dall'attesa.
Facciamo un esempio pratico.
Fai un tot di incroci AaBb x abab ed ottieni:
AaBb -> 21 individui
Aabb -> 16 individui
aaBb -> 18 individui
aabb -> 13 individui
Ora, il rapporto fra i vari genotipi è più o meno 1:1:1:1, ma non esattamente.
Per vedere se queste differenze sono solo casuali oppure se derivano dal fatto che i geni sono concatenati usiamo il chi quadro.
Il totale è 21+16+18+13 = 68 individui, quindi i risultati attesi sono 68/4=17 individui per genotipo.
Calcoliamo il chi quadro come somma di (osservati-attesi)^2/attesi per ogni genotipo
Genotipo | Osservati | Attesi | (O-A)^2 | (O-A)^2/A
------------+--------------+------------+------------+------------
AaBb | 21 | 17 | 16 | 0.94
Aabb | 16 | 17 | 1 | 0.06
aaBb | 18 | 17 | 1 | 0.06
aabb | 13 | 17 | 16 | 0.94
------------+--------------+------------+------------+-----------
TOTALE | 68 | 68 2.00
Quindi il chi quadro è uguale a 2, che con 3 gradi di libertà ti dà p=0.5724
Il valore di probabilità è quindi non significativo (generalmente si considera significativo se <0.05) e quindi possiamo concludere che le differenze fra osservati ed attesi siano casuali ed i due geni siano indipendenti.
PS: nota che i genotipi si scrivono mettendo i due alleli per lo stesso gene in fila. Non si scrive AbAb, ma AAbb... |
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michaela
Nuovo Arrivato
Prov.: Terni
Città: terni
4 Messaggi |
Inserito il - 05 febbraio 2008 : 00:56:55
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Ti ringrazio molto..Senti mi potresti fare un esempio di incrocio per geni indipendenti e farmi vedere il rapporto che viene alla fine e confrontarlo con un incrocio in cui ci siano geni concatenati?
grazie tanto |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 05 febbraio 2008 : 01:34:28
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Beh, l'esempio di geni indipendenti è quello che ti ho scritto sopra...
Se invece prendiamo lo stesso esempio e consideriamo che A e B siano concatenati potresti ad esempio avere:
AaBb -> 37 individui
Aabb -> 45 individui
aaBb -> 8 individui
aabb -> 6 individui
Rifacendo la nostra tabellina:
Genotipo | Osservati | Attesi | (O-A)^2 | (O-A)^2/A
------------+--------------+------------+------------+------------
AaBb | 37 | 24 | 169 | 7.04
Aabb | 45 | 24 | 441 | 18.38
aaBb | 8 | 24 | 256 | 10.67
aabb | 6 | 24 | 324 | 13.50
------------+--------------+------------+------------+-----------
TOTALE | 96 | 96 49.59
Un chi quadro di 49.59 con 3 gradi di libertà dà p<<0.001, quindi è altamente significativo.
Questo significa che le differenze fra la situazione osservata e quella attesa NON sono dovute al caso e devono essere dovute al fatto che i geni segregano insieme (quindi sono concatenati). |
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Ele-o-nora
Nuovo Arrivato
11 Messaggi |
Inserito il - 19 settembre 2011 : 11:19:22
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Scusate,ma i gradi di libertà non si calcolano facendo il numero delle classi fenotipiche -1?
In questi esempi non doveva essere 1 gl? perchè invece ne vengono calcolati 3?
Grazie! |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 19 settembre 2011 : 23:31:55
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Le classi sono 4 (AB, Ab,aB e ab)!
4 - 1 = 3 |
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Ele-o-nora
Nuovo Arrivato
11 Messaggi |
Inserito il - 20 settembre 2011 : 10:32:26
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Io l'esercizio l'avrei svolto così:
A a
_____________
B | 37 8 | 45
b | 45 6 | 51
__________________
82 14 96
Osserviamo per A una proporzione di 82/96=0.85 e di B 45/96=0.47
AB valori attesi (0.85)*(0.47)*(96)=38.4 e così via per le
altre classi fenotipiche(calcolo queste frequenze attese in base all'ipotesi di assortimento indipendente).
Ovviamente ottenuti i diversi valori continuo con i calcoli e quindi applico la formula
(O-A)^2/A. I gl li avrei invece calcolati così:(2-1)*(2-1)=1 perchè sapevo che per conoscere il numero dei gradi di libertà in tabelle di dimensioni maggiori bisogna moltiplicare il numero delle classi rappresentate nelle righe meno 1 per il numero delle classi rappresentate nelle colonne -1.
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Ele-o-nora
Nuovo Arrivato
11 Messaggi |
Inserito il - 20 settembre 2011 : 10:37:58
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scusate per la tabella ...è tutta storta  |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 20 settembre 2011 : 20:51:06
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Citazione:
Messaggio inserito da Ele-o-nora
scusate per la tabella ...è tutta storta
Tabella sistemata!
Comunque non ho capito assolutamente il tuo ragionamento.
Stai testando l'ipotesi che i geni A e B siano indipendenti, devi considerare il fenotipo della progenie considerando entrambi i geni, quindi 4 fenotipi:
AB, Ab, aB e ab.
La tabella che hai scritto tu non capisco che senso abbia.
Le classi sono quelle, non quelle indicate nella tua tabella.
In ogni caso mi accorgo ora che c'è un errore nel testo dell'esercizio postato da chick80, in realtà sia nel caso che siano concatenati sia che siano indipendenti se consideri la frequenza dei singoli alleli dovrebbero essere 50%: 50% A e 50% a
sono quelle degli alleli dei 2 geni considerati assieme che cambiano, se sono indipendenti hai 25% AB, 25% Ab... ecc...
se sono associati queste cambiano.
Nell'esempio ci sono più alleli A che a, in realtà sarebbe dovuto essere:
AaBb -> 37 individui
aabb -> 45 individui
aaBb -> 8 individui
Aabb -> 6 individui
Comunque il concetto sul calcolo del chi quadrato non cambia! É giustissimo il ragionamento fatto da chick. |
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Discussione |
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chi-quadro e geni dipendenti [Era: genetica]
