Ah... quanto amo gli acronimi!
EST: Espressed Sequence Tags.
Una EST e' una piccola porzione di un gene che puo' essere usata per identificare geni sconosciuti e mapparli nel genoma.
In pratica e' la sequenza dei primi o degli ultimi 2-300 nucleotidi del cDNA di un gene.
Per maggiori info vedi http://www.ncbi.nlm.nih.gov/About/primer/est.html (in eng).
ALU: Da Arthrobacter Luteus.
Alu e' un enzima di restrizione e le sequenze Alu sono sequenze target di questo enzima. Le sequenze Alu si trovano in copie multiple disperse nel genoma umano cosi' come in quello di tutti i vertebrati (circa il 10% del genoma umano e' fatto di Alu) e inserzioni di Alu all'interno di geni sono state spesso ritenute causa di diverse patologie.
http://en.wikipedia.org/wiki/Alu_sequence (sempre in eng...)
HTGS: High Throughput Genome Sequences.
Sono sequenze derivate da sequenziamento di plasmidi con sequenze ignote di DNA. Sono disponibili x ricerche con Blast. Vedi qui http://www.ncbi.nlm.nih.gov/HTGS/ (ovviamente in eng)
STS: Sequence Tagged Sites
Sono piccole (200-500 bp) sequenze di DNA che servono da riferimento per "orientarsi" sul genoma.
Es. se conosci due STS su un certo tratto di un cromosoma le puoi usare come primers x una PCR. A questo punto se in mezzo ci trovi il tuo gene X sai dove e' localizzato.
Questo e' il riferimento originale:
Science. 1989 Sep 29;245(4925):1434-5
A common language for physical mapping of the human genome.
Olson M, Hood L, Cantor C, Botstein D.
Purtroppo Pubmed non ha neanche il link all'articolo e non lo si trova nemmeno sul sito di Science, quindi dovresti procurarti il cartaceo!
GSS: boh... da una veloce ricerca sembrano essere tipo le EST, ma non ho capito la differenza!
ORF: Open Reading Frame. La sequenza del cDNA di un gene (quindi tolti introni, promotori e schifezze varie...).
contigs: questo non e' un acronimo, non vale! Sono sequenze di DNA contigue (e in parte sovrapposte), derivate dal sequenziamento shotgun.
Cioe' in questo bellissimo disegnino:
-----------------------------------
{ A }
{ B }
le lineette sono il DNA e A e B sono due contigs su quel tratto di DNA.
Penso si possano anche trovare riferimenti in ita... forse qualcun altro ha suggerimenti! 
nICO
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Didattica
Inserito il - 23 settembre 2005 : 16:06:40
