Hmmmm... forse bisogna chiarire un po' la situazione.
Multiplex significa semplicemente che vai a guardare più geni insieme (cioè usi più coppie di primers). C'è poi la differenza fra PCR "classica" e PCR real-time. Nella PCR real-time vai a guardare l'amplificazione al passare del tempo, cioè PRIMA che raggiunga il plateau.
QUALSIASI reazione di PCR se portata avanti per un sufficiente numero di cicli arriva a plateau, semplicemente i risultati che ti dà la realtime sono presi prima di quel momento!
Grande chick80! anche per le PCR vale il discorso del cannibalismo...il più forte vince sul più debole. C'è competizione tra primers per lo stesso templato. Quindi se lavorate in Real Time, l'endogeno mettetelo primer limited (molti meno primers rispetto al gene target...es 900nM finale di ciascun primer per il target, solo 300nM per l'endogeno... i saggi Housekeeping già pronti di Applied almeno funzionano così...