| Autore |
Discussione |
|
|
doctor82
Nuovo Arrivato
17 Messaggi |
 Inserito il - 22 febbraio 2008 : 16:46:45
|
ciao a tutti, sono un nuovo utente è avrei bisogno di un importante aiuto! sto sviluppando la parte compilativa di un lavoro nel quale si sono studiate l'espressioni nell'uomo di 5 geni tramite Pcr real time utilizzando l'iQ SYBR Green Supermix della ditta BioRad. avrei disperatamente bisogno di sapere dove posso ricercare le sequenze nucleotidiche dei primers utilizzati nella pcr per i singoli geni!!!!
ho gia visitato il sito www.realtimeprimers.org ma i miei geni non ci sono. vi elenco i geni con i rispettivi simboli ufficiali ricavati da pubmed: bradeion SEPT4; livin BIRC7; survivin BIRC5; tert TERT; 18s ribosomal rna.
grazie per l'aiuto che potrete darmi.
|
|
|
|
|
chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
|
|
doctor82
Nuovo Arrivato
17 Messaggi |
 Inserito il - 22 febbraio 2008 : 22:13:29
|
grazie crick per le indicazioni ma sai io studio medicina e per me la biologia molecolare è molto vicina all'arabo purtroppo. mi chiedevo se non ci fosse un modo più semplice, magari percorrendo la strada secondo la quale conoscendo il nome e la marca dei materiali usati per la pcr non fosse possibile risalire alla sequenza nucleotidica dei primer che comunque sono forniti dal kit usato per la pcr stessa. il fatto è che sto visitando parecchi siti produttori, compreso quello della bioRad senza ottenere risultati purtroppo!!!!!
cmq grazie per la risposta...speriamo che qualcun'altro mi possa illuminare! |
 |
|
|
chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 23 febbraio 2008 : 05:59:20
|
Per quello dicevo di cercare in letteratura. Quando pubblichi un lavoro con dei primer ne pubblichi anche la sequenza.
Faccio un esempio pratico:
Cerchi su pubmed survivin e trovi ad es questo articolo:
Inducible nitric oxide synthase and survivin messenger RNA expression in hepatocellular carcinoma.
Lo apri e vai a vedere la sezione materials & methods che ti dice:
survivin: sense 5'-GGCATGGGTGCCCCGACGTTG-3' and antisense 5'-CAGAGGCCTCAATCCATGGCA-3'
EDIT: scusami, ho riletto bene il tuo messaggio e mi era sfuggito il fatto che gli esperimenti sono già stati fatti e tu vuoi sapere le sequenze del kit...
In quel caso credo potresti semplicemente mandare un email al servizio clienti biorad e sentire cosa ti dicono. |
Sei un nuovo arrivato?
Leggi il regolamento del forum e presentati qui
My photo portfolio (now on G+!) |
|
|
|
doctor82
Nuovo Arrivato
17 Messaggi |
Inserito il - 23 febbraio 2008 : 19:26:29
|
grazie ancora crick per la mano che mi stai dando, infatti ora sto cercando sulla letteratura... perdonatemi la domanda da profano ma se ad esempio trovo un primer per un gene che mi interessa quel primer è lo stesso per qualsisi cellula che studio sia essa epatica o vescicale indipendentemente dalla marca del kit che uso? quindi ad esempio anche se non conosco la sequanza del primer che è stata già usata nell'analisi dei miei geni e se in letteratura trovo una di queste sequenze anche se utilizzata per studiare l'espressione dello stesso gene ma in altri tessuti con la stessa tecnica pcr..probabilmente le sequenze nucleotidiche dei primer saranno le stesse?
grazie continuate ad illuminarmi |
|
|
|
chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 23 febbraio 2008 : 22:17:54
|
Citazione:
se ad esempio trovo un primer per un gene che mi interessa quel primer è lo stesso per qualsisi cellula che studio sia essa epatica o vescicale indipendentemente dalla marca del kit che uso?
Non necessariamente, era proprio questo che dicevo di chiedere a Biorad (scusa, all'inizio non avevo letto bene quale fosse il problema)
Comunque, credo che sia il caso di fare un paio di precisazioni.
1) A parte strani casi, il DNA di ogni cellula del corpo è lo stesso.
Quindi, se stai amplificando DNA genomico ed hai una certa coppia di primers per il gene X questi ti amplificano il gene X da tessuto vescicale o epiteliale o cardiaco etc etc.
2) Se stai facendo RT-PCR (quindi vai a guardare che mRNA viene prodotto) la cosa è un pochino meno sicura nel senso che un certo tessuto magari non esprime il gene X e quindi i tuoi primers non amplificano nulla con RT-PCR anche se amplificando il DNA funzionerebbero.
Inoltre diversi tessuti potrebbero avere diverse varianti di splicing dello stesso mRNA e quindi non necessariamente i primer funzionano ugualmente in tutti i tessuti.
Comunque sia, escludendo splicing alternativi anche in questo caso un primer che funziona sull'mRNA per il gene X di un tessuto funzionerà anche sugli altri tessuti che esprimono X
3) Non esiste una sola coppia di primers per un certo gene, ne puoi fare quante ne vuoi!
Non è quindi detto che se trovi in letteratura una certa coppia di primers allora anche Biorad o AB o chi per esse abbia usato la stessa nel loro kit (magari sì, ma non necessariamente).
Per esempio, nel disegno qui sotto A + B o C + D saranno entrambi primers validi, semplicemente riconosceranno zone diverse dell'mRNA e daranno bande di lunghezza diversa sul gel.
A C
----> ---->
----------------------------------------------------------- mRNA
<---- <----
B D
Citazione:
grazie ancora crick
chick!  (da Chick Corea, il mio pianista preferito!  )
 |
Sei un nuovo arrivato?
Leggi il regolamento del forum e presentati qui
My photo portfolio (now on G+!) |
|
|
|
doctor82
Nuovo Arrivato
17 Messaggi |
Inserito il - 24 febbraio 2008 : 12:04:20
|
dire che sei stato illuminatnte è dire poco!!!!!
grazie infiniteeeeeeeeeeee CHICK
PS se qualcuno conoscesse modi più rapidi della ricerca in letteratura o potrebbe darmi altre indicazioni sono tutto orecchi |
|
|
|
doctor82
Nuovo Arrivato
17 Messaggi |
Inserito il - 24 febbraio 2008 : 19:29:14
|
| fortunatamente in letteratura sono riuscito a trovare qualche primer, solo che ho ricevuto una informzaione in più! cito testualmente: "gli oligonulceotidi sono stati disegnati usando il softwear Beacon Designer 4". questa informazione può aiutarmi a ricavare i primer originali che sono stati già utilizzati per il mio studio e che io non conosco? |
|
|
|
chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 24 febbraio 2008 : 23:49:21
|
Purtroppo no...
Beacon Designer così come Primer3 (vedi il link che ti ho scritto nel primo messaggio) ti danno una serie di primers possibili. Non è necessariamente detto che siano stati scelti i primi della lista...
Domanda: non hai modo di contattare chi ha fatto gli esperimenti? E se avete usato un kit non puoi semplicemente scrivere qualcosa tipo: "L'analisi RT-PCR è stata eseguita usando il kit xxxxx dell'azienda yyyy" e citando il codice prodotto. |
Sei un nuovo arrivato?
Leggi il regolamento del forum e presentati qui
My photo portfolio (now on G+!) |
|
|
|
doctor82
Nuovo Arrivato
17 Messaggi |
Inserito il - 26 febbraio 2008 : 14:28:24
|
grazie chick80 seguendo i tuo preziosi consigli posso dire di aver concluso questa mia prima discussione....però ho in cantiere altre domande quindi ti pregoooooooooooooooooooo continua ad aiutarmi grazieeeeee. |
|
|
|
giuseppe80
Nuovo Arrivato
Prov.: Foggia
Città: san giovanni rotondo
3 Messaggi |
Inserito il - 04 novembre 2008 : 11:50:11
|
| . |
giuseppe palladino |
|
|
| |
Discussione |
|
primer pcr real time
Didattica
