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cinogenico
Nuovo Arrivato
105 Messaggi |
 Inserito il - 22 marzo 2008 : 02:48:56
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Ciao a tutti!
Innanzitutto complimenti per la qualità del portale che è unico nel suo genere e tratta una materia difficile come quella genetica, in un modo che te la fa sembrare facile facile!  Complimentissimi!!
Non studio genetica e non sono un esperto, ma è una materia che mi interessa parecchio per quello che faccio. Sto cercando di adattare dei testi dedicati allo studio genetico dell'uomo a tutte le specie. Però capita ogni tanto di imbattermi in alcune formule che non riesco proprio a interpretare...qualcuna dopo 2 giorni di sforzo mentale riesco a capirla, ma poi mi perdo in quelle che apparentemente sono più semplici.
Ad esempio:
Citazione:
Ammettendo che si verifichi un solo crossing-over per cromosoma e che nei genitori circa il 10% dei geni presenta una variazione, il numero delle combinazioni zigotiche sarebbe superiore a 6 X 10 elevato a 43
Non riesco a capire da dove saltino fuori questi valori. Ho ipotizzato che quel 6 rappresenti il numero di nucleotidi e il 10 potrebbe essere quel 10%, ma quel 43 come esponente da dove arriva?? 
Mi risparmiereste altri 2 giorni di stess mentale se mi spiegasse questa formula.
Grazie
A presto!
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cinogenico
Nuovo Arrivato
105 Messaggi |
 Inserito il - 22 marzo 2008 : 03:06:45
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Probabile autocorrezione: quel 6 potrebbe riguardare le basi e non i nucleotidi...comunque non riesco ugualmente a capirla la formula... |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 22 marzo 2008 : 03:35:38
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Semplicemente in campo scientifico si utilizzano le potenze di 10, quel valore deriverà da una serie di calcoli completamente non correlati a 6, 10 o 43!!, ma che generano un numero attorno a 6*10^43 (cioè 6 seguito da 43 zeri).
Odio questo tipo di calcoli... ma sicuramente ci sarà qualcun altro che saprà darti dei calcoli meno approssimativi dei miei... 
L'idea è questa: l'uomo ha 23 coppie di cromosomi e ~30000 geni. Se ~10% dei geni ha una variazione vuol dire che avrai ~3000 geni con 2 possibili alleli, ~130 per cromosoma (questi valori sono molto molto molto più bassi di quelli reali).
Ora, questo vuol dire che per ogni cromosoma avrai ~130 possibili combinazioni derivate dal crossing-over con il suo omologo.
Il numero possibile di gameti è derivato da tutte le possibili combinazioni di queste 130 opzioni per ogni cromosoma per 23 cromosomi... In sostanza puoi avere:
cromosoma 1 - variante 1
cromosoma 2 - variante 1
cromosoma 3 - variante 1
etc etc.....
oppure
cromosoma 1 - variante 1
cromosoma 2 - variante 2
cromosoma 3 - variante 1
etc etc.....
cromosoma 1 - variante 1
cromosoma 2 - variante 1
cromosoma 3 - variante 2
etc etc.....
e tutte le possibili altre combinazioni (che saranno milioni)
In più devi tenere conto del fatto che ogni gamete prenderà solo uno dei due cromosomi omologhi quindi potrai avere un numero di gameti uguale a 2 elevato al numero di possibilità di cui sopra.
Ci sono varie formule di calcolo combinatoriale che ti permettono di ottenere il numero esatto di combinazioni, comunque credo che la cosa importante da capire, a parte il numero, è che pur sottostimando di moltissimo la variabilità del genoma, si ottiene un numero di combinazioni gametiche incredibilmente alto.
PS: i nucleotidi nel DNA sono 4 non 6! (A, C, G e T)  |
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cinogenico
Nuovo Arrivato
105 Messaggi |
Inserito il - 22 marzo 2008 : 04:12:51
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Ciao Chick! Grazie della velocissima risposta!
Sto cercando di seguire il tuo discorso per arrivare a quel "6" e a quel "43", ma ancora niente... Domani ci provo con più calma, visto che adesso mi trovo tra lo sclero e il sonno  Se non altro ho già capito che il 10 rappresenta gli zeri e non un valore preciso e per indicare l'esponente si usa il simbolo "^"
Grazie 1000! Se domani non riesco ad arrivarci da solo nemmeno usando la tua risposta, tornerò a chiedere altre precisazioni!
PS: Ma A, C, G e T non sono le basi?? Per nucleotidi non si intende la struttura nel suo insieme costituita dalla base, dal fosfato e dal pentosio??
Il 6 lo avevo interpretato come semplificazione di 6 miliardi di nucleotidi, solo che poi ragionandoci mi sono accorto che non c'era correlazione tra i due valori. |
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cinogenico
Nuovo Arrivato
105 Messaggi |
Inserito il - 22 marzo 2008 : 04:21:59
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| Ad un ultimo sguardo prima di spegnere il pc, credo di aver compreso una cosa fondamentale rileggendo il tuo post: quel "6 x 10^43" non è una formula ma rappresenta il risultato (il numero) delle combinazioni che è possibile calcolare seguendo il tuo ragionamento, che come dici tu sarebbe 6 con 43 zeri...ditemi se ho scritto un'altra bischerata... |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 22 marzo 2008 : 05:05:12
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Esatto, 6*10^43 è come dire 60000000000000000000000000000000000000000000, solo più veloce da scrivere!
Allo stesso modo se vuoi scrivere 150000 potresti indicarlo con 15*10^4 oppure 1.5*10^5
Vale anche per numeri molto piccoli:
0.0000045 = 4.5 * 10^-6
E' semplicemente un modo molto comune di scrivere numeri molto grandi o molto piccoli in ambito scientifico. Si chiama infatti "notazione scientifica". Vedi anche http://it.wikipedia.org/wiki/Notazione_scientifica
Citazione:
PS: Ma A, C, G e T non sono le basi?? Per nucleotidi non si intende la struttura nel suo insieme costituita dalla base, dal fosfato e dal pentosio??
Sì, hai ragione, ma a volte vengono indicati nello stesso modo per semplicità (o pigrizia!).
La dicitura corretta è:
basi azotate: adenina, citosina, guanina e timina (nel DNA) o uracile (nel RNA)
nucleosidi = base azotata + ribosio (RNA) o desossiribosio (DNA): adenosina, citidina, guanosina, timidina e uridina.
nucleotidi =base azotata + ribosio (RNA) o desossiribosio (DNA) + 1,2 o 3 fosfati: [desossi]adenosina-mono/di/trifosfato (a seconda del numero di fosfati, desossi solo per il DNA) [desossi]citidina-mono/di/trifosfato etc etc.
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cinogenico
Nuovo Arrivato
105 Messaggi |
Inserito il - 22 marzo 2008 : 13:03:45
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Chick grazie davvero!! Con i tuoi post ci sto facendo un glossario!!! Questo forum è una manna per me!
Ho capito il significato di quei valori, o meglio del loro valore nell’insieme, ma adesso sorge un altro problema. Come ho detto, sto cercando di adattare alcuni testi (articoli, relazioni, tesi ecc.) che affrontano la materia genetica in campo umano, ad un conteso meno specifico (genetica dei mammiferi in generale).
Ecco, a questo punto come potrei “tradurre” quel 6 x 10^43? Questo è il valore che si riferisce alla specie umana nel caso di un outcrossing per cromosoma e il 10% di alterazione nei geni. Ma se dovessi riscrivere la frase riferendomi ad un'altra specie (come il cane che ha 78 cromosomi) invece di 6 x 10^43, cosa dovrei mettere? E come posso trasformare questi valori, in un calcolo ben preciso? In poche parole, come posso sintetizzare tutto quello che mi hai spiegato in una o più formule genetiche? Cioè, se mi chiedessero da dove arriva quel 6000000000000ecc ecc e volessi spiegarlo tramite formule, come dovrei fare?
Grazie 10 x 10^2  (dovrebbe essere 1000 no?)
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 22 marzo 2008 : 22:04:32
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Beh, il discorso non è proprio semplicissimo.
EDIT: ho rifatto bene i calcoli e mi viene un valore molto più alto di quello scritto nel tuo libro.... qualcuno me lo conferma?
Comunque sia, consideriamo prima un esempio facile.
Prendiamo una cellula con 2 coppie di cromosomi e 2 geni con alleli diversi su ciascun cromosoma. Consideriamo 1 possibile crossing-over per cromosoma e 1 possibile variante per ciascun gene.
Potremmo avere ad es una situazione così (questa è la situazione più complessa perchè abbiamo TUTTI gli alleli per tutti i geni e quindi il massimo di combinazioni possibili):
Crom 1 Crom 1' Crom 2 Crom 2'
| | | |
A A' C C'
| | | |
B B' D D'
| | | |
Quando i cromosomi si duplicano avremo
Crom 1 Crom 1' Crom 2 Crom 2'
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A A A' A' C C C' C'
\/ \/ \/ \/
/\ /\ /\ /\
B B B' B' D D D' D'
| | | | | | | |
Se avviene un crossing over in ogni cromosoma potremmo avere varie situazioni
1) potrebbe non succedere "nulla" se il crossing over non avviene fra A e B (o fra C e D). (in realtà comunque i cromosomi hanno scambiato materiale, solo che non te ne accorgi guardando i geni)
2) possiamo avere scambio di geni in tutti i cromosomi
Crom 1 Crom 1' Crom 2 Crom 2'
| | | | | | | |
A A' A A' C C' C C'
\/ \/ \/ \/
/\ /\ /\ /\
B B B' B' D D D' D'
| | | | | | | |
oppure
Crom 1 Crom 1' Crom 2 Crom 2'
| | | | | | | |
A A A' A' C C C' C'
\/ \/ \/ \/
/\ /\ /\ /\
B B' B B' D D' D D'
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(in questo caso la seconda opzione genera gli stessi gameti della prima, ma è solo perchè abbiamo soltanto due geni, se ne aggiungi un terzo vedrai che la cosa cambia!)
3) Possiamo avere scambio su alcuni cromosomi e non su altri
In generale comunque avremo gameti derivanti dalle combinazioni di questi:
cromosoma 1 : AB AB' A'B A'B'
cromosoma 2 : CD CD' C'D C'D'
Quindi puoi avere (AB CD, oppure AB CD' oppure A'B C'D' etc etc)
Se facciamo lo stesso ragionamento con 3 geni per cromosoma avremo (nella situazione più complessa) gameti derivanti dalle combinazioni di:
ABC ABC' AB'C AB'C' A'BC A'BC' A'B'C A'B'C'
DEF DEF' DE'F DE'F' D'EF D'EF' D'E'F D'E'F'
es (ABC DEF, ABC DE'F, A'BC' D'EF' etc etc etc)
Puoi facilmente dedurre che il numero di possibilità per ciascun cromosoma è uguale a:
numero di alleli per gene (2) elevato al numero di geni.
Nel primo esempio abbiamo
2^2 = 4
Nel secondo esempio abbiamo
2^3 = 8
Per trovare tutte le combinazioni possibili si fa
numero di combinazioni per cromosoma ^ numero di cromosomi
Nel primo caso abbiamo quindi 4^2=16 possibili gameti
(ABCD, ABC'D, ABCD', ABC'D', AB'CD, AB'C'D, AB'CD', AB'C'D',
A'BCD, A'BC'D, A'BCD', A'BC'D', A'B'CD, A'B'C'D, A'B'CD', A'B'C'D')
e nel secondo caso 8^2 = 64 gameti (non li scrivo tutti!)
Ora, tornamo all'uomo.
Contando un totale di ~30000 geni (poi anche su questo valore si potrebbe discutere a lungo), su 23 coppie di cromosomi abbiamo ~1300 geni per cromosoma e se contiamo che il 10% ha una variazione allora avremo ~130 per cromosoma con 2 alleli.
Quindi:
2^130 ~= 1.3 * 10^39 possibili combinazioni alleliche per cromosoma
(1.3*10^39)^23 = 1.2 * 10^900 gameti possibili
Nel cane -da quanto ho velocemente trovato su Google... quindi magari non è accurato- abbiamo ~35000-40000 geni su 39 coppie di cromosomi
2^(40000/39*10%) ~= 7.5*10^30 combinazioni alleliche per cromosoma
(7.5*10^30)^39 = 1.32 * 10^1204 gameti possibili
In sostanza, comunque l'idea è che avendo tutti questi possibili gameti, se ne consideri tutte le possibili combinazioni avrai un numero che è (anche se forse c'è qualcosa di sbagliato nei miei calcoli...) decisamente più alto del numero totale di cani (o uomini) esistenti sulla faccia della Terra!
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cinogenico
Nuovo Arrivato
105 Messaggi |
Inserito il - 23 marzo 2008 : 03:02:21
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Chick sei un grande! Non sono mai stato così felice per aver capito una lezione!! Scusa se chiedo, ma insegni per caso?? Perchè hai una capacità di spiegare le cose, che se (ai tempi) fossi stato il mio professore al liceo, magari adesso starei lavorando per il progetto genoma umano
Grazie infinite!
(nun te mollo più ) |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 23 marzo 2008 : 22:06:53
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Citazione:
Messaggio inserito da chick80
EDIT: ho rifatto bene i calcoli e mi viene un valore molto più alto di quello scritto nel tuo libro.... qualcuno me lo conferma?
Ok ho rifatto tutti i conti...
io li ho fatti semplificati però
Se abbiamo ~30000 geni di cui il 10% ha una variazione vuol dire ~3000... senza stare a dividere per il n° di cromosomi (tanto poi moltiplichi) ottieni:
2^3000 ~= 0.8 * 10^903 che è approssimativamente lo stesso valore che hai trovato tu chick...
però il punto dove ci perdiamo entrambi è il fatto che "avviene un singolo C.O. per ogni cromosoma"... questo riduce di molto i gameti possibili, ad es. per un cromosoma con 4 geni di cui ognuno ha 2 alleli:
A B C D
===============
a b c d
se ho 1 crossing over posso avere 3 casi:
C.O. tra A e B C.O. tra B e C C.O. tra C e D
A b c d A B c d A B C d
================ ================ ================
a B C D a b C D a b c D
questo riduce il numero di gameti possibili da 64 (2^4) a 6... però a sto punto come si mette questo in relazione con i 23 cromosomi??? |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 23 marzo 2008 : 22:11:03
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Ah dimenticavo comunque il numero che viene fuori (6 X 10^43) non sono i possibili gameti ma il numero delle combinazioni zigotiche!
Citazione:
Messaggio inserito da cinogenico
Citazione:
Ammettendo che si verifichi un solo crossing-over per cromosoma e che nei genitori circa il 10% dei geni presenta una variazione, il numero delle combinazioni zigotiche sarebbe superiore a 6 X 10 elevato a 43
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 23 marzo 2008 : 22:24:50
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Citazione:
Scusa se chiedo, ma insegni per caso??
Grazie per i complimenti ma no, non insegno! Chissà, magari in futuro...
Comunque il ragionamento di GFPina non fa una piega ... forse che si debba usare un po' di calcolo combinatoriale? (permutazioni, combinazioni etc. per ottenere il giusto risultato?) |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 24 marzo 2008 : 00:38:21
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Citazione:
Messaggio inserito da chick80
Comunque il ragionamento di GFPina non fa una piega ...
Ehmmmm  invece si ma me la sono trovata da sola... in realtà il ragionamento va bene ma ho solo sbagliato a scrivere...
Citazione:
Messaggio inserito da GFPina
.... ad es. per un cromosoma con 4 geni di cui ognuno ha 2 alleli:
......................................
questo riduce il numero di gameti possibili da 64 (2^4) a 6...
in realtà non è 6 ma 8 (2 parentali e 6 con C.O.)...
Comunque se volessimo trovare una formula per questo, il "numero di combinazioni possibili per ogni cromosoma" sarebbe:
N°geni che hanno 2 alleli x 2
nel caso di prima: "cromosoma con 4 geni di cui ognuno ha 2 alleli"
4 x 2 = 8
se fossero 5 avrei 10...ecc...
Volendo fare un conto approssimativo simile a quello di chick80
Citazione:
Messaggio inserito da chick80
Contando un totale di ~30000 geni (poi anche su questo valore si potrebbe discutere a lungo), su 23 coppie di cromosomi abbiamo ~1300 geni per cromosoma e se contiamo che il 10% ha una variazione allora avremo ~130 per cromosoma con 2 alleli.
avrei 130 x 2 = 260
considerando che ho 23 cromosomi:
260^23 = 3,16 x 10^55 ... però è sempre un po' alto
sto dando i numeri adesso però mi sa!!! |
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cinogenico
Nuovo Arrivato
105 Messaggi |
Inserito il - 25 marzo 2008 : 04:06:23
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Grazie davvero a entrambi! I miei neuroni dopo aver letto tutti i vostri post di seguito sono un pò tramortiti adesso, però c'è materiale su cui studiare e volevo proprio questo!
Un'ultima domanda prima di concentrarmi sugli esempi che mi avete fornito: questo tipo di calcolo (numero combinazioni zigotiche), è inerente all'eteditarietà in generale o esiste una vera e propria branca che studia questo? |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 25 marzo 2008 : 18:38:36
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Beh cinogenico giusto per tramortire ancora un po' i tuoi neuroni ... ti do altro materiale su cui ragionare!
Ho trovato questo che ti potrebbe essere utile: Number Of Chromosome Combinations During Meiosis
trovi questa tabella che riporto qua:
I calcoli utilizzati sono simili a quelli che abbiamo fatto noi: 2^n
considerando 23 coppie di cromosomi (senza considerare C.O.): 2^23 possibili gameti
se poi vuoi considerare il numero delle combinazioni zigotiche devi pensare che ognuno di questi gameti si può combinare con uno qualsiasi dei gameti prodotti dall'altro genitore, quindi avrai:
(2^23)^2= 2^46 possibili combinazioni zigotiche
( puoi anche vederlo come: 2^23 x 2^23 = 2^46)
Se consideri il C.O. devi aggiungere un fattore, nel caso riportato in tabella viene considerato che avvengano 3 c.o. in ogni meiosi, quindi viene moltiplicato per 2^3, ottenendo: 2^23 x 2^3 = 2^26 possibili gameti e (2^26)^2 possibili combinazioni zigotiche.
... in ogni caso ho riprovato a fare i conti ma quel: 6 x 10^43 non mi viene... non so come sia stato calcolato, io al massimo sono arrivata ad ottenere 5 x 10^45
Riguardo l'ultima domanda:
Citazione:
Messaggio inserito da cinogenico
Un'ultima domanda prima di concentrarmi sugli esempi che mi avete fornito: questo tipo di calcolo (numero combinazioni zigotiche), è inerente all'eteditarietà in generale o esiste una vera e propria branca che studia questo?
io penso che sia inerente all'ereditarietà... non mi risulta che esista una branca a parte... ma aspetto smentite! 
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cinogenico
Nuovo Arrivato
105 Messaggi |
Inserito il - 27 marzo 2008 : 18:24:21
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Vi informo che grazie alle vostre spiegazioni ho capito tutto il procedimento per calcolare le combinazioni zigotiche!! E anche di più!
Ora però c'è un nuovo intoppo  Non so se posso postarlo qui dato che non c'entra con quello precedente. Chiedo scusa fin da ora se sbaglio a postarlo nello stesso topic.
Concettualmente il problema è simile a quello precedente: devo cioè adattare dei valor genetici umani (se così si può dire) alle specie in generale, ed in particolare al cane. Ora mi sono bloccato in questa parte:
Citazione:
Le dimensioni dei cromosomi variano tra i 10u (micro) del cromosoma più grande, il numero 1, che contiene circa 200 Mb (megabasi = milioni di basi), e i 2u del cromosoma più piccolo, il numero 21, che contiene circa 40 Mb di DNA.
Io so che nel cane, il cromosoma più grande è X e quello più piccolo è il numero 38, ma non ho la minima idea di quale sia la loro dimensione in micro e quante Mb contengano.
Ho trovato un sito che sembra avere le risposte che cerco, ma non riesco ad interpretare i dati riportati:
http://ensembl.genomics.org.cn/Canis_familiaris/index.html
La lunghezza di cromosomi è in bps (non ho idea di cosa significhi bps) e rigurardo le Mb non riesco ad individuare nulla a proposito.
Potete ridarmi una mano?? |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 27 marzo 2008 : 18:59:44
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Mi stavo preoccupando per la domanda...
ma per fortuna non è niente di difficile stavolta
Citazione:
Messaggio inserito da cinogenico
La lunghezza di cromosomi è in bps (non ho idea di cosa significhi bps) e rigurardo le Mb non riesco ad individuare nulla a proposito.
bps sta per base pairs, cioè "paia di basi"
Mb non è altro che Mega basi, quindi "mille paia di basi"
è semplicemente l'unità di misura in cui si misura la lunghezza del DNA (aggiungo anche che se è RNA, si parla di basi e non paia di basi perchè è a singolo filamento!)
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la_fra
Utente
750 Messaggi |
Inserito il - 27 marzo 2008 : 19:00:41
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| beh questa è semplice, bps vuol dire base pairs perciò es. il chr 35 è di 29542582 paia di basi quindi di 29,54 Mb |
Doctors are men who prescribe medicines of which they know little, to cure diseases of which they know less, in human beings of whom they know nothing (Voltaire) |
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la_fra
Utente
750 Messaggi |
Inserito il - 27 marzo 2008 : 19:02:38
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| ops..fregata sul tempo |
Doctors are men who prescribe medicines of which they know little, to cure diseases of which they know less, in human beings of whom they know nothing (Voltaire) |
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cinogenico
Nuovo Arrivato
105 Messaggi |
Inserito il - 28 marzo 2008 : 02:00:12
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Citazione:
Messaggio inserito da GFPina
Mi stavo preoccupando per la domanda...
ma per fortuna non è niente di difficile stavolta
Non vorrei diventare "quello delle domande difficili" all'interno del forum! Sono appena arrivato e mi sono già fatto la nomina della spina nel fianco
Si, la domanda era facilotta per voi!!! Io ci sto perdendo la vita dietro questi testi (e pensare che fino a qualche tempo fa credevo di essere abbastanza preparato su questo argomento.........)
Allora, sono riuscito a capire la differenza tra Mb e bps grazie a voi! Non rimane che capire il discorso della lunghezza cromosomica espressa in µ. Dopo qualche ora di riflessione profonda, sono arrivato ad un ragionamento molto grossolano (ditemi se sbaglio):
Se il cromosoma 1 dell'uomo è lungo circa 10µ ed è costituito da 247,249,719 bps, sembrerebbe sufficiente una proporzione per risalire alla lunghezza del cromosoma X del cane, che contiene 125,616,256 bps
247,249,719 : 10 = 125,616,256 : x
risultato approssimativo: 5µ
Per verificare, ho usato lo stesso calcolo per trovare la lunghezza del cromosoma 21 dell'uomo che consta di 46,944,323 bps
247,249,719 : 10 = 46,944,323 : x
risultato approssimativo: 2µ (che corrisponde al valore riportato nel testo)
Se questo ragionamento è corretto (aspetto smentite), l'unica cosa che resta da fare, è vedere a quante bps equivale circa 1µ. Per semplificare prendo in considerazione le Mb. Quindi:
247/10 = 24,7Mb
125/5 = 25Mb
46/2 = 23Mb
Facendo la media dei tre risultati, avremmo un valore intorno ai 24Mb. Quindi a questo punto, si potrebbe dire che 1µ equivale a circa 24Mb?? 
Probabilmente ho sbagliato tutto, ma questo è l'unico ragionamento su cui ho potuto appigliarmi...Ditemi voi...
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 28 marzo 2008 : 04:00:01
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Citazione:
Non vorrei diventare "quello delle domande difficili" all'interno del forum!
Non ti preoccupare! E' vero che poi spesso noi diamo per scontate alcune cose che poi sono in realtà non così semplici da spiegare!
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Per quanto riguarda il tuo ragionamento: [con le dovute approssimazioni*] direi che è corretto!
*dovute approssimazioni: il DNA è "impaccato" nei cromosomi quindi l'effettiva lunghezza dipende dal grado di impaccamento. Comunque direi che puoi tranquillamente assumere che in media sia lo stesso nell'uomo e nel cane!
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cinogenico
Nuovo Arrivato
105 Messaggi |
Inserito il - 28 marzo 2008 : 04:49:46
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Citazione:
Per quanto riguarda il tuo ragionamento: [con le dovute approssimazioni*] direi che è corretto!
Letto questo, riparto con la "traduzione", sperando di non dovervi scocciare così spesso!
Grazie Chick! |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 28 marzo 2008 : 11:26:02
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Citazione:
Messaggio inserito da cinogenico
Citazione:
Messaggio inserito da GFPina
Mi stavo preoccupando per la domanda...
ma per fortuna non è niente di difficile stavolta
Non vorrei diventare "quello delle domande difficili" all'interno del forum! Sono appena arrivato e mi sono già fatto la nomina della spina nel fianco
No non ti preoccupare cinogenico, non sei una spina nel "fianco! Le tue domande sono comunque interessanti e stimolati... anche se ci hai messo un po' alla prova con tutti quei conti!!!
Certo se ogni tanto ce n'è una "facile" (per noi) meglio!
Poi basta che quelle "difficili" le fai di notte... così ti risponde chick80 (scherzo!)
Riguardo la tua domanda come dice chick80 il DNA è impaccato nei cromosomi e aggiungo solo che questo impaccamento non è uniforme lungo tutto il cromosoma! Esistono infatti dei metodi di colorazione che evidenziano sul cromosoma diverse bande sul cromosoma, queste sono dovute alla diversa condensazione della cromatina!
Citazione:
da Wikipedia Cariotipo
In genere, il Bandeggio Cromosomico avviene con la colorazione Giemsa, per cui si parla di anche di bandeggio G, in cui il vetrino viene prima trattato con una soluzione salina o enzimatica, poi viene colorato con soluzione di Giemsa, determinando lungo l’asse principale dei cromosomi una sequenza di regioni a diversa intensità di colorazione, dette bande cromosomiche, caratteristiche di ogni cromosoma consentendo la loro classificazione secondo uno schema standardizzato in modo da definire il cariogramma di un individuo (ideogramma o cariotipo normale).
Però in effetti possiamo pensare che anche nel cane sia lo stesso e quindi "approssimare" comunque i calcoli (tieni però sempre presente che è solo una approssimazione e non potrai mai avere una misura precisa!)
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cinogenico
Nuovo Arrivato
105 Messaggi |
Inserito il - 29 marzo 2008 : 15:09:16
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Rieccomi! (ormai mi sono affezionato a voi!)
Dal momento che non sono una spina nel fianco, approfitto selvaggiamente delle vostre conoscenze!!
Questa volta, più che un problema genetico, è un promblema grammaticale...nel senso che, sono convinto che il concetto seguente sia stato fomulato male, dimenticando qualche virgola e qualche congiunzione...non riesco proprio a capirla sta frase:
Citazione:
Evidentemente se la fertilità è ridotta a zero (sterilizzando tutte le persone affette), il coefficiente di selezione sarà uguale all’unità (s = 1-f), dove f= la fitness, cioè la capacità riproduttiva di un individuo, la frequenza di un carattere dipenderà dal tasso di mutazione (frequenza di comparsa di una mutazione).
Che cavolo significa? Non che io sappia il significato di quel s = 1-f, ma potrei anche provarci a scoprirlo se solo mi raccapezzasi un pò in questo trafiletto confuso. Sicuramente per voi è più semplice aggiungere o eliminare un pò di punteggiatura per dare un filo logico a questo concetto...o magari sono io che non riesco a coglierne il senso... |
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ilarip
Utente Junior
Prov.: Bologna
Città: Bologna
432 Messaggi |
Inserito il - 29 marzo 2008 : 15:51:49
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ciaoooo
provo a spiegartelo in maniera più chiara
la Selezione in termini molto semplici è il meccanismo con cui avviene l'evoluzione delle specie
Un modo per misurare la selezione è l'utilizzo del COEFFICIENTE DI SELEZIONE indicato con S
questo come ti dice la frase è = 1-f dove f è la fitness:che misura la capacità di un genotipo di riprodursi e di trasmettersi alla generazione successiva( cioè quanti figli sono in grado di riprodursi).
la frequenza di un carattere (quanto il carattere in esame es colore degli occhi è presente all'interno della popolazione)dipende da quanto compare una mutazione ( alterazioni del DNA)all'interno della popolazione che si sta studiando....
Spero di esserti stata chiara
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Ho imparato.. .che le opportunità non vanno mai perse.
Quelle che lasci andare tu...le prende qualcun altro
Ho imparato...che è meglio dare consigli solo in due circostanze...
Quando sono richiesti e quando ne dipende la vita.
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 29 marzo 2008 : 19:28:43
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In effetti la frase non ha molto senso… o almeno l’ultima parte non c’entra… io avrei messo un punto.
Comunque sono andata a leggermi parte del documento a cui hai preso la citazione.
I termini li ha già spiegati ilarip!
Il senso della prima parte della frase:
Citazione:
Evidentemente se la fertilità è ridotta a zero (sterilizzando tutte le persone affette), il coefficiente di selezione sarà uguale all’unità (s = 1-f), dove f= la fitness, cioè la capacità riproduttiva di un individuo,
(e qua metterei un bel punto!)
è che se si considera la fertilità (quindi la fitness) = 0 la selezione sarà:
s = 1 – 0 = 0… (quindi selezione totale) ma questo penso sia ovvio.
La seconda parte della frase, appunto secondo me dovrebbe essere a sè stante
Citazione:
la frequenza di un carattere dipenderà dal tasso di mutazione (frequenza di comparsa di una mutazione)
Così confonde un po’ le idee…
Non sapendo però le tue conoscenze genetiche e di genetica di popolazione cerco di spiegarti il concetto generale, presumo che sia quello che non è chiaro alla fine... (perdonami se ho capito male e ti faccio tutto un lungo discorso inutile )
Il concetto generale è questo:
in questo caso si sta parlando (come ho letto dal documento GENI E CROMOSOMI) di selezione contro l’allele recessivo.
Tu hai due alleli "A" (dominante) e "a" (recessivo) che danno luogo a tre fenotipi:
AA, Aa e aa.
Dire che riduci a zero la fertilità delle persone affette significa che poni = 0 la fitness del genotipo "aa" (questa si chiama "selezione contro il recessivo")
… a questo punto… non sapendo quali siano le tue conoscenze di genetica di popolazione faccio un breve riassunto…
Si indica con "p" la frequenza dell’allele "A" e con "q" la frequenza dell’allele "a".
Queste sono legate da un binomio ("Binomio di Hardy-Weinberg") : (p + q)^2 = 1
cioè: (p)^2 + 2pq + (q)^2 = 1
p^2 è la frequenza del genotipo omozigote dominante "AA"
2pq è la frequenza del genotipo eterozigote "Aa"
q^2 è la frequenza del genotipo omozigote recessivo "aa"
…
Detto questo se parti da una situazione di equilibrio in cui:
p= 0.5 e q= 0.5 avrai queste frequenze genotipiche:
AA Aa aa
p^2 2pq q^2
0.25 0.5 0.25
Se la fitness per "aa" è = 0, mentre per gli altri rimane 1, alla prima generazione ottieni queste frequenze: (calcolate come "frequenza genotipica"/ "fitness" e poi rapportando a 1 --> ricorda che il binomio deve essere uguale a 1!)
AA Aa aa
p^2 2pq q^2
1 1 0 --> "fitness"
0.25 x 1 0.5 x 1 0.25 x 0
0.25 0.5 0
0.33 0.67 0
Ricalcolando le frequenze p e q ottieni ... (non sto a scrivere tutti i conti)
p’ = 0,67 e q’ = 0,33 hai ridotto q di 0,17 …
continuando con i calcoli… che non faccio ma si trovano sui libri…
queste sono le frequenze di q che ti troveresti alle varie generazioni:
0 0,500
1 0,333
2 0,250
3 0,200
4 0,167
5 0,143
..........
10 0,008 E dopo 10000 generazioni q=0,001
Tutto questo discorso sta semplicemente a significare che, anche se la selezione contro l’allele recessivo è totale, non riuscirai mai ad eliminarlo completamente perché ci sono gli eterozigoti!
Però man mano che vai avanti… anche gli eterozigoti sono meno e siccome per avere l’omozigote recessivo l’unico modo è l’incrocio di due eterozigoti che dà probabilità 1/4 di avere un omozigote recessivo… questo diventa sempre più difficile! Ma se è difficile che si generino omozigoti recessivi... è più difficile che ci sia selezione!
Però i pochi eterozigoti rimasti si incontreranno molto più facilmente con un omozigote dominante (che sono molti di più!) e avranno probabilità 1/2 di passare l’allele recessivo alla progenie e questo sarà difficilmente eliminabile! (non riesci a disfarti dell'allele recessivo!)
Questo è il vero significato dell’ultima parte della frase, che messa così sembrava non avere alcun senso!
Citazione:
la frequenza di un carattere dipenderà dal tasso di mutazione (frequenza di comparsa di una mutazione)
(oltre al fatto che se hai una nuova mutazione si può generare ancora l'allele recessivo)
Infatti poi il documento continua dicendo:
Citazione:
Si arriverebbe cioè ad un momento in cui non si potrebbe ridurre ulteriormente la frequenza di una malattia.
La dimostrazione di questo è appunto quello che ho scritto prima!
Spero di averti chiarito le idee e non di avertele ulteriormente confuse!
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Edit: rileggendo mi è venuto in mente qual'è il significato della frase completa che forse non ho spiegato bene!
In sintesi la frase dice:
"Se la selezione è totale (fitness = 0) la frequenza dell'allele recessivo dipenderà dalla probabilità che si verifichi una nuova mutazione (che riporta l'allele recessivo)!"
Cioè come detto prima la frequenza dell'allele recessivo (q) tende a zero (anche se in realtà non ci arriva), se ho una nuova mutazione che riporta l'allele recessivo questo fa aumentare q.
q = ~0 + M (dove M = frequenza di comparsa di una nuova mutazione)
q = M
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