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Autore

Discussione

Nica
Nuovo Arrivato

Città: Firenze

14 Messaggi

Inserito il - 23 aprile 2008 : 17:57:19

Salve!
sapete se esiste un software per calcolare la sequenza di un siRNA?
Sapete eventualmente come è possibile stabilizzarli?
Grazie

kORdA
Utente Attivo

Prov.: Milano
Città: Monza

1303 Messaggi

Inserito il - 24 aprile 2008 : 14:08:51

Mi associo al post di Nica... solo che io cerco tool di analisi per miRNA...

Per il momento ho trovato http://genes.mit.edu/targetscan per la predizione dei target e http://www.microrna.org, che dovrebbe ospitare sia il miRBase aggiornato che il tool Miranda

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada

Patrizio
Moderatore

Città: Barcellona

1914 Messaggi

Inserito il - 24 aprile 2008 : 17:09:00

Scusa nica...ma non capisco che vuol dire un software per calcolare la sequenza?

per quanto riguarda la stabilita'..i vettori in genere possono diventare da transienti a stabili...se il gene silenziato non e' letale..altrimenti muoiono ,questo perche' il vettore e' molto piccolo e si puo' integrare piu' "facilmente" nel genoma,ovviamente se le tue cellule dopo un mese sono resistenti tipo alla puromicina,vuol dire che si e' integrato

kORdA
Utente Attivo

Prov.: Milano
Città: Monza

1303 Messaggi

Inserito il - 24 aprile 2008 : 17:19:42

Citazione:
Messaggio inserito da Nica

sapete se esiste un software per calcolare la sequenza di un siRNA?

Sempre per i miRNA (ma probabilmente le tecniche saranno analoghe) sto leggendo il seguente articolo, contiene pure un supplemento sullo stato dell'arte...

1: Kertesz M, Iovino N, Unnerstall U, Gaul U, Segal E.
The role of site accessibility in microRNA target recognition.
Nat Genet. 2007 Oct;39(10):1278-84. Epub 2007 Sep 23.
PMID: 17893677 [PubMed - indexed for MEDLINE]

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada

Dionysos
Moderatore

Città: Heidelberg

1913 Messaggi

Inserito il - 03 maggio 2008 : 19:47:06

Io per progettare siRNA e calcolarne le caratteristiche uso il supersfruttato tool dell'Ambion:

http://www.ambion.com/techlib/misc/siRNA_finder.html

Volere libera : questa é la vera dottrina della volontà e della libertà
(F.W. Nietzsche)

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