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daniela82
Nuovo Arrivato



11 Messaggi
Inserito il - 02 maggio 2008 : 12:54:27  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di daniela82 Invia a daniela82 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ciao a tutti scusate la mia ignoranza,
devo scrivere 2 primer di 20 nt x amplificare la sequenza dalla posizione es. 40 alla es 100:

es: tttccctttaaatttcccggggtttaaccc.....tttgggtagctacgtgactgttaagc
                         |                        |
                         40                      100

Forward: 5'
Reverse: 5'
come si fa?
grazie a tutti

chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi
Inserito il - 02 maggio 2008 : 13:18:20  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=1655
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daniela82
Nuovo Arrivato



11 Messaggi
Inserito il - 02 maggio 2008 : 13:26:59  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di daniela82 Invia a daniela82 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
si scusa senza i problemi di disegno del primer, brevissimamente sarebbe per il Forward:il complementare da 40 in giù e per il reverse: da 100 in su ma scritto al contrario? o devo prendere 20 nucleotidi prima del 40? scusa non capisco niente...
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GFPina
Moderatore

GFPina

Città: Milano


8408 Messaggi
Inserito il - 02 maggio 2008 : 17:19:37  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Beh se è solo per avere un idea...
se devi tassativamente amplificare dall posizione 40 alla 100 allora devi disegnare il Forward da 40 in avanti e il Reverse da 100 indietro:
x es.

tttccctttaaatttcccggggtttaaccc.....tttgggtagctacgtgactgttaagc
                     |                         |
                    40                        100

Forward: 5' gtttaaccc...
Il reverse sarà complremetare alla tua sequenza e invertito (scritto al contrario!)
La sequenza è:
tttgggtagcta
           |
          100
quindi il complementare è: 
...tttgggtagcta
...aaacccatcgat
           |
          100
e il primer sarà
Reverse: 5'...tagctacccaaa
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daniela82
Nuovo Arrivato



11 Messaggi
Inserito il - 02 maggio 2008 : 17:25:26  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di daniela82 Invia a daniela82 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
grazieeee mille
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cicciola dott
Nuovo Arrivato

Prov.: Bari
Città: bari


5 Messaggi
Inserito il - 07 maggio 2008 : 00:32:35  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di cicciola dott Invia a cicciola dott un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
per comtrollare time melting e percentuale G/C (fondam per l'annealing )
usa OLIGO CALCULATOR lo trovi su internet
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