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Discussione

marina1983
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18 Messaggi

Inserito il - 23 maggio 2008 : 13:47:29

ciao!
ho fatto sequenziare una regione di DNA che dovrebbe essere un gene. dall'analisi con genscan ho trovato gli esoni, promotore e poliA.
avrei diverse domande:
il poliA trovato � di 6 bp... non � un po troppo corto??
ho preso solo la regione codificante (quindi solo gli esoni) e con expacy ho tradotto la proteina. nei frame ci sono diversi siti di inizio della trascrizione e diversi codoni di stop. come devo interpretare questi risultati?? perche cosi tanti codoni di stop ed inizio? sulla base di cosa stabilisco quali sono giusti o no?
inoltre il primo esone inizia con un ATG e il 3 esone con un TAG. potrei considerare solo questi?
grazie

dallolio_gm
Moderatore

Prov.: Bo!
Citt�: Barcelona/Bologna

2445 Messaggi

Inserito il - 23 maggio 2008 : 15:06:13

Considera che GenScan � un predittore, quindi implicitamente � possibile che vi siano errori nella traduzione.

Fossi in te ci andrei con calma nell'analisi bioinformatica:
- scaricati l'ultima pubblicazione che metta a confronto software per la predizione ab initio di gene (gene finding and review[ptyp]) e cerca di farti una idea su quali sono i pro/contro.
Se magari hai a disposizione anche qualche altro tipo di informazione sulla tua sequenza (esempio conosci l'ortologo in una specie vicina), si possono applicare altri approcci, che danno risultati migliori.

- ripeti la predizione con pi� di un programma. Purtroppo al momento non sono molto aggiornato sul problema (anche se ho lavorato a fianco di uno dei pioneri del genere, sob

), per� puoi dare una occhiata a questa lista qui: http://www.genefinding.org/software.html

- detto questo, ricordati che anche l'analisi bioinformatica � un esperimento in se. per esempio, potresti far correre le sequenze di alcuni geni gi� annotati (scaricale da ncbi/ensembl) da utilizzare come controllo per i parametri che stai utilizzando.

p.s.: che specie �?

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)