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CRISTIAN
Nuovo Arrivato

92 Messaggi

Inserito il - 25 luglio 2008 : 16:54:24

Ciao volevo chiedervi un'informazione:
Ho a disposizione un ampilificato di PCR purificato, per il sequenziamento posso usare lo stesso primer (senso o antisenso) utilizzato per l'amplificazione o questo crea problemi?
Grazie mille,

Topogigio77
Nuovo Arrivato

Citt�: Milano

37 Messaggi

Inserito il - 25 luglio 2008 : 18:28:54

certo che puoi, anzi...devi!

scherzi a parte, generalmente si fa proprio cos�
ciao

valia
Moderatore

Prov.: UK

1001 Messaggi

Inserito il - 25 luglio 2008 : 18:34:15

... Si' generalmente si fa cosi', anche se sarebbe ottimale usare primer interni per avere sequenze piu' pulite nel caso in cui il prodotto di PCR fosse sporco e ci fosse aspecifico!

CRISTIAN
Nuovo Arrivato

92 Messaggi

Inserito il - 28 luglio 2008 : 09:33:08

GRAZIE MILLE, infatti io ho sempre usato gli stessi primer usati per l'amplificazione ma dei colleghi mi hanno fatto notare che si dovrebbero usare primer un p� pi� interni..

Topogigio77
Nuovo Arrivato

Citt�: Milano

37 Messaggi

Inserito il - 29 luglio 2008 : 14:51:25

io mi permetto di dissentire...usare primers interni se hai PCR sporche serve a poco...se ti porti dietro Primers dalla prima PCR comunque lavorano e ti danno una brutta sequenza ugualmente.
per�, per carit�, parere mio...

valia
Moderatore

Prov.: UK

1001 Messaggi

Inserito il - 29 luglio 2008 : 15:00:58

Citazione:
Messaggio inserito da Topogigio77
se ti porti dietro Primers dalla prima PCR comunque lavorano e ti danno una brutta sequenza ugualmente.

Se purifichi da gel non hai questo problema....
E comunque la quantita' di primer che ti porti dietro e' irrisoria in confronto alla quantita' di primer nuovi che aggiungi alla reazione! E' lo stesso principio della nested PCR...

Comunque in effetti nella stragrande maggioranza delle volte vanno bene quelli usati per amplificare!