| Autore |
Discussione |
|
|
cinogenico
Nuovo Arrivato
105 Messaggi |
 Inserito il - 05 agosto 2008 : 00:10:45
|
Qualcuno probabilmente si ricorderà delle mie domande abbastanza stupide per un forum come questo, ma dato che non ho alcuno studio specifico alle spalle, ne mi occupo di genetica, eccomi a chidervi altre spiegazioni su argomenti base 
- Prima di tutto vorrei chidervi qual'è la relazione tra gli introni e le sequenze ripetitive del DNA. In un primo momento, leggendo un pò qui e un pò li, credevo che fossero la stessa cosa. A quanto ho capito però, i primi vengono trascritti e poi scartati, mentre le seconde non vengono prese proprio in considerazione dalla sintesi. Giusto?
- Se sono due cose diverse, allora cosa sono di preciso queste sequenze ripetitive?
- La poliadenilazione si trova solo sull'mRNA o anche sul DNA?
Aspetto le vostre risposte 
|
|
|
|
|
Schuldiner86
Utente Junior
Prov.: Viterbo
Città: Bologna
581 Messaggi |
Inserito il - 05 agosto 2008 : 10:24:59
|
Allora, proviamo a rispondere in linea generale...
-Un introne è una lunga sequenza di DNA che si trova tra due esoni codificanti in un gene. Trovandosi all'interno di geni gli introni vengono quindi trascritti insieme agli esoni per poi essere processati dalle snRNP per essere rimossi, o subiscono self-splicing. Si forma così un mRNA maturo che non contiene introni che verrà poi tradotto. Le sequenze ripetitive si trovano nel cosiddetto "DNA spazzatura", la parte del genoma non codificante. Le ripetizioni di una sequenza in tandem formano i mini e microsatelliti, mentre le ripetizioni intersperse sono le SINEs (Short Interspersed Nuclear Elements) e le LINEs (Long Interspersed Nuclear Elements). Le LINEs sono il "relitto" di genomi retrovirali integrati, vengono trascritte e codificano per due proteine, una che lega ssDNA e una trascrittasi inversa (retrotrasposoni), mentre le SINEs vengono trascritte dall'RNA-Polimerasi III in tRNA, rRNA e snRNA e non codificano alcuna proteina, ma rappresentano comunque un elemento mobile del genoma.
-Dovrei aver risposto sopra, comunque penso che le funzioni del cosiddetto "DNA spazzatura" si stiano pian piano scoprendo.
-La poliadenilazione è un fenomeno che riguarda l'RNA e necessita della sequenza segnale AAUAAA per il taglio dell'mRNA mediato da un endonucleasi associata alla RNA-polimerasi e l'azione della poli-A polimerasi. Non penso sia un fenomeno che riguardi il DNA, anche perché la sua funzione è quella di migliorare la stabilità dell'mRNA e di prevenirne una digestione prematura.
Per qualsiasi dubbio continua a chiedere... |
 
 |
 |
|
|
cinogenico
Nuovo Arrivato
105 Messaggi |
Inserito il - 05 agosto 2008 : 16:26:30
|
Grazie 1000 Schuldiner! Comincio a vederci più chiaro, adesso però mi sorgono altre domande:
1. Un introne è sempre in mezzo a due esoni? Quindi non è possibile trovare due o più introni (o esoni) consecutivi?
2. Il DNA ripetitivo si individua nell'eucromatina o nell'eterocromatina?
3. Cosa si intende per geni a singola copia e geni a copia multipla?
Abbiate pazienza con me...  |
|
|
|
Schuldiner86
Utente Junior
Prov.: Viterbo
Città: Bologna
581 Messaggi |
Inserito il - 05 agosto 2008 : 17:01:52
|
Allora proviamo a rispondere...
1. Sinceramente la domanda concettualmente non ha tanto senso secondo me...Due introni consecutivi non andrebbero a formare un singolo introne? Così due esoni consecutivi forse...Magari ci potrebbero essere in due introni consecutivi 2 siti di splicing distinti, ma il risultato sarebbe comunque l'esclusione degli introni dall'mRNA maturo con la conseguente fusione di due esoni...Più che due introni consecutivi se prendi una struttura esone1-introne1-esone2-introne2-esone3 dallo splicing potresti ottenere o un mRNA contenente tutti e 3 gli esoni o per splicing alternativo un trascritto contenente esone1 e 3, così avresti eliminato 2 introni che però non sono consecutivi...
2. Sinceramente non saprei con certezza, però penso che il DNA ripetitivo in quanto non codificanti si collochi nell'eterocromatina, per le sequenze che vengono trascritte come le LINEs magari potrà essere eterocromatina facoltativa...Prendi la risposta con le pinze...
3. Geni a singola copia significa che c'è un'unico e solo gene in tutto il genoma, geni a copia multipla sono geni di cui è presente più di una copia nell'intero genoma e si può dire che siano la base dell'evoluzione in quanto un gene può rimanere inalterato continuando a produrre una proteina funzionale mentre una copia può mutare e dare origine quindi a modificazioni nella proteina che codifica che la maggior parte delle volte sono svantaggiose, ma alcune volte possono comportare il guadagno o l'affinamento di una funzione. L'esempio più classico che ci possa essere sono i geni codificanti per le catene alfa e beta dell'emoglobina, entrambi derivati da un gene ancestrale che essendo presente in copia multipla si è evoluto in due isoforme separatamente...
Spero ti sia stato d'aiuto...Nel caso continua a fare domande... |
|
|
|
|
cinogenico
Nuovo Arrivato
105 Messaggi |
Inserito il - 05 agosto 2008 : 18:04:37
|
Questo forum è una manna dal cielo!
Sei chiarissimo Schuldiner!
La prima risposta mi ha fatto riflettere e in effetti la mia domanda era priva di senso...per adesso c'è un pò di confusione nella mia testa, quindi ogni tanto le sparo...
Passando alla terza risposta, vediamo se ho capito. Se ad esempio il gene AA, è presente in copia singola, sul DNA si avrà un allele paterno ed uno materno e punto. Se invece è a copia multipla, si avranno due o più AA sparsi lungo la catena, ognuno dei quali formati da un allele p e uno m. Esatto? |
|
|
|
Schuldiner86
Utente Junior
Prov.: Viterbo
Città: Bologna
581 Messaggi |
Inserito il - 05 agosto 2008 : 18:53:59
|
| Se un gene è a copia singola, significa che ci stanno 2 alleli per genitore, uno che passa al figlio dal padre e uno dalla madre...Se un gene è in copia multipla, metti due copie per genitore, ci saranno 4 copie totali finali, però secondo me si deve parlare comunque di due alleli e non di 4 perché 2 sono delle copie...Non so se mi sono spiegato... |
|
|
|
|
cinogenico
Nuovo Arrivato
105 Messaggi |
Inserito il - 05 agosto 2008 : 19:06:02
|
Pefetto! Mi sei stato di grande aiuto Schuldiner, grazie infinte!
Azzardo l'ultima (forse...) domanda e poi non ti stresso per un pò
Considerando un gene presente in copia multipla, è possibile trovare le sue copie in diversi cromosomi, oppure si troveranno sempre tutte sul medesimo cromosoma? |
|
|
|
Schuldiner86
Utente Junior
Prov.: Viterbo
Città: Bologna
581 Messaggi |
Inserito il - 05 agosto 2008 : 19:17:25
|
| Domanda a cui non so rispondere sinceramente, mi dispiace...Però penso che se la duplicazione avviene perché in qualche modo si ottiene una copia del gene vagante, l'integrazione in linea di principio possa avvenire ovunque nel genoma...Bisognerebbe valutare casi concreti penso per averne la certezza...Mi dispiace...Se risolvi in qualche modo fammi sapere...E cmq rispondere è un piacere, non uno stress... |
|
|
|
|
chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
|
|
Schuldiner86
Utente Junior
Prov.: Viterbo
Città: Bologna
581 Messaggi |
Inserito il - 05 agosto 2008 : 19:42:55
|
4 copie, 4 possibili polimorfismi, 4 alleli...In effetti si...Però omo ed eterozigosi come funzionerebbero? |
|
|
|
|
Dionysos
Moderatore
Città: Heidelberg
1913 Messaggi |
Inserito il - 05 agosto 2008 : 19:51:05
|
Citazione:
Considerando un gene presente in copia multipla, è possibile trovare le sue copie in diversi cromosomi, oppure si troveranno sempre tutte sul medesimo cromosoma?
Per rispondere a questa domanda occorre fare mente locale sul meccanismo di duplicazione
dei geni: principalmente si tratta di fenomeni di crossing over diseguale che portano ad
una "clusterizzazione" cioè una disposizione in clusters ('grappoli') in cui le copie
si susseguono l'una dopo l'altra sullo stesso cromosoma. Purtroppo però non si può
assolutizzare: fenomeni di riarrangiamento possono spostare le varie copie in giro
per il genoma. Immagino dipenda dall'ancestralità della duplicazione: tanto più è
vecchia quanto più è probabile che abbia subito fenomeni di riarrangiamento
che hanno portato all'allontanamento delle copie clusterizzate (ma anche
fenomeni di mutazione a carico delle copie, che si trasformano in quelli
che chiamaniamo "geni paraloghi"). Spero di esserti stato d'aiuto.
|
Volere libera : questa é la vera dottrina della volontà e della libertà
(F.W. Nietzsche)
Less Jim Morrison, more Sean Morrison!
|
|
|
|
Schuldiner86
Utente Junior
Prov.: Viterbo
Città: Bologna
581 Messaggi |
Inserito il - 05 agosto 2008 : 20:23:36
|
| Dionysos grazie mille per la delucidazione! |
|
|
|
|
cinogenico
Nuovo Arrivato
105 Messaggi |
Inserito il - 07 ottobre 2008 : 04:26:48
|
Eccomi con altre domande elemantari...ssime! (mi vergogno anche un pò a farle).
Parto dal fatto, che i geni dell'uomo sono circa 30.000.
Ora quello che mi chiedo è:
1. Ma con 30.000 si considerano tutti i geni o solo quelli che codificano RNA?
2. Questi 30.000 geni, sono il totale contenuto in 46 cromosomi, o si considera solo il genoma aploide (quindi 30.000 x 2)?
Vi ringrazio in anticipo!  |
|
|
|
Schuldiner86
Utente Junior
Prov.: Viterbo
Città: Bologna
581 Messaggi |
Inserito il - 07 ottobre 2008 : 11:14:54
|
1. Se è un gene per forza di cosa deve codoficare per un mRNA che darà poi origine ad una proteina...
2. Penso che si consideri il genoma aploide quando si dice che ci sono 30.000 geni, che poi sono in copia doppia in un genoma diploide... |
|
|
|
|
Anyra
Utente Junior
Prov.: Pesaro-Urbino
Città: Saltara
212 Messaggi |
Inserito il - 07 ottobre 2008 : 14:22:13
|
nonnecessariamente un gene trascritto origina mRNA, sono geni anche rRNA e tRNA (gene di classe I e III rispettivamente)
è identificato come gene tutto ciò che viene trascritto in RNA.
Si considera sempre il genoma aploide, per se la SOD è un gene, anche se noi ne abbiamo 2 alleli.
|
Il mio Cavaliere
http://s4.battleknight.it/index.php?loc=hire&ref=OTA3NTAw |
|
|
|
cinogenico
Nuovo Arrivato
105 Messaggi |
Inserito il - 07 ottobre 2008 : 15:01:35
|
Grazie mille ragazzi, come sempre velocissimi!!
Ok per il genoma aploide, però adesso ho un altro dubbio. Se per gene si intende sempre e solo quel tratto di DNA che codifica per una molecola di RNA (a prescindere che sia mRNA, rRNA o tRNA), allora si contano 30.000 geni escludendo le sequenze regolative?
Era a questi che mi riferivo. Cioè sono 30.000 geni considerando anche gli enhancer per esempio oppure no? (Sui miei testi, queste sequenze vengono indicati anch'esse come "geni", e da qui il dubbio). |
|
|
|
marok
Utente Junior
150 Messaggi |
Inserito il - 07 ottobre 2008 : 15:20:53
|
| Dipende...se le sequenze regolatrici vengono trascritte e tradotte dando proteine che regolano un determinato gene allora sì, se invece sono le stesse sequenze che favoriscono o ostacolano la trascrizione allora no non sono geni. |
|
|
|
cinogenico
Nuovo Arrivato
105 Messaggi |
Inserito il - 26 ottobre 2008 : 02:41:08
|
Ciao ragazzi
Ennesimo quesito banalissimo. Su internet (e anche sui libri c’è davvero da impazzire... chi dice una cosa e chi ne dice un’altra e il cervello va in pappa).
La domanda è: un codone è formato da tre basi contigue che stanno su uno dei due filamenti del DNA/RNA oppure da tre coppie di basi?
Cioè, in questo caso
A | U
U | A
U | A
i codoni sono due (AUU e UAA) o uno (AU-UA-UA)?
Seconda domanda: Se ho capito bene, quando la cellula non è in fase di duplicazione, i cromosomi non hanno la tipica forma a X ma si presentano come cromatidi. Ora quello che mi chiedo è: un cromatidio equivale ad un singolo filamento o a due filamenti? |
|
|
|
chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 26 ottobre 2008 : 10:10:56
|
Citazione:
codoni sono due (AUU e UAA) o uno (AU-UA-UA)?
Io direi 2 ma mi sembra più un problema filosofico che altro....
Citazione:
un cromatidio equivale ad un singolo filamento o a due filamenti?
Il DNA è sempre a doppia elica, tranne nel momento in cui lo stai duplicando (o in strane situazioni tipo i telomeri dove è a tripla/quadrupla elica) |
Sei un nuovo arrivato?
Leggi il regolamento del forum e presentati qui
My photo portfolio (now on G+!) |
|
|
|
cinogenico
Nuovo Arrivato
105 Messaggi |
|
|
Anyra
Utente Junior
Prov.: Pesaro-Urbino
Città: Saltara
212 Messaggi |
Inserito il - 26 ottobre 2008 : 15:31:13
|
il codon è uno, non diciamo scicchezze chick.
è solo uno perchè va preso come fiferimento solo uno dei 2 filamenti di DNA, definito per quel singolo gene come filamento positivo; l'altro filamento detto filamento negativo è complementare all'altro, ma non viene trascritto,e quindi mai tradotto.
Ricordati poi che il messaggero è sempre a singolo filamento, quindi il tuo dubbio cadeva. |
Il mio Cavaliere
http://s4.battleknight.it/index.php?loc=hire&ref=OTA3NTAw |
|
|
|
chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 26 ottobre 2008 : 15:39:49
|
Beh, a parte che anche se generalmente è solo uno dei 2 filamenti che viene trascritto esistono casi in cui sono entrambi trascritti, es. nei virus. Ad ogni modo il codone è fatto da 3 basi, quindi nei 2 filamenti hai 2 codoni.
Ribadisco, la domanda è molto filosofica IMO. |
Sei un nuovo arrivato?
Leggi il regolamento del forum e presentati qui
My photo portfolio (now on G+!) |
|
|
|
Rosy85
Utente Junior
234 Messaggi |
Inserito il - 26 ottobre 2008 : 15:41:41
|
| Si, è uno ma non nel senso indicato da cinogenico.. il codone sarà AUU oppure UAA a seconda di qual è l'elica senso |
Nasce, cresce e poi finisce. Per quanto triste è la legge universale.
Ciò che è stato nn tornerà. Il massimo che puoi fare è sperare che quello che sarà, sia meglio.
Nessun rimorso nè rimpianto, è inutile.
Carpe diem: panta rei |
|
|
|
Rosy85
Utente Junior
234 Messaggi |
Inserito il - 26 ottobre 2008 : 15:43:53
|
| ops, aveva già risposto chick |
Nasce, cresce e poi finisce. Per quanto triste è la legge universale.
Ciò che è stato nn tornerà. Il massimo che puoi fare è sperare che quello che sarà, sia meglio.
Nessun rimorso nè rimpianto, è inutile.
Carpe diem: panta rei |
|
|
|
Anyra
Utente Junior
Prov.: Pesaro-Urbino
Città: Saltara
212 Messaggi |
Inserito il - 26 ottobre 2008 : 15:44:11
|
Secondo me di filosofico non c'è poi così tanto,
sì lo so anche io che ci sono le eccezzioni (ma i virus tendono a essere più eccezioni che regola), ma il codon, va sempr riferito allo strand trascritto, quindi 1
|
Il mio Cavaliere
http://s4.battleknight.it/index.php?loc=hire&ref=OTA3NTAw |
|
|
|
cinogenico
Nuovo Arrivato
105 Messaggi |
Inserito il - 26 ottobre 2008 : 15:45:18
|
Ragazzi non dimenticate che io sono un perfetto ignorante, quindi abbiate pietà di me e fatemi capire. Voi state parlando del filamento codificante no? Quello che segue la direzione 5-3 giusto?
Riguardo il disegno che ho fatto, che ne dite? Ho inquadrato un pò il discorso? |
|
|
|
Discussione |
|
Alcuni dubbi sul DNA
