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Floxata
Nuovo Arrivato



11 Messaggi

Inserito il - 17 giugno 2013 : 17:37:42  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Floxata Invia a Floxata un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao a tutti,
ho già scritto mesi fa riguardo il genotyping di alcuni topi KO tissue-specifici. Adesso mi sorge un ulteriore dubbio, se il mio topo KO tessuto, costruito con la tecnologia CRE-lox, ha subito per esempio la delezione di due esoni del mio gene di interesse a livello del mio tessuto di interesse, nel momento in cui verifico l'espressione genica in realtime qPCR utilizzando primers specifici per gli esoni deleti, che tipo di espressione dovrei aspettarmi in termini di CT?
Se ad esempio in un wild type mice il CT value è di 23.

zerhos
Utente Junior

ZERHOS

Prov.: Pisa
Città: Pisa


421 Messaggi

Inserito il - 18 giugno 2013 : 00:05:44  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di zerhos  Invia a zerhos un messaggio ICQ Invia a zerhos un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Domanda: ma perchè vuoi misurare la ricombinazione CRE tessuto specifica, tramite la qPCR????
In ogni caso la ct dipenderà dall'efficienza di ricombinazione della cre, che non sarà mai del 100% (sopratutto nel sistema nervoso..).

"l'unica differenza tra me e un pazzo è che io non sono pazzo!"
Salvador.Dalì
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Floxata
Nuovo Arrivato



11 Messaggi

Inserito il - 21 giugno 2013 : 16:42:28  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Floxata Invia a Floxata un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Quello che intendevo dire è che se la ricombinazione omologa è avvenuta, il gene di interesse verrà exciso, e quindi usando primer specifici per la zona di excisione io non dovrei vedere alcuna espressione del gene a patto che la cre-ricombinasi abbia tagliato.
Il mio modello topo KO è intestinale. Quello che vorrei sapere è quanta differenza dovrei aspettarmi tra un wt e un KO in termini di ct?

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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 21 giugno 2013 : 18:40:54  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Se il wild type non amplifica, il suo Ct sarà come quello del controllo negativo (es. no DNA)

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