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EMBL, GeneBank e DDBJ superano i 55 milioni di sequenze
I tre membri della International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC) hanno annunciato che i loro archivi contenenti informazioni sulle sequenze di DNA e RNA comprendono adesso oltre 55
I tre membri della International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC) hanno annunciato che i loro archivi contenenti informazioni sulle sequenze di DNA e RNA comprendono adesso oltre 55 milioni di sequenze, equivalenti a 100 gigabasi, ovvero 100 miliardi di basi, i componenti molecolari del DNA che codificano le informazioni genetiche.
I tre membri - la banca EMBL, con sede presso l'Istituto europeo di bioinformatica del Laboratorio europeo per la biologia molecolare (European Molecular Biology Laboratory) di Hinxton, Regno Unito, la GenBank degli Stati Uniti e la banca dati del DNA del Giappone - hanno raggiunto insieme questo traguardo grazie alla loro politica di scambio di dati. Le tre organizzazioni condividono i dati sulle sequenze attraverso lo scambio globale di informazioni biologiche al fine di rendere ogni sequenza di nucleotidi di dominio pubblico liberamente disponibile per la comunità scientifica nel più breve tempo possibile.
Quattro basi - adenina (A), timina (T), guanina (G) e citosina (C) - legate insieme a coppie, creano una lunga catena che costituisce la nota forma a doppia elica dell'acido desossiribonucleico (DNA). I legami fra le coppie di basi - A legata a T e C a G mediante legami di idrogeno - possono essere spezzati per "srotolare" le due parti della doppia elica.
Le informazioni genetiche sono codificate nel DNA nell'ordine in cui si posizionano le basi in sequenza. Convenzionalmente, le sequenze possono essere descritte semplicemente elencando l'ordine di singole basi (o nucleotidi) su una delle due parti dell'elica (esempio CCAAATATGGATT), e questo, insieme con le annotazioni che individuano le specie da cui derivano e la funzione, è il tipo di informazione raccolto nelle banche dati INSDC.
"È un importante traguardo nella storia delle banche dati relative alle sequenze dei nucleotidi", ha affermato Graham Cameron, direttore associato dell'Istituto europeo di bioinformatica dell'EMBL.
"Sin dalla prima voce contenuta nell'archivio EMBL, resa disponibile nel 1982, all'attuale disponibilità di oltre 55 milioni di sequenze provenienti da almeno 200.000 diversi organismi, queste risorse hanno prevenuto le esigenze dei biologi molecolari e hanno cercato di farvi fronte- spesso a dispetto della grave mancanza di risorse".
L'INSC è stata formalmente costituita nel febbraio 1987 e tutte e tre le banche dati risalgono agli anni '80: la banca EMBL, che adesso ha sede presso l'EBI nel Regno Unito, era stata creata come archivio EMBL a Heidelberg in Germania, la GenBank statunitense era stata istituita poco più tardi presso il Laboratorio nazionale di Los Alamos, prima di essere trasferita al Centro nazionale per le informazioni biotecnologiche a Bethesda, Stati Uniti; la banca dati del DNA del Giappone era stata avviata presso l'Istituto nazionale di genetica di Mishima nel 1986.
David Lipman, direttore del Centro nazionale per le informazioni biotecnologiche ha fornito ulteriori spiegazioni: "Le odierne banche dati sulle sequenze dei nucleotidi consentono ai ricercatori di condividere genomi completi, la struttura genetica di interi ecosistemi, e le sequenze associate a brevetti".
Inizialmente, i dati erano distribuiti su nastri magnetici e inseriti manualmente o su floppy disk. Tutto ciò è stato ora sostituito da pipeline provenienti da progetti di sequenziazione del genoma e dall'Ufficio europeo dei brevetti, il che garantisce che tutte le sequenze di dominio pubblico siano rese disponibili il più rapidamente possibile. Anche i ricercatori possono trasmettere dati direttamente a una qualsiasi delle organizzazioni e, grazie ai modelli armonizzati delle tre banche dati, le sequenze vengono scambiate istantaneamente in modo automatico per rendere i dati disponibili attraverso tutte e tre le banche dati.
In origine le sequenze venivano inserite manualmente dalle riviste scientifiche, ma anche questo processo si è evoluto nel corso degli anni, cosicché la trasmissione diretta di sequenze di nucleotidi alle banche dati è diventata parte del processo di pubblicazione. Questo principio è stato esteso anche ad altri settori, compresi la proteomica e i modelli di processi biologici.
"L'INSDC ha gettato le basi per lo scambio di molti tipi di informazioni biologiche", ha dichiarato Takashi Gojobori, direttore del Centro di bioinformatica e della banca dati del DNA del Giappone. "Mentre entriamo nell'era della biologia dei sistemi e i ricercatori iniziano a scambiare tipi complessi di informazioni, ad esempio i risultati di esperimenti che misurano lo stato di attività di migliaia di geni o modelli di calcolo di interi processi, è importante riconoscere i risultati ottenuti dalle tre banche dati che hanno spianato la strada verso lo scambio aperto di informazioni biologiche".
Per maggiori informazioni sulla International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC) consultare:
http://www.insdc.org
Fonte: (29/08/2005)
Pubblicato in Genetica, Biologia Molecolare e Microbiologia
Tag:
EMBL,
GeneBank,
dna,
sequenze,
rna
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