Un GPS genomico per scoprire il proprio luogo d'origine

Sviluppato un algoritmo che analizzando alcuni specifici polimorfismi detti AIMs permette di ottenere una informazione biogeografica

E' un algoritmo e si chiama GPS, ovvero Geographic Population Structure, e traduce le informazioni genetiche in coordinate geografiche per scoprire il luogo di origine degli individui, proprio come un "normale" GPS riesce a tradurre in coordinate geografiche le onde radio dei sistemi satellitari. Il GPS genomico, presentato nell'ultimo numero della rivista Nature Communications, è stato elaborato da un consorzio internazionale di ricercatori di cui fa parte, per l'Università di Pisa, il dottor Sergio Tofanelli del Dipartimento di Biologia.

L'algoritmo, spiega l'articolo, è stato testato su circa 1,650 individui appartenenti a più di 40 popolazioni. L'83% degli individui è stato assegnato correttamente alla nazione di origine e per alcune popolazioni, come nel caso dei Sardi, il 50% è stato collocato correttamente entro un raggio di 50 km dal proprio villaggio di origine.

E' infatti intuitivo che la precisione del GPS genomico relativamente ad una certa popolazione o regione dipende dalla ricchezza di dati specifici disponibili e dall'assenza di fenomeni recenti di mescolamento o di migrazione. Quindi è più preciso se applicato a regioni come la Sardegna che hanno una "residenza storica" della popolazione e una grande mole di dati genomici.

"I dati che elabora il GPS genomico – spiega Sergio Tofanelli – sono poche decine di migliaia di varianti a singolo nucleotide, quelle con il maggiore contenuto di informazione biogeografica, che abbiamo selezionato tra i milioni di siti variabili del nostro genoma. In gergo vengono denominati AIMs, termine che in italiano potremmo tradurre con 'marcatori informativi di ancestralità'. In particolare, il mio contributo è stato quello di contribuire alla selezione e validazione degli AIMs su popolazioni mediterranee."

"Uno degli aspetti più innovativi dell'algoritmo GPS – conclude Sergio Tofanelli – è l'applicazione di un nuovo paradigma della genetica evolutiva umana che permette di abbandonare definitivamente qualsiasi implicazione biologica del concetto storico di razza: tutte le popolazioni attuali sono il frutto di un mescolamento".

Leggi l'articolo scientifico
Eran Elhaik, Tatiana Tatarinova, R. Spencer Wells, et al. "Geographic population structure analysis of worldwide human populations infers their biogeographical origins". Nature Communications (2014) DOI: 10.1038/ncomms4513

Redazione (30/05/2014 09:00:22)
Pubblicato in Genetica, Biologia Molecolare e Microbiologia
Tag: SNIP, AIM, polimorfismo, origine, genomica

Vota: Condividi:

Notizie

Ultime.
Rilievo.
Più lette.

Evento: Congresso Nazionale della Società Italiana di Farmacologia

Evento: Synthetic and Systems Biology Summer School

Evento: Allosteric Pharmacology

Evento: Conference on Recombinant Protein Production

Evento: Informazione e teletrasporto quantistico

Evento: Into the Wild

Evento: Astronave Terra

Evento: Advances in Business-Related Scientific Research

Evento: Conferenza sulle prospettive nell'istruzione scientifica

Evento: New Perspectives in Science Education

Correlati

News.
Blog.

L'origine dell'acqua sulla Terra, alla base della vita

Missione Rosetta: trovate molecole organiche sulla cometa

Scoperti geni associati alla morte cardiaca improvvisa

Al via l'era dell'editing genomico

Un videogioco per combattere il cancro

GALAXY (finalmente la genomica for dummies!)

Android e Mobile



Scarica le app! Ora anche sul tuo smartphone!

Ciao Login - Iscriviti



Visitatori: 278

Novità
Protocolli di laboratorio: reagenti e tecniche usate in laboratorio biomedico e molecolare.