Regioni del cromosoma composte prevalentemente di sequenze ripetitive che sono permanentemente in una condizione molto condensata e facilmente evidenziabili con i coloranti basici anche nel nucleo in interfase.
L'eterocromatina può essere:
a) costitutiva (come quella dei centromeri), che è permanentemente non espressa e si presenta costantemente in un dato organismo, indipendentemente dal tipo di cellula e dal livello di attività trascrizionale di questa;

b) facoltativa, che può acquisire i caratteri dell'eucromatina a seconda del tipo di cellula e dello stadio di differenziamento di questa.