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puchu
Nuovo Arrivato
8 Messaggi |
 Inserito il - 28 ottobre 2011 : 16:58:49
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Salve a tutti, ho poca esperienza di microarray e all'università mi hanno richiesto di fare un heatmap clustering di un tabellone di 15000 geni in 50 esperimenti diversi. Che software posso usare? In rete molti parlano di R, ma si può fare l'heatmap di un dendrogramma con questo software? Grazie in ogni caso, saluti.
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 28 ottobre 2011 : 18:49:42
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R è un ottimo tool per il clustering, probabilmente uno dei migliori che si possa trovare. Sinceramente, tuttavia, prima di imbarcarti in un'impresa del genere, quale che sia il software che userai, ti consiglio di leggere leggere leggere e rileggere bene libri e/o letteratura a riguardo perchè è una cosa assolutamente non triviale.
"Statistics Using R with Biological Examples" che trovi su CRAN ( http://cran.r-project.org/ ) nella sezione contributed ha qualche esempio.
Per la teoria del clustering io ho trovato molto utili:
"Cluster Analysis for Data Mining and System Identification" di Abonyi e Feil (anche se forse un po' troppo matematico come libro)
"Exploratory Data Analysis with MATLAB" - di Martinez e Martinez che, anche se non parla specificamente di R spiega molto bene i vari tipi di clustering, la normalizzazione dei dati, i vari pitfalls etc etc. |
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puchu
Nuovo Arrivato
8 Messaggi |
Inserito il - 30 ottobre 2011 : 17:04:50
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| Grazie per la risposta. Per il clustering ci sono, il problema è che non so come fare la rappresentazione in heat mapper (con i quadratini colorati per intenderci) affiancata ai dendrogrammi. Non è che conosci un'istruzione specifica di R? Saluti. |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
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