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dany
Nuovo Arrivato
24 Messaggi |
 Inserito il - 17 dicembre 2006 : 23:15:02
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Ciao a tutti !!sono Dany e sono alquanto disperata xkè ho l'esame a gennaio, ho le domande ma non riesco a trovar le risposte nemmeno su internet. Le domande sono:
1.come scrivere lo pseudocodice di un programma per tradurre un mRNA in proteina; 2.calcolare PM di una proteina partendo da un mRNA formato fasta; 3.differenza tra genome browser ed ensambl!!!
Spero qualcuno mi aiuti!!!!grazie!
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Fil23
Utente Junior
Prov.: estero
Città: London
238 Messaggi |
Inserito il - 18 dicembre 2006 : 11:17:23
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Ciao,
la prima domanda dovrebbe essere il semplice codice genetico. In quanto lo pseudocodice è un modo per descrivere un algoritmo senza utilizzare la sintassi di un linguaggio di programmazione specifico. Come suggerisce il nome, si tratta di pseudo codice: non può essere realmente eseguito da un computer, ma ricorda i veri linguaggi e viene scritto allo stesso livello di dettaglio.
Immagine:
14,27 KB
Tradurre un mRNA (RNA maturo che ha già subito eventuali splicing) è un passaggio diretto, che può essere fatto tramite vari strumenti reperibili in rete. Per esempio nel server EXPASY c'è: http://www.expasy.org/tools/dna.html
Una volta ottenuta la sequenza aminoacidica tramite un altro tool di EXPASY calcoli la massa molare: http://www.expasy.org/tools/protparam.html
La terza domanda: sono tutti e 2 browser genomici, Ensembl è stato sviluppato da una collaborazione tra il Sanger Centre e l'EBI, mentre il Genome Browser è stato sviluppato dall'UCSC (University Campus of Santa Cruz).
ciao ciao   |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 18 dicembre 2006 : 14:27:31
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uhm, a dire la verità credo che la prima domanda fosse qualcosa più a livello di uml, ossia scrivere i passaggi necessari per tradurre una proteina:
- leggi tre basi;
- trova nel dizionario l'aminoacido corrispondente alle tre basi;
- ripeti l'operazione con le tre basi successive
anche se sono sicuro che, se il prof ha dato questi esercizi, ha sicuramente messo a disposizione dei buoni appunti e delle buone diapositive su come risolverli, o almeno l'ha spiegato a lezione e dovrebbe essere disponibile a rispiegarlo 
p.s. @ dany: generalmente in questo forum non rispondiamo a domande d'esame! ;)
se vuoi una risposta, dovresti prima proporre una traccia di come risolveresti gli esercizi, e noi te la possiamo correggere, ma non di più.
ciao! ;) |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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elisacarli
Nuovo Arrivato
83 Messaggi |
Inserito il - 19 dicembre 2006 : 17:43:20
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1) crea matrice triplette
2) carica file o input utente nella stringa S
3) leggi stringa di 3 in 3
4) estrai sottostringa corrente
5) cerca valore della sottostringa estratta nell’array
es. codice
#!/usr/bin/perl
%codice=(
'TTT'=>'F',
'TTC'=>'F',
'TTA'=>'L',
'TTG'=>'L',
'TCT'=>'S',
'TCC'=>'S',
'TCA'=>'S',
'TCG'=>'S',
'TAT'=>'Y',
'TAC'=>'Y',
'TAA'=>'STOP',
'TAG'=>'STOP',
'ATG'=>'Met',
);
$RNA="TTATTGTAGTACATG";
for ($i=0;$i<length($RNA);$i+=3){
$codon=(substr($RNA,$i,3));
print($codice{$codon});
}
exit;
domanda 3
Ensembl annota anche proteine, mentre il genome browser no
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Fil23
Utente Junior
Prov.: estero
Città: London
238 Messaggi |
Inserito il - 20 dicembre 2006 : 11:30:55
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Ensembl annota anche proteine, mentre il genome browser no
Non l'ho capita un gran che...xkè nel libro di bioinformatica dove ho guardato Ensembl e Genome browser li considera completamente equivalenti. |
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elisacarli
Nuovo Arrivato
83 Messaggi |
Inserito il - 20 dicembre 2006 : 14:17:46
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Per quello che conosco io la pipeline automatica di Ensembl annota anche sequenze proteiche che vengono tradotte con Genewise o GenScan.
La banca dati di UCSC non contiene questo annotazioni, ma utilizza proteine dai db di Swissprot, TrEMBBL e TrEMBL-NEW |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 30 dicembre 2006 : 01:07:39
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A dire la verità penso siate finiti un tantino fuori strada , perché lui chiedeva cosa fosse un genome browser e non ha nominato UCSC nella domanda.
Cmq basta leggersi un po' la documentazione di ensembl o di uno dei genome browser, per esempio http://www.ensembl.org/info/about/project.html . |
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valei
Nuovo Arrivato
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perl - tradurre mRNA in proteina
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