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maedea
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24 Messaggi |
 Inserito il - 03 novembre 2011 : 12:36:37
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Ciao a tutti!
Chi mi aiuta a risolvere un dubbio?
Vorrei capire la differenza tra NCBI e Ensembl nel riportare i trascritti relativi ad un dato gene. Nello speicifico, interrogando i due database per il mio gene umano di interesse, FLAD1, NCBI riporta 4 trascritti mentre Ensembl riporta 8 trascritti "protein coding", di cui 4 (gli stessi che ritrovo in NCBI) sono contrassegnati da un codice CCDS (che non ho ben chiaro cosa sia!)
Come mai questa differenza??
Grazie a chi vorrā aiutarmi a fare chiarezza!
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Cittā: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 17 novembre 2011 : 11:14:25
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Puoi trovare maggiori informazioni su CCDS qui:
- http://www.ensembl.org/info/docs/genebuild/ccds.html
In breve, le annotazioni di Ensembl provengono da diverse fonti. Nei corsi di bioinformatica si dice che NCBI č un database 'primario', che fornisce i dati grezzi, mentre Ensembl č un database 'secondario' o derivato, che fornisce annotazioni su dati provenienti da multiple fonti.
Quindi, i trascritti marcati come CCDS sono piú "sicuri" e meglio annotati che gli altri; mentre gli altri trascritti non sono stati validati sperimentalmente, e possono provenire da predizioni o fonti meno sicure.
Per maggiori informazioni, puoi cliccare su ogni trascritto e leggere il "Transcript Summary". Esempio: http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Transcript/Summary?db=core;g=ENSG00000160688;r=1:154955814-154965587;t=ENST00000368428 |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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