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darkene
Utente Junior

291 Messaggi

Inserito il - 12 dicembre 2007 : 18:03:22

ciao ragazzi.
qualcuno conosce un tool online che mi permette di "allineare" la struttura terziaria di una proteina con un'altra o meglio con un database di strutture? devo trovare la funzione di una proteina e mi servono quanti pi� elementi possibili che mi indichino una direzione.

SilviaDT
Nuovo Arrivato

Prov.: Brindisi
Citt�: Brindisi

3 Messaggi

Inserito il - 12 dicembre 2007 : 18:49:43

Ciao,
io ultimamente ho usato expasy...(con la p!!)
ti permette di vedere se nella tua proteina esistono dei domini conservati in base al confronto con proteine note del suo database...vedi un po'! ciao

dallolio_gm
Moderatore

Prov.: Bo!
Citt�: Barcelona/Bologna

2445 Messaggi

Inserito il - 12 dicembre 2007 : 18:52:13

T-coffee fa l'allineamento a livello di struttura di proteina, per esempio.

ha anche un ottimo manuale: http://bioportal.cgb.indiana.edu/docs/tools/tcoffee/t_coffee_doc.html in cui e' trattato l'argomento.

Cmq non e' un problema banale quello dell'allineamento di strutture: se cerchi su pubmed vedi che vengono pubblicati numerosi articoli sull'argomento e ci sono diversi approcci e diverse situazioni.

Poi un'altra domanda: chi ti assicura che l'allineamento strutturale sia una buona base per capire quale sia la sua funzione?
Forse anche un allineamento a pfam o prosite ti puo' dire quali sono i domini codificati nella proteina, e quella puo' essere una buona traccia.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)

darkene
Utente Junior

291 Messaggi

Inserito il - 12 dicembre 2007 : 21:26:18

so gi� che domini ha la proteina. ho gi� fatto analisi con pfam e prosit. ma ho bisogno di altre info.
grazie comunque!

kORdA
Utente Attivo

Prov.: Milano
Citt�: Monza

1303 Messaggi

Inserito il - 13 dicembre 2007 : 12:07:47

SSAP � un buon tool per l'allineamento strutturale, ma fa solo allineamenti a coppie, non allineamenti multipli:

http://www.cathdb.info/cgi-bin/cath/SsapServer.pl

Hai provato a vedere se i motivi che cerchi sono gi� catalogati in SCOP (http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/) o in CATH (http://www.cathdb.info/latest/index.html)???

Per gli allineamenti strutturali multipli esiste ClustalW-3D: non saprei dove trovare un server web, io l'ho uso da quel fantastico pacchetto di tool free che si chiama STRAP (http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=4419&SearchTerms=,strap)

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada

Bio-du
Nuovo Arrivato

11 Messaggi

Inserito il - 07 settembre 2012 : 16:20:50

Ciao a tutti!qualcuno pu� spiegarmi cosa si intende per allineamento strutturale e come si realizza?
Grazie mille

kORdA
Utente Attivo

Prov.: Milano
Citt�: Monza

1303 Messaggi

Inserito il - 07 settembre 2012 : 16:50:17

Qui trovi quello che cerchi http://en.wikipedia.org/wiki/Structural_alignment

Poi come si realizza dipende dagli scopi.
Se hai una serie di sequenze da allineare ad uno o pi� strutture di riferimento puoi usare T-coffee (qui http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21979275 trovi un esauriente articolo su come funziona).
Se invece hai gi� tutte le strutture 3D e le devi allineare io ho recentemente usato questo (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16736488) e devo dire che funziona piuttosto bene. Sarebbe in pratica la versione ad allineamento multiplo di DALI

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada

Bio-du
Nuovo Arrivato

11 Messaggi

Inserito il - 07 settembre 2012 : 17:59:21

Grazie mille mi sei stato d'aiuto

ventu
Nuovo Arrivato

Prov.: PD

30 Messaggi

Inserito il - 16 settembre 2012 : 16:41:12

Ciao, puoi provare anche con Swiss Model che oltre a farti un allineamento tra strutture ti permette di fare anche analisi di vario tipo e con Phyre2 (su questo ti consiglio di registrarti cos� da poter usare la modalit� esperto che ti da pi� opzioni di scelta). :)

kORdA
Utente Attivo

Prov.: Milano
Citt�: Monza

1303 Messaggi

Inserito il - 17 settembre 2012 : 10:25:04

Per� Phyre e SwissModel servono per fare homology modelling, essenzialmente. Nell'allineamento strutturale la struttura dovrebbe essere gi� nota o perlomeno validata.

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada

Bio-du
Nuovo Arrivato

11 Messaggi

Inserito il - 19 settembre 2012 : 10:12:59

Grazie mille per tutte le delucidazioni

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