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silvya21
Nuovo Arrivato
Città: varese
8 Messaggi |
 Inserito il - 29 marzo 2010 : 18:24:37
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io invece capisco ben poco di bioinfo e presto ho un esame...
 mi aiutereste a rispondere a queste domande???
1) Il Dictionary of secondary structure in proteins (DSSP)
a) assegna la struttura secondaria a partire dalle coordinate PDB
b) classifica gerarchicamente la struttura secondaria delle proteine
c) predice la struttura secondaria a partire dalla sequenza
2) Nel database CATH
a) Le classi sono assegnate in base alla struttura secondaria
b) Le classi sono assegnate in base alla funzione
c) le architetture sono assegnate in base a relazioni di omologia
4) Nei file PDB di strutture x-ray alcuni residui non sono definiti
a) perché la risoluzione cambia da residuo a residuo
b) perché la conformazione della proteina cambia da cella a cella
c) perché i raggi x hanno modificato la proteina
d) tutti i residui sono sempre definiti, ma nella entry ci sono più conformeri che non coincidono
5) Data la sequenza di un cDNA, come identifico i tratti corrispondenti agli esoni?
a) BLASTX contro database proteico
b) BLASTN contro database di EST
c) BLASTN contro database genomico
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 29 marzo 2010 : 18:35:46
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ciao, per favore dai una occhiata al regolamento prima di usare il forum.
1. ogni nuova domanda deve essere postata in una discussione a parte, per evitare confusione
2. in questo forum non possiamo risolvere esercizi direttamente. Se vuoi che ti aiutiamo, devi prima provare a rispondere tu alle domande, spiegando quali dubbi hai e la risposta che ti sembra piu' probabile, e noi ti diremo se lo hai fatto correttamente o no.
Per esempio, potresti scrivere: "credo che la risposta corretta alla domanda n.1 sia la D, perché ....."
Grazie per l'attenzione  |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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Nereus
Nuovo Arrivato
20 Messaggi |
Inserito il - 06 settembre 2012 : 18:10:04
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| posso riesumare il post? le risposte sono: C,C,D,C ?? |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 07 settembre 2012 : 10:09:30
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Citazione:
The DSSP program was designed by Wolfgang Kabsch and Chris Sander to standardize secondary structure assignment. DSSP is a database of secondary structure assignments (and much more) for all protein entries in the Protein Data Bank (PDB). DSSP is also the program that calculates DSSP entries from PDB entries. DSSP does not predict secondary structure.
Citazione:
the geometry of a protein is obtained from X-ray diffraction data, if the some region of the protein structure is not very rigid in the crystal, the experimentalists may not be able to solve the structure of that region from the X-ray diffraction data. Therefore, in the PDB file, these regions will be reported as missing residues.
Citazione:
The residue names in the coordinate section should match the residue names in the SEQRES records, even if this involves having missing atoms. Residues modeled as ALA due to lack of side chain density are relabeled to match the SEQRES. The missing side chain atoms are listed in REMARK 470 of the PDB file.
Example:
SEQRES: MET GLU ASN SER ALA GLU PRO GLU GLN SER LEU VAL CYS GLN
COORDS: MET GLU ASN SER ALA GLU PRO GLU GLN SER LEU ala CYS GLN
^^^
In the example above, residue VAL in the SEQRES is modeled as ALA in the coordinates. The residue name in the coordinates is changed from ALA to VAL to remove the conflict as shown below.
SEQRES: MET GLU ASN SER ALA GLU PRO GLU GLN SER LEU VAL CYS GLN
COORDS: MET GLU ASN SER ALA GLU PRO GLU GLN SER LEU VAL CYS GLN
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Nereus
Nuovo Arrivato
20 Messaggi |
Inserito il - 07 settembre 2012 : 10:38:15
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non ho mica capito la cosa dell'x-ray... Lo so che per problemi di risoluzione la struttura di alcuni A.A. può non essere riportata ma non c'è come opzione in quella domanda =)
graz |
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Bio-du
Nuovo Arrivato
11 Messaggi |
Inserito il - 07 settembre 2012 : 13:44:38
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Ciao a tutti!ma la risposta alla seconda domanda non è la a?
Inoltre anche a me non è molto chiara la questione dell'x-ray.
Grazie a tutti per qualsiasi chiarimento |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 07 settembre 2012 : 14:26:45
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Credo che non tutti i residui possano essere risolti alla medesima risoluzione, specialmente quelli con un B factor elevato. La natura del residuo comunque è certa, dal momento che la sequenza primaria viene ricavata da UniProt.
Per quanto riguarda il Cathedral Server:
Citazione:
CATH is a manually curated classification of protein domain structures. Each protein has been chopped into structural domains and assigned into homologous superfamilies (groups of domains that are related by evolution). This classification procedure uses a combination of automated and manual techniques which include computational algorithms, empirical and statistical evidence, literature review and expert analysis.
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Bio-du
Nuovo Arrivato
11 Messaggi |
Inserito il - 07 settembre 2012 : 16:17:46
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Grazie mille per la delucidazione dell'x-ray non avevo proprio capito che il b-factor influisse sulla risoluzione.
Comunque per quanto riguarda CATH ok all'assegnazione in superfamiglie però io ho capito che la classe è assegnata in base alla struttura secondaria  |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 07 settembre 2012 : 16:36:11
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Citazione:
Messaggio inserito da Bio-du
Grazie mille per la delucidazione dell'x-ray non avevo proprio capito che il b-factor influisse sulla risoluzione.
Comunque per quanto riguarda CATH ok all'assegnazione in superfamiglie però io ho capito che la classe è assegnata in base alla struttura secondaria
non sono un cristallografo, quindi non so dirti se il B factor sia l'unico elemento che incide sulla risoluzione. Per quanto riguarda CATH la struttura secondaria è solo uno dei parametri presi in considerazione, dire che le classi sono assegnate in base alla struttura secondaria mi sembra troppo riduttivo. La c) è la risposta che fitta meglio per me. |
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Bio-du
Nuovo Arrivato
11 Messaggi |
Inserito il - 07 settembre 2012 : 16:48:30
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| OK grazie mille per tutte le risposte |
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Bio-du
Nuovo Arrivato
11 Messaggi |
Inserito il - 09 settembre 2012 : 16:27:50
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Di nuovo ciao a tutti!
Ho un ulteriore dubbio riguardo a questo quesito:
Data la sequenza di un contig, come identifico i tratti corrispondenti ai singoli esoni?
a) BLASTN contro database di cDNA
b) BLASTN contro database di EST
c) BLASTN contro database genomico
Io mi sento di escludere la risposta c ma sono incerta fra la a e la b. Penso che la risposta più sensata sia la a in quanto conosco l'utilizzo delle EST solo come sonde....
Qualcuno sa aiutarmi???
Grazie mille |
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Nereus
Nuovo Arrivato
20 Messaggi |
Inserito il - 12 settembre 2012 : 18:22:03
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| secondo me è la rispota A perchè gli EST da quanto ho capito servono per cercare sequenze di cDNA e la C non ha senso, troverei semplicemente la posizione del mio contig sul genoma e bona. |
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Bio-du
Nuovo Arrivato
11 Messaggi |
Inserito il - 19 settembre 2012 : 10:14:04
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| Grazie mille |
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Discussione |
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